appli/CTBronchi/MoriLabelling.cxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
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   6 #include <string>
   7 #include <tclap/CmdLine.h>
   8 #include <itkImage.h>
   9 #include "MoriLabelling.h"
  10 #include "Functions.h"
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  12 // -------------------------------------------------------------------------
  13 const unsigned int Dim = 3;
  14 typedef short                                  TPixel;
  15 typedef unsigned char                          TLabel;
  16 typedef itk::NumericTraits< TPixel >::RealType TScalar;
  17 typedef itk::Image< TPixel, Dim >              TImage;
  18 typedef itk::Image< TLabel, Dim >              TLabels;
  19 typedef itk::Image< TScalar, Dim >             TScalarImage;
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  21 // -------------------------------------------------------------------------
  22 int main( int argc, char* argv[] )
  23 {
  24   typedef TCLAP::ValueArg< std::string > _TStringArg;
  25   typedef TCLAP::ValueArg< double > _TRealArg;
  26   typedef TCLAP::ValueArg< TPixel > _TPixelArg;
  27
  28   // Parse input line
  29   _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  30   _TStringArg labels( "l", "labels", "Input labels", true, "", "file" );
  31   _TStringArg vesselness( "v", "vesselness", "Input vesselness", true, "", "file" );
  32   _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  33   _TRealArg vThr( "a", "vesselness_thr", "Vesselness threshold", false, 0.05, "value (0.05)" );
  34   _TPixelArg uThr( "u", "upper_thr", "Upper threshold", false, -400, "value (-400)" );
  35   try
  36   {
  37     TCLAP::CmdLine cmd( "Labelling", ' ', "1.0.0" );
  38     cmd.add( uThr );
  39     cmd.add( vThr );
  40     cmd.add( out );
  41     cmd.add( vesselness );
  42     cmd.add( labels );
  43     cmd.add( in );
  44     cmd.parse( argc, argv );
  45   }
  46   catch( TCLAP::ArgException& err )
  47   {
  48     std::cerr
  49       << "===============================" << std::endl
  50       << "Error caught: " << std::endl
  51       << err.error( ) << " " << err.argId( ) << std::endl
  52       << "===============================" << std::endl
  53       << std::endl;
  54     return( 1 );
  55
  56   } // yrt
  57
  58   try
  59   {
  60     // Read input image
  61     TImage::Pointer input_image;
  62     CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
  63
  64     // Read input labels
  65     TLabels::Pointer input_labels;
  66     CTBronchi::ReadImage( input_labels, labels.getValue( ) );
  67
  68     // Read input vesselness
  69     TScalarImage::Pointer input_vesselness;
  70     CTBronchi::ReadImage( input_vesselness, vesselness.getValue( ) );
  71
  72     // Create labels
  73     typedef CTBronchi::MoriLabelling< TImage, TLabels, TScalarImage > _TLabelling;
  74     _TLabelling::Pointer labelling = _TLabelling::New( );
  75     labelling->SetInput( input_image );
  76     labelling->SetInputLabels( input_labels );
  77     labelling->SetInputVesselness( input_vesselness );
  78     labelling->SetVesselnessThreshold( vThr.getValue( ) );
  79     labelling->SetUpperThreshold( uThr.getValue( ) );
  80     labelling->SetInsideValue( 1 );
  81     labelling->SetOutsideValue( 2 );
  82     labelling->SetFillValue( 2 );
  83     double t = CTBronchi::MeasureTime( labelling );
  84     std::cout << "Labelling executed in " << t << " s" << std::endl;
  85
  86     // Write result
  87     CTBronchi::WriteImage( labelling->GetOutput( ), out.getValue( ) );
  88   }
  89   catch( std::exception& err )
  90   {
  91     std::cerr
  92       << "===============================" << std::endl
  93       << "Error caught: " << std::endl
  94       << err.what( ) << std::endl
  95       << "===============================" << std::endl
  96       << std::endl;
  97     return( 1 );
  98
  99   } // yrt
 100   return( 0 );
 101 }
 102
 103 // eof - $RCSfile$