appli/CTBronchi/Process.h

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
   3 // =========================================================================
   4 #ifndef __CTBronchi__Process__h__
   5 #define __CTBronchi__Process__h__
   6
   7 #include <map>
   8 #include <tuple>
   9 #include <fpa_ctbronchi_export.h>
  10 #include "Image.h"
  11
  12 namespace CTBronchi
  13 {
  14   class FPA_CTBRONCHI_EXPORT Process
  15   {
  16   public:
  17     // Some types and values
  18     static const unsigned int Dim = 3;
  19     typedef short         TPixel;
  20     typedef unsigned char TLabel;
  21     typedef float         TScalar;
  22
  23     // Arguments
  24     typedef std::tuple< std::string, bool > TArgument;
  25     typedef std::map< std::string, TArgument > TArguments;
  26
  27     // Images
  28     typedef CTBronchi::Image< TPixel, Dim >  TPixelImage;
  29     typedef CTBronchi::Image< TLabel, Dim >  TLabelImage;
  30     typedef CTBronchi::Image< TScalar, Dim > TScalarImage;
  31
  32     // Seed
  33     typedef TPixelImage::TImage::PointType TPoint;
  34     typedef TPixelImage::TImage::IndexType TIndex;
  35     typedef std::pair< TIndex, TPoint >    TSeed;
  36
  37   public:
  38     Process( );
  39     virtual ~Process( );
  40
  41     void ParseArguments( int argc, char* argv[] );
  42     void Update( );
  43
  44   protected:
  45     void _Input( );
  46     void _Vesselness( );
  47     void _Mori( );
  48     void _MoriLabelling( );
  49
  50   protected:
  51     TArguments m_StrArg;
  52     TArguments m_DblArg;
  53
  54     std::string  m_BaseFileName;
  55     TSeed        m_Seed;
  56     TLabel m_UndefinedLabel;
  57     TLabel m_InsideLabel;
  58     TLabel m_OutsideLabel;
  59
  60     TPixelImage  m_Input;
  61     TScalarImage m_Vesselness;
  62     TLabelImage  m_Mori;
  63     TLabelImage  m_Labels;
  64     TLabelImage  m_FastRW;
  65     TLabelImage  m_SliceRW;
  66   };
  67
  68 } // ecapseman
  69
  70 /* TODO
  71    #include <string>
  72    #include <tclap/CmdLine.h>
  73    #include <itkImage.h>
  74    #include <itkMinimumMaximumImageCalculator.h>
  75    #include <itkInvertIntensityImageFilter.h>
  76    #include <itkHessianRecursiveGaussianImageFilter.h>
  77    #include <itkHessian3DToVesselnessMeasureImageFilter.h>
  78    #include "Functions.h"
  79
  80    // -------------------------------------------------------------------------
  81    const unsigned int Dim = 3;
  82    typedef short                                  TPixel;
  83    typedef itk::NumericTraits< TPixel >::RealType TScalar;
  84    typedef itk::Image< TPixel, Dim >              TImage;
  85    typedef itk::Image< TScalar, Dim >             TScalarImage;
  86
  87    // -------------------------------------------------------------------------
  88    int main( int argc, char* argv[] )
  89    {
  90    typedef TCLAP::ValueArg< std::string > _TStringArg;
  91    typedef TCLAP::ValueArg< TScalar > _TRealArg;
  92
  93    // Parse input line
  94    _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  95    _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  96    _TRealArg s( "s", "sigma", "Sigma", false, 0.5, "value (0.5)" );
  97    _TRealArg a1( "a", "alpha1", "Alpha1", false, 0.5, "value (0.5)" );
  98    _TRealArg a2( "b", "alpha2", "Alpha2", false, 2, "value (2)" );
  99    try
 100    {
 101    TCLAP::CmdLine cmd( "Vesselness computation", ' ', "1.0.0" );
 102    cmd.add( a2 );
 103    cmd.add( a1 );
 104    cmd.add( s );
 105    cmd.add( out );
 106    cmd.add( in );
 107    cmd.parse( argc, argv );
 108    }
 109    catch( TCLAP::ArgException& err )
 110    {
 111    std::cerr
 112    << "===============================" << std::endl
 113    << "Error caught: " << std::endl
 114    << err.error( ) << " " << err.argId( )
 115    << "===============================" << std::endl
 116    << std::endl;
 117    return( 1 );
 118
 119    } // yrt
 120
 121    try
 122    {
 123    // Read image
 124    TImage::Pointer input_image;
 125    CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
 126
 127    // Min-max
 128    typedef itk::MinimumMaximumImageCalculator< TImage > _TMinMax;
 129    _TMinMax::Pointer minMax = _TMinMax::New( );
 130    minMax->SetImage( input_image );
 131    minMax->Compute( );
 132
 133    // Invert intensities
 134    typedef itk::InvertIntensityImageFilter< TImage > _TInverter;
 135    _TInverter::Pointer inverter = _TInverter::New( );
 136    inverter->SetInput( input_image );
 137    inverter->SetMaximum( minMax->GetMaximum( ) );
 138    double t = CTBronchi::MeasureTime( inverter );
 139    std::cout << "Inversion executed in " << t << " s" << std::endl;
 140
 141    // Compute hessian image
 142    typedef itk::HessianRecursiveGaussianImageFilter< TImage > _THessian;
 143    _THessian::Pointer hessian = _THessian::New( );
 144    hessian->SetInput( inverter->GetOutput( ) );
 145    hessian->SetSigma( s.getValue( ) );
 146    t = CTBronchi::MeasureTime( hessian );
 147    std::cout << "Hessian executed in " << t << " s" << std::endl;
 148
 149    // Vesselness
 150    typedef
 151    itk::Hessian3DToVesselnessMeasureImageFilter< TScalar >
 152    _TVesselness;
 153    _TVesselness::Pointer vesselness = _TVesselness::New( );
 154    vesselness->SetInput( hessian->GetOutput( ) );
 155    vesselness->SetAlpha1( a1.getValue( ) );
 156    vesselness->SetAlpha2( a2.getValue( ) );
 157    t = CTBronchi::MeasureTime( vesselness );
 158    std::cout << "Vesselness executed in " << t << " s" << std::endl;
 159
 160    // Write result
 161    CTBronchi::WriteImage( vesselness->GetOutput( ), out.getValue( ) );
 162    }
 163    catch( std::exception& err )
 164    {
 165    std::cerr
 166    << "===============================" << std::endl
 167    << "Error caught: " << std::endl
 168    << err.what( )
 169    << "===============================" << std::endl
 170    << std::endl;
 171    return( 1 );
 172
 173    } // yrt
 174    return( 0 );
 175    }
 176 */
 177 #endif // __CTBronchi__Process__h__
 178
 179 // eof - $RCSfile$