appli/CTBronchi/MoriLabelling.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   6 #define __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  10 typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  11 TInputValue CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  12 GetUpperThreshold( ) const
  13 {
  14   return( this->m_Functor->GetUpperThreshold( ) );
  15 }
  16
  17 // -------------------------------------------------------------------------
  18 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  19 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  20 SetUpperThreshold( TInputValue t )
  21 {
  22   this->m_Functor->SetUpperThreshold( t );
  23 }
  24
  25 // -------------------------------------------------------------------------
  26 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  27 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  28 MoriLabelling( )
  29   : Superclass( ),
  30     m_LastThreshold( TInputValue( 0 ) )
  31 {
  32   fpaFilterInputConfigureMacro( InputLabels, TLabelImage );
  33   this->m_Functor = TFunctor::New( );
  34   this->SetPredicate( this->m_Functor );
  35 }
  36
  37 // -------------------------------------------------------------------------
  38 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  39 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  40 ~MoriLabelling( )
  41 {
  42 }
  43
  44 // -------------------------------------------------------------------------
  45 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  46 const itk::DataObject*
  47 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  48 _GetReferenceInput( ) const
  49 {
  50   return( this->GetInputLabels( ) );
  51 }
  52
  53 // -------------------------------------------------------------------------
  54 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  55 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  56 _PostComputeOutputValue( TNode& n )
  57 {
  58   this->Superclass::_PostComputeOutputValue( n );
  59   if( n.Value == this->GetInsideValue( ) )
  60   {
  61     const _TInputImage* input = this->GetInput( );
  62     const TLabelImage* labels = this->GetInputLabels( );
  63     double x = input->GetPixel( n.Vertex );
  64     /* TODO
  65        double a = std::fabs( x - double( this->m_Functor->GetUpperThreshold( ) ) );
  66        double b = std::fabs( x - double( this->m_LastThreshold ) );
  67     */
  68     if( labels->GetPixel( n.Vertex ) == 0 /* && b < a*/ )
  69       n.Value = 0;
  70
  71   } // fi
  72 }
  73
  74 // -------------------------------------------------------------------------
  75 namespace CTBronchi
  76 {
  77   template< class _TInputPtr, class _TOutputPtr, class _TInputValue >
  78   void Label(
  79     _TOutputPtr& output,
  80     const _TInputPtr& input, const _TOutputPtr& input_labels,
  81     const _TInputValue& last_thr,
  82     std::map< std::string, std::string >& args
  83     )
  84   {
  85     typedef typename _TInputPtr::ObjectType  _TInput;
  86     typedef typename _TOutputPtr::ObjectType _TOutput;
  87     typedef CTBronchi::MoriLabelling< _TInput, _TOutput > _TLabelling;
  88
  89     typename _TLabelling::Pointer labelling = _TLabelling::New( );
  90     labelling->SetInput( input );
  91     labelling->SetInputLabels( input_labels );
  92     labelling->SetOutsideValue( 2 );
  93     labelling->SetInsideValue( 1 );
  94     labelling->SetUpperThreshold(
  95       _TInputValue( std::atof( args[ "labelling_upper_threshold" ].c_str( ) ) )
  96       );
  97     labelling->SetLastThreshold( last_thr );
  98     double t = MeasureTime( labelling );
  99     std::cout << "Labelling executed in " << t << " s" << std::endl;
 100     output = labelling->GetOutput( );
 101     std::map< std::string, std::string >::const_iterator i =
 102       args.find( "out_labels" );
 103     if( i != args.end( ) )
 104       WriteImage( output, i->second );
 105     output->DisconnectPipeline( );
 106   }
 107
 108 } // ecapseman
 109 #endif // __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
 110
 111 // eof - $RCSfile$