appli/CTBronchi/MoriLabelling.cxx

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #include <chrono>
   7 #include <map>
   8 #include <itkImage.h>
   9 #include <itkImageFileReader.h>
  10 #include <itkImageFileWriter.h>
  11 #include <fpa/Filters/Image/Mori.h>
  12
  13 // -------------------------------------------------------------------------
  14 const unsigned int Dim = 3;
  15 typedef short         TPixel;
  16 typedef unsigned char TLabel;
  17 typedef itk::Image< TPixel, Dim > TImage;
  18 typedef itk::Image< TLabel, Dim > TLabels;
  19
  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 double MeasureTime( itk::ProcessObject* f )
  22 {
  23   std::chrono::time_point< std::chrono::high_resolution_clock > s, e;
  24   std::chrono::duration< double > t;
  25   s = std::chrono::high_resolution_clock::now( );
  26   f->Update( );
  27   e = std::chrono::high_resolution_clock::now( );
  28   t = e - s;
  29   return( t.count( ) );
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 template< class _TImagePtr >
  34 void ReadImage( _TImagePtr& image, const std::string& fname )
  35 {
  36   typedef typename _TImagePtr::ObjectType _TImage;
  37   typedef itk::ImageFileReader< _TImage > _TReader;
  38   typename _TReader::Pointer reader = _TReader::New( );
  39   reader->SetFileName( fname );
  40   double t = MeasureTime( reader );
  41   std::cout << "Read " << fname << " in " << t << " s" << std::endl;
  42   image = reader->GetOutput( );
  43   image->DisconnectPipeline( );
  44 }
  45
  46 // -------------------------------------------------------------------------
  47 template< class _TImage >
  48 void WriteImage( const _TImage*image, const std::string& fname )
  49 {
  50   typedef itk::ImageFileWriter< _TImage > _TWriter;
  51   typename _TWriter::Pointer writer = _TWriter::New( );
  52   writer->SetFileName( fname );
  53   writer->SetInput( image );
  54   double t = MeasureTime( writer );
  55   std::cout << "Wrote " << fname << " in " << t << " s" << std::endl;
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 bool ParseArgs(
  60   std::map< std::string, std::string >& args, int argc, char* argv[]
  61   )
  62 {
  63   std::set< std::string > mandatory;
  64   mandatory.insert( "in" );
  65   mandatory.insert( "out" );
  66   mandatory.insert( "labels" );
  67
  68   args[ "upper_threshold" ] = "-600";
  69
  70   int i = 1;
  71   while( i < argc )
  72   {
  73     std::string cmd = argv[ i ] + 1;
  74     args[ cmd ] = argv[ i + 1 ];
  75     i += 2;
  76
  77   } // elihw
  78
  79   bool complete = true;
  80   for( std::string t: mandatory )
  81     complete &= ( args.find( t ) != args.end( ) );
  82
  83   if( !complete )
  84   {
  85     std::cerr
  86       << "Usage: " << argv[ 0 ] << std::endl
  87       << "\t-in filename" << std::endl
  88       << "\t-out filename" << std::endl
  89       << "\t-labels filename" << std::endl
  90       << "\t[-upper_threshold value]" << std::endl;
  91     return( false );
  92
  93   } // fi
  94   return( true );
  95 }
  96
  97 // -------------------------------------------------------------------------
  98 int main( int argc, char* argv[] )
  99 {
 100   std::map< std::string, std::string > args;
 101   try
 102   {
 103     if( ParseArgs( args, argc, argv ) )
 104     {
 105       // Read input image
 106       TImage::Pointer input_image;
 107       ReadImage( input_image, args[ "in" ] );
 108
 109       // Read labels image
 110       TLabels::Pointer input_labels;
 111       ReadImage( input_labels, args[ "labels" ] );
 112
 113       // Mori segmentation
 114       /* TODO
 115          typedef fpa::Filters::Image::Mori< TImage, TLabels > TMori;
 116          TMori::Pointer mori = TMori::New( );
 117          mori->SetInput( input_image );
 118          mori->SetSeed( seed );
 119          mori->SetInsideValue( 1 );
 120          mori->SetOutsideValue( 0 );
 121          mori->SetMinimumThreshold(
 122          TPixel( std::atof( args[ "minimum_threshold" ].c_str( ) ) )
 123          );
 124          mori->SetSignalKernelSize(
 125          std::atoi( args[ "signal_kernel_size" ].c_str( ) )
 126          );
 127          mori->SetSignalThreshold(
 128          std::atof( args[ "signal_threshold" ].c_str( ) )
 129          );
 130          mori->SetSignalInfluence(
 131          std::atof( args[ "signal_influence" ].c_str( ) )
 132          );
 133          mori->SetThresholds(
 134          TPixel( std::atof( args[ "lower_threshold" ].c_str( ) ) ),
 135          TPixel( std::atof( args[ "upper_threshold" ].c_str( ) ) ),
 136          TPixel( std::atof( args[ "delta_threshold" ].c_str( ) ) )
 137          );
 138          double t = MeasureTime( mori );
 139          std::cout << "Mori executed in " << t << " s" << std::endl;
 140          WriteImage( mori->GetOutput( ), args[ "out" ] );
 141
 142          std::map< std::string, std::string >::const_iterator i =
 143          args.find( "out_signal" );
 144          if( i != args.end( ) )
 145          {
 146          std::stringstream signal;
 147          unsigned long nthr = mori->GetNumberOfEvaluatedThresholds( );
 148          signal << "# nThr = " << nthr << std::endl;
 149          signal << "# Opt  = " << mori->GetOptimumThreshold( ) << std::endl;
 150          for( unsigned long j = 0; j < nthr; ++j )
 151          {
 152          typename TMori::TPeak p;
 153          double x, y;
 154          mori->GetSignalValues( j, x, y, p );
 155          signal << x << " " << y << std::endl;
 156
 157          } // rof
 158          std::ofstream signals_str( i->second.c_str( ) );
 159          signals_str << signal.str( );
 160          signals_str.close( );
 161
 162          } // fi
 163       */
 164     }
 165     else
 166       return( 1 );
 167   }
 168   catch( std::exception& err )
 169   {
 170     std::cerr
 171       << "===============================" << std::endl
 172       << "Error caught: " << std::endl
 173       << err.what( )
 174       << "===============================" << std::endl
 175       << std::endl;
 176     return( 1 );
 177
 178   } // yrt
 179   return( 0 );
 180 }
 181
 182 // eof - $RCSfile$