appli/CTBronchi/SliceBySliceRandomWalker.cxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #include <string>
   7 #include <tclap/CmdLine.h>
   8 #include <itkImage.h>
   9 #include <fpa/Common/SliceBySliceRandomWalker.h>
  10 #include "Functions.h"
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  12 // -------------------------------------------------------------------------
  13 const unsigned int Dim = 3;
  14 typedef short                                  TPixel;
  15 typedef unsigned char                          TLabel;
  16 typedef itk::NumericTraits< TPixel >::RealType TScalar;
  17 typedef itk::Image< TPixel, Dim >              TImage;
  18 typedef itk::Image< TLabel, Dim >              TLabels;
  19 typedef itk::Image< TScalar, Dim >             TScalarImage;
  20
  21 // -------------------------------------------------------------------------
  22 int main( int argc, char* argv[] )
  23 {
  24   typedef TCLAP::ValueArg< std::string > _TStringArg;
  25   typedef TCLAP::ValueArg< TScalar > _TRealArg;
  26
  27   // Parse input line
  28   _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  29   _TStringArg labels( "l", "labels", "Input labels", true, "", "file" );
  30   _TStringArg vesselness( "v", "vesselness", "Input vesselness", true, "", "file" );
  31   _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  32   _TRealArg beta( "b", "beta", "Beta", false, 2.5, "value (2.5)" );
  33   _TRealArg eps( "e", "epsilon", "Epsilon", false, 1e-5, "value (1e-5)" );
  34   _TRealArg vThr( "t", "vthreshold", "Vesselness thresnold (%)", false, 5, "value (5)" );
  35   try
  36   {
  37     TCLAP::CmdLine cmd( "FastRandomWalker", ' ', "1.0.0" );
  38     cmd.add( eps );
  39     cmd.add( vThr );
  40     cmd.add( beta );
  41     cmd.add( out );
  42     cmd.add( vesselness );
  43     cmd.add( labels );
  44     cmd.add( in );
  45     cmd.parse( argc, argv );
  46   }
  47   catch( TCLAP::ArgException& err )
  48   {
  49     std::cerr
  50       << "===============================" << std::endl
  51       << "Error caught: " << std::endl
  52       << err.error( ) << " " << err.argId( ) << std::endl
  53       << "===============================" << std::endl
  54       << std::endl;
  55     return( 1 );
  56
  57   } // yrt
  58
  59   try
  60   {
  61     // Read input image
  62     TImage::Pointer input_image;
  63     CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
  64
  65     // Read input labels
  66     TLabels::Pointer input_labels;
  67     CTBronchi::ReadImage( input_labels, labels.getValue( ) );
  68
  69     // Read input vesselness
  70     TScalarImage::Pointer input_vesselness;
  71     CTBronchi::ReadImage( input_vesselness, vesselness.getValue( ) );
  72
  73     // Random walk
  74     typedef fpa::Common::SliceBySliceRandomWalker< TImage, TLabels, TScalarImage > TFilter;
  75     TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  76     filter->SetInput( input_image );
  77     filter->SetInputLabels( input_labels );
  78     filter->SetInputVesselness( input_vesselness );
  79     filter->SetBeta( beta.getValue( ) );
  80     filter->SetVesselnessThreshold( vThr.getValue( ) );
  81     filter->SetEpsilon( eps.getValue( ) );
  82     double t = CTBronchi::MeasureTime( filter );
  83     std::cout
  84       << "SliceBySliceRandomWalker executed in "
  85       << t << " s" << std::endl;
  86
  87     // Write result
  88     CTBronchi::WriteImage( filter->GetOutput( ), out.getValue( ) );
  89   }
  90   catch( std::exception& err )
  91   {
  92     std::cerr
  93       << "===============================" << std::endl
  94       << "Error caught: " << std::endl
  95       << err.what( ) << std::endl
  96       << "===============================" << std::endl
  97       << std::endl;
  98     return( 1 );
  99
 100   } // yrt
 101   return( 0 );
 102 }
 103
 104 // eof - $RCSfile$