appli/CTBronchi/FastRandomWalker.cxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
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   6 #include <string>
   7 #include <tclap/CmdLine.h>
   8 #include <itkImage.h>
   9 #include <fpa/Filters/Image/RandomWalker.h>
  10 #include <fpa/Functors/Dijkstra/Image/Gaussian.h>
  11 #include "Functions.h"
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  13 // -------------------------------------------------------------------------
  14 const unsigned int Dim = 3;
  15 typedef short                                  TPixel;
  16 typedef unsigned char                          TLabel;
  17 typedef itk::NumericTraits< TPixel >::RealType TScalar;
  18 typedef itk::Image< TPixel, Dim >              TImage;
  19 typedef itk::Image< TLabel, Dim >              TLabels;
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  21 // -------------------------------------------------------------------------
  22 int main( int argc, char* argv[] )
  23 {
  24   typedef TCLAP::ValueArg< std::string > _TStringArg;
  25   typedef TCLAP::ValueArg< TScalar > _TRealArg;
  26
  27   // Parse input line
  28   _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  29   _TStringArg labels( "l", "labels", "Input labels", true, "", "file" );
  30   _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  31   _TRealArg beta( "b", "beta", "Beta", false, 2.5, "value (2.5)" );
  32   _TRealArg eps( "e", "epsilon", "Epsilon", false, 1e-5, "value (1e-5)" );
  33   try
  34   {
  35     TCLAP::CmdLine cmd( "FastRandomWalker", ' ', "1.0.0" );
  36     cmd.add( eps );
  37     cmd.add( beta );
  38     cmd.add( out );
  39     cmd.add( labels );
  40     cmd.add( in );
  41     cmd.parse( argc, argv );
  42   }
  43   catch( TCLAP::ArgException& err )
  44   {
  45     std::cerr
  46       << "===============================" << std::endl
  47       << "Error caught: " << std::endl
  48       << err.error( ) << " " << err.argId( ) << std::endl
  49       << "===============================" << std::endl
  50       << std::endl;
  51     return( 1 );
  52
  53   } // yrt
  54
  55   try
  56   {
  57     // Read input image
  58     TImage::Pointer input_image;
  59     CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
  60
  61     // Read input labels
  62     TLabels::Pointer input_labels;
  63     CTBronchi::ReadImage( input_labels, labels.getValue( ) );
  64
  65     // Prepare weight functor
  66     typedef fpa::Functors::Dijkstra::Image::Gaussian< TImage, TScalar > TWeight;
  67     TWeight::Pointer weight = TWeight::New( );
  68     weight->SetBeta( beta.getValue( ) );
  69     weight->SetEpsilon( eps.getValue( ) );
  70
  71     // Random walk
  72     typedef fpa::Filters::Image::RandomWalker< TImage, TLabels, TScalar > TFilter;
  73     TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  74     filter->SetInputImage( input_image );
  75     filter->SetInputLabels( input_labels );
  76     filter->SetWeightFunction( weight );
  77     double t = CTBronchi::MeasureTime( filter );
  78     std::cout << "FastRandomWalk executed in " << t << " s" << std::endl;
  79
  80     // Write result
  81     CTBronchi::WriteImage( filter->GetOutputLabels( ), out.getValue( ) );
  82   }
  83   catch( std::exception& err )
  84   {
  85     std::cerr
  86       << "===============================" << std::endl
  87       << "Error caught: " << std::endl
  88       << err.what( ) << std::endl
  89       << "===============================" << std::endl
  90       << std::endl;
  91     return( 1 );
  92
  93   } // yrt
  94   return( 0 );
  95 }
  96
  97 // eof - $RCSfile$