appli/CTBronchi/Process.h

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
   3 // =========================================================================
   4 #ifndef __CTBronchi__Process__h__
   5 #define __CTBronchi__Process__h__
   6
   7 #include <itkImage.h>
   8
   9 namespace CTBronchi
  10 {
  11   class Process
  12   {
  13     // Some types and values
  14     static const unsigned int Dim = 3;
  15     typedef short         TPixel;
  16     typedef unsigned char TLabel;
  17     typedef float         TScalar;
  18
  19     double MeasureTime( itk::ProcessObject* f );
  20
  21     template< class _TImagePtr >
  22     void ReadImage( _TImagePtr& image, const std::string& fname );
  23
  24     template< class _TImage >
  25     void WriteImage( const _TImage* image, const std::string& fname );
  26   };
  27
  28 } // ecapseman
  29
  30 /* TODO
  31    #include <string>
  32    #include <tclap/CmdLine.h>
  33    #include <itkImage.h>
  34    #include <itkMinimumMaximumImageCalculator.h>
  35    #include <itkInvertIntensityImageFilter.h>
  36    #include <itkHessianRecursiveGaussianImageFilter.h>
  37    #include <itkHessian3DToVesselnessMeasureImageFilter.h>
  38    #include "Functions.h"
  39
  40    // -------------------------------------------------------------------------
  41    const unsigned int Dim = 3;
  42    typedef short                                  TPixel;
  43    typedef itk::NumericTraits< TPixel >::RealType TScalar;
  44    typedef itk::Image< TPixel, Dim >              TImage;
  45    typedef itk::Image< TScalar, Dim >             TScalarImage;
  46
  47    // -------------------------------------------------------------------------
  48    int main( int argc, char* argv[] )
  49    {
  50    typedef TCLAP::ValueArg< std::string > _TStringArg;
  51    typedef TCLAP::ValueArg< TScalar > _TRealArg;
  52
  53    // Parse input line
  54    _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  55    _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  56    _TRealArg s( "s", "sigma", "Sigma", false, 0.5, "value (0.5)" );
  57    _TRealArg a1( "a", "alpha1", "Alpha1", false, 0.5, "value (0.5)" );
  58    _TRealArg a2( "b", "alpha2", "Alpha2", false, 2, "value (2)" );
  59    try
  60    {
  61    TCLAP::CmdLine cmd( "Vesselness computation", ' ', "1.0.0" );
  62    cmd.add( a2 );
  63    cmd.add( a1 );
  64    cmd.add( s );
  65    cmd.add( out );
  66    cmd.add( in );
  67    cmd.parse( argc, argv );
  68    }
  69    catch( TCLAP::ArgException& err )
  70    {
  71    std::cerr
  72    << "===============================" << std::endl
  73    << "Error caught: " << std::endl
  74    << err.error( ) << " " << err.argId( )
  75    << "===============================" << std::endl
  76    << std::endl;
  77    return( 1 );
  78
  79    } // yrt
  80
  81    try
  82    {
  83    // Read image
  84    TImage::Pointer input_image;
  85    CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
  86
  87    // Min-max
  88    typedef itk::MinimumMaximumImageCalculator< TImage > _TMinMax;
  89    _TMinMax::Pointer minMax = _TMinMax::New( );
  90    minMax->SetImage( input_image );
  91    minMax->Compute( );
  92
  93    // Invert intensities
  94    typedef itk::InvertIntensityImageFilter< TImage > _TInverter;
  95    _TInverter::Pointer inverter = _TInverter::New( );
  96    inverter->SetInput( input_image );
  97    inverter->SetMaximum( minMax->GetMaximum( ) );
  98    double t = CTBronchi::MeasureTime( inverter );
  99    std::cout << "Inversion executed in " << t << " s" << std::endl;
 100
 101    // Compute hessian image
 102    typedef itk::HessianRecursiveGaussianImageFilter< TImage > _THessian;
 103    _THessian::Pointer hessian = _THessian::New( );
 104    hessian->SetInput( inverter->GetOutput( ) );
 105    hessian->SetSigma( s.getValue( ) );
 106    t = CTBronchi::MeasureTime( hessian );
 107    std::cout << "Hessian executed in " << t << " s" << std::endl;
 108
 109    // Vesselness
 110    typedef
 111    itk::Hessian3DToVesselnessMeasureImageFilter< TScalar >
 112    _TVesselness;
 113    _TVesselness::Pointer vesselness = _TVesselness::New( );
 114    vesselness->SetInput( hessian->GetOutput( ) );
 115    vesselness->SetAlpha1( a1.getValue( ) );
 116    vesselness->SetAlpha2( a2.getValue( ) );
 117    t = CTBronchi::MeasureTime( vesselness );
 118    std::cout << "Vesselness executed in " << t << " s" << std::endl;
 119
 120    // Write result
 121    CTBronchi::WriteImage( vesselness->GetOutput( ), out.getValue( ) );
 122    }
 123    catch( std::exception& err )
 124    {
 125    std::cerr
 126    << "===============================" << std::endl
 127    << "Error caught: " << std::endl
 128    << err.what( )
 129    << "===============================" << std::endl
 130    << std::endl;
 131    return( 1 );
 132
 133    } // yrt
 134    return( 0 );
 135    }
 136 */
 137 #endif // __CTBronchi__Process__h__
 138
 139 // eof - $RCSfile$