appli/CTBronchi/Process.h

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
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   4 #ifndef __CTBronchi__Process__h__
   5 #define __CTBronchi__Process__h__
   6
   7 #include <map>
   8 #include <tuple>
   9 #include <fpa_ctbronchi_export.h>
  10 #include "Image.h"
  11 #include "Skeleton.h"
  12
  13 namespace CTBronchi
  14 {
  15   class FPA_CTBRONCHI_EXPORT Process
  16   {
  17   public:
  18     // Some types and values
  19     static const unsigned int Dim = 3;
  20     typedef short         TPixel;
  21     typedef unsigned char TLabel;
  22     typedef float         TScalar;
  23     typedef std::string   TString;
  24
  25     // Arguments
  26     typedef std::tuple< TString, TString, bool > TStrArg;
  27     typedef std::tuple< TScalar, TString, bool > TDblArg;
  28     typedef std::map< TString, TStrArg >         TStrArgs;
  29     typedef std::map< TString, TDblArg >         TDblArgs;
  30
  31     // Images
  32     typedef CTBronchi::Image< TPixel, Dim >  TPixelImage;
  33     typedef CTBronchi::Image< TLabel, Dim >  TLabelImage;
  34     typedef CTBronchi::Image< TScalar, Dim > TScalarImage;
  35
  36     // Skeleton
  37     typedef CTBronchi::Skeleton< Dim > TSkeleton;
  38
  39     // Seed
  40     typedef TPixelImage::TImage::PointType TPoint;
  41     typedef TPixelImage::TImage::IndexType TIndex;
  42     typedef std::pair< TIndex, TPoint >    TSeed;
  43
  44   public:
  45     Process( );
  46     virtual ~Process( );
  47
  48     void ParseArguments( int argc, char* argv[] );
  49     void Update( );
  50
  51   protected:
  52     template< class _TImage >
  53     void _Input( _TImage& input );
  54
  55     template< class _TInput, class _TVesselness >
  56     void _Vesselness( _TInput& input, _TVesselness& vesselness );
  57
  58     template< class _TInput, class _TMori, class _TSeed >
  59     void _Mori( _TInput& input, _TMori& mori, _TSeed& seed );
  60
  61     template< class _TInput, class _TMori, class _TVesselness, class _TLabels >
  62     void _MoriLabelling(
  63       _TInput& input, _TMori& mori, _TVesselness& vesselness, _TLabels& labels
  64       );
  65
  66     template< class _TInput, class _TLabels, class _TFastRW >
  67     void _FastRW( _TInput& input, _TLabels& labels, _TFastRW& fastrw );
  68
  69     template< class _TInput, class _TLabels, class _TVesselness, class _TSliceRW >
  70     void _SliceRW(
  71       _TInput& input, _TLabels& labels, _TVesselness& vesselness, _TSliceRW& slicerw
  72       );
  73
  74     template< class _TInput >
  75     void _AndImages( _TInput& a, _TInput& b, _TInput& c );
  76
  77     template< class _TInput, class _TSkeleton >
  78     void _Skeleton( _TInput& a, _TSkeleton& s, const TString& fname );
  79
  80   protected:
  81     TStrArgs m_StrArgs;
  82     TDblArgs m_DblArgs;
  83
  84     TSeed  m_Seed;
  85     TLabel m_UndefinedLabel;
  86     TLabel m_InsideLabel;
  87     TLabel m_OutsideLabel;
  88
  89     TPixelImage  m_Input;
  90     TScalarImage m_Vesselness;
  91     TLabelImage  m_Mori;
  92     TLabelImage  m_Labels;
  93     TLabelImage  m_FastRW;
  94     TLabelImage  m_SliceRW;
  95     TLabelImage  m_AndRW;
  96
  97     TSkeleton m_FastRWSkeleton;
  98     TSkeleton m_SliceRWSkeleton;
  99     TSkeleton m_AndRWSkeleton;
 100   };
 101
 102 } // ecapseman
 103
 104 #endif // __CTBronchi__Process__h__
 105
 106 // eof - $RCSfile$