appli/CTBronchi/MoriSegmentation.cxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
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   6 #include <sstream>
   7 #include <string>
   8 #include <tclap/CmdLine.h>
   9 #include <itkImage.h>
  10 #include <fpa/Filters/Image/Mori.h>
  11 #include "Functions.h"
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  13 // -------------------------------------------------------------------------
  14 const unsigned int Dim = 3;
  15 typedef short                     TPixel;
  16 typedef unsigned char             TLabel;
  17 typedef itk::Image< TPixel, Dim > TImage;
  18 typedef itk::Image< TLabel, Dim > TLabels;
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  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 int main( int argc, char* argv[] )
  22 {
  23   typedef TCLAP::ValueArg< std::string >   _TStringArg;
  24   typedef TCLAP::ValueArg< double >        _TRealArg;
  25   typedef TCLAP::ValueArg< unsigned long > _TUIntArg;
  26   typedef TCLAP::ValueArg< TPixel >        _TPixelArg;
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  28   // Parse input line
  29   _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  30   _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  31   _TStringArg signal( "s", "signal", "Output signal", false, "", "file" );
  32   _TStringArg aSeed( "p", "seed", "Input seed", true, "", "\"x y z\"" );
  33   _TPixelArg mThr( "t", "min_thr", "Minimum threshold", false, -850, "value (-850)" );
  34   _TUIntArg sKernel( "k", "kernel", "Kernel size", false, 20, "value (20)" );
  35   _TRealArg sThr( "r", "signal_thr", "Signal threshold", false, 100, "value (100)" );
  36   _TRealArg sInfluence( "f", "signal_influence", "Signal influence", false, 0.5, "value (0.5)" );
  37   _TPixelArg lower( "l", "lower", "Lower threshold", false, -1024, "value (-1024)" );
  38   _TPixelArg upper( "u", "upper", "Upper threshold", false, 0, "value (0)" );
  39   _TPixelArg delta( "d", "delta", "Delta threshold", false, 1, "value (1)" );
  40   try
  41   {
  42     TCLAP::CmdLine cmd( "Mori segmentation", ' ', "1.0.0" );
  43     cmd.add( delta );
  44     cmd.add( upper );
  45     cmd.add( lower );
  46     cmd.add( sInfluence );
  47     cmd.add( sThr );
  48     cmd.add( sKernel );
  49     cmd.add( mThr );
  50     cmd.add( aSeed );
  51     cmd.add( signal );
  52     cmd.add( out );
  53     cmd.add( in );
  54     cmd.parse( argc, argv );
  55   }
  56   catch( TCLAP::ArgException& err )
  57   {
  58     std::cerr
  59       << "===============================" << std::endl
  60       << "Error caught: " << std::endl
  61       << err.error( ) << " " << err.argId( )
  62       << "===============================" << std::endl
  63       << std::endl;
  64     return( 1 );
  65
  66   } // yrt
  67
  68   // Get seed
  69   std::istringstream sSeed( aSeed.getValue( ) );
  70   TImage::PointType seed;
  71   sSeed >> seed[ 0 ] >> seed[ 1 ] >> seed[ 2 ];
  72
  73   try
  74   {
  75     // Read image
  76     TImage::Pointer input_image;
  77     CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
  78
  79     // Mori segmentation
  80     typedef fpa::Filters::Image::Mori< TImage, TLabels > _TMori;
  81     _TMori::Pointer mori = _TMori::New( );
  82     mori->SetInput( input_image );
  83     mori->SetSeed( seed );
  84     mori->SetInsideValue( 1 );
  85     mori->SetOutsideValue( 0 );
  86     mori->SetMinimumThreshold( mThr.getValue( ) );
  87     mori->SetSignalKernelSize( sKernel.getValue( ) );
  88     mori->SetSignalThreshold( sThr.getValue( ) );
  89     mori->SetSignalInfluence( sInfluence.getValue( ) );
  90     mori->SetThresholds(
  91       lower.getValue( ), upper.getValue( ), delta.getValue( )
  92       );
  93     double t = CTBronchi::MeasureTime( mori );
  94     std::cout << "Mori executed in " << t << " s" << std::endl;
  95
  96     // Write result
  97     CTBronchi::WriteImage( mori->GetOutput( ), out.getValue( ) );
  98
  99     // Write signal
 100     if( signal.getValue( ) != "" )
 101     {
 102       std::stringstream signalStr;
 103       unsigned long nthr = mori->GetNumberOfEvaluatedThresholds( );
 104       signalStr << "# nThr = " << nthr << std::endl;
 105       signalStr << "# Opt  = " << mori->GetOptimumThreshold( ) << std::endl;
 106       for( unsigned long j = 0; j < nthr; ++j )
 107       {
 108         typename _TMori::TPeak p;
 109         double x, y;
 110         mori->GetSignalValues( j, x, y, p );
 111         signalStr << x << " " << y << std::endl;
 112
 113       } // rof
 114       std::ofstream oStrSignals( signal.getValue( ).c_str( ) );
 115       oStrSignals << signalStr.str( );
 116       oStrSignals.close( );
 117
 118     } // fi
 119   }
 120   catch( std::exception& err )
 121   {
 122     std::cerr
 123       << "===============================" << std::endl
 124       << "Error caught: " << std::endl
 125       << err.what( )
 126       << "===============================" << std::endl
 127       << std::endl;
 128     return( 1 );
 129
 130   } // yrt
 131   return( 0 );
 132 }
 133
 134 // eof - $RCSfile$