appli/CTBronchi/Process.h

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
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   4 #ifndef __CTBronchi__Process__h__
   5 #define __CTBronchi__Process__h__
   6
   7 #include <map>
   8 #include <set>
   9 #include <tuple>
  10 #include <fpa_ctbronchi_export.h>
  11 #include "Image.h"
  12 #include "Skeleton.h"
  13
  14 namespace CTBronchi
  15 {
  16   class FPA_CTBRONCHI_EXPORT Process
  17   {
  18   public:
  19     typedef Process Self;
  20
  21     // Some types and values
  22     static const unsigned int Dim = 3;
  23     typedef short         TPixel;
  24     typedef unsigned char TLabel;
  25     typedef float         TScalar;
  26     typedef std::string   TString;
  27
  28     // Arguments
  29     typedef std::tuple< TString, TString, bool > TStrArg;
  30     typedef std::tuple< TScalar, TString, bool > TDblArg;
  31     typedef std::map< TString, TStrArg >         TStrArgs;
  32     typedef std::map< TString, TDblArg >         TDblArgs;
  33
  34     // Images
  35     typedef CTBronchi::Image< TPixel, Dim >  TPixelImage;
  36     typedef CTBronchi::Image< TLabel, Dim >  TLabelImage;
  37     typedef CTBronchi::Image< TScalar, Dim > TScalarImage;
  38
  39     // Skeleton
  40     typedef CTBronchi::Skeleton< Dim > TSkeleton;
  41
  42     // Seed
  43     typedef TPixelImage::TImage::PointType    TPoint;
  44     typedef TPixelImage::TImage::IndexType    TIndex;
  45     typedef std::pair< TIndex, TPoint >       TSeed;
  46     typedef std::pair< TIndex, unsigned int > TEndPoint;
  47     struct TEndPointCompare
  48     {
  49       bool operator()( const TEndPoint& a, const TEndPoint& b ) const
  50         {
  51           return( cmp( a.first, b.first ) );
  52         }
  53       TIndex::LexicographicCompare cmp;
  54     };
  55     typedef std::set< TEndPoint, TEndPointCompare > TEndPoints;
  56
  57   public:
  58     Process( );
  59     virtual ~Process( );
  60
  61     void ParseArguments( int argc, char* argv[] );
  62     void Update( );
  63
  64   protected:
  65     template< class _TImage >
  66     void _Input( _TImage& input );
  67
  68     template< class _TInput, class _TVesselness >
  69     void _Vesselness( _TInput& input, _TVesselness& vesselness );
  70
  71     template< class _TInput, class _TMori, class _TSeed >
  72     void _Mori( _TInput& input, _TMori& mori, _TSeed& seed );
  73
  74     template< class _TInput, class _TMori, class _TVesselness, class _TLabels >
  75     void _MoriLabelling(
  76       _TInput& input, _TMori& mori, _TVesselness& vesselness, _TLabels& labels
  77       );
  78
  79     template< class _TInput, class _TLabels, class _TFastRW >
  80     void _FastRW( _TInput& input, _TLabels& labels, _TFastRW& fastrw );
  81
  82     template< class _TInput, class _TLabels, class _TVesselness, class _TSliceRW >
  83     void _SliceRW(
  84       _TInput& input, _TLabels& labels, _TVesselness& vesselness, _TSliceRW& slicerw
  85       );
  86
  87     template< class _TInput >
  88     void _AndImages( _TInput& a, _TInput& b, _TInput& c );
  89
  90     template< class _TInput, class _TSkeleton, class _TIndices >
  91     void _Skeleton(
  92       _TInput& a, _TSkeleton& s,
  93       _TIndices& e, unsigned int id,
  94       const TString& fname
  95       );
  96
  97     template< class _TIndices >
  98     void _Points(
  99       _TIndices& a, unsigned int ca,
 100       _TIndices& b, unsigned int cb,
 101       _TIndices& c, unsigned int cc,
 102       _TIndices& d
 103       );
 104
 105   protected:
 106     TStrArgs m_StrArgs;
 107     TDblArgs m_DblArgs;
 108
 109     TSeed  m_Seed;
 110     TLabel m_UndefinedLabel;
 111     TLabel m_InsideLabel;
 112     TLabel m_OutsideLabel;
 113
 114     TPixelImage  m_Input;
 115     TScalarImage m_Vesselness;
 116     TLabelImage  m_Mori;
 117     TLabelImage  m_Labels;
 118     TLabelImage  m_FastRW;
 119     TLabelImage  m_SliceRW;
 120     TLabelImage  m_AndRW;
 121
 122     TSkeleton m_FastRWSkeleton;
 123     TSkeleton m_SliceRWSkeleton;
 124     TSkeleton m_AndRWSkeleton;
 125
 126     TEndPoints m_FastRWPoints;
 127     TEndPoints m_SliceRWPoints;
 128     TEndPoints m_AndRWPoints;
 129   };
 130
 131 } // ecapseman
 132
 133 #endif // __CTBronchi__Process__h__
 134
 135 // eof - $RCSfile$