appli/CTBronchi/SliceBySliceRandomWalker.cxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
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   6 #include <string>
   7 #include <tclap/CmdLine.h>
   8 #include <itkImage.h>
   9 #include <fpa/Common/SliceBySliceRandomWalker.h>
  10 #include "Functions.h"
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  12 // -------------------------------------------------------------------------
  13 const unsigned int Dim = 3;
  14 typedef short                                  TPixel;
  15 typedef unsigned char                          TLabel;
  16 typedef itk::NumericTraits< TPixel >::RealType TScalar;
  17 typedef itk::Image< TPixel, Dim >              TImage;
  18 typedef itk::Image< TLabel, Dim >              TLabels;
  19 typedef itk::Image< TScalar, Dim >             TScalarImage;
  20
  21 // -------------------------------------------------------------------------
  22 int main( int argc, char* argv[] )
  23 {
  24   typedef TCLAP::ValueArg< std::string > _TStringArg;
  25   typedef TCLAP::ValueArg< TScalar > _TRealArg;
  26
  27   // Parse input line
  28   _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  29   _TStringArg labels( "l", "labels", "Input labels", true, "", "file" );
  30   _TStringArg vesselness( "v", "vesselness", "Input vesselness", true, "", "file" );
  31   _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  32   _TRealArg beta( "b", "beta", "Beta", false, 2.5, "value (2.5)" );
  33   _TRealArg eps( "e", "epsilon", "Epsilon", false, 1e-5, "value (1e-5)" );
  34   try
  35   {
  36     TCLAP::CmdLine cmd( "FastRandomWalker", ' ', "1.0.0" );
  37     cmd.add( eps );
  38     cmd.add( beta );
  39     cmd.add( out );
  40     cmd.add( vesselness );
  41     cmd.add( labels );
  42     cmd.add( in );
  43     cmd.parse( argc, argv );
  44   }
  45   catch( TCLAP::ArgException& err )
  46   {
  47     std::cerr
  48       << "===============================" << std::endl
  49       << "Error caught: " << std::endl
  50       << err.error( ) << " " << err.argId( ) << std::endl
  51       << "===============================" << std::endl
  52       << std::endl;
  53     return( 1 );
  54
  55   } // yrt
  56
  57   try
  58   {
  59     // Read input image
  60     TImage::Pointer input_image;
  61     CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
  62
  63     // Read input labels
  64     TLabels::Pointer input_labels;
  65     CTBronchi::ReadImage( input_labels, labels.getValue( ) );
  66
  67     // Read input vesselness
  68     TScalarImage::Pointer input_vesselness;
  69     CTBronchi::ReadImage( input_vesselness, vesselness.getValue( ) );
  70
  71     // Random walk
  72     typedef fpa::Common::SliceBySliceRandomWalker< TImage, TLabels, TScalarImage > TFilter;
  73     TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  74     filter->SetInput( input_image );
  75     filter->SetInputLabels( input_labels );
  76     filter->SetInputVesselness( input_vesselness );
  77
  78     // Prepare weight functor
  79     /* TODO
  80        typedef fpa::Functors::Dijkstra::Image::Gaussian< TImage, TScalar > TWeight;
  81        TWeight::Pointer weight = TWeight::New( );
  82        weight->SetBeta( beta.getValue( ) );
  83        weight->SetEpsilon( eps.getValue( ) );
  84
  85        // Random walk
  86        typedef fpa::Filters::Image::RandomWalker< TImage, TLabels, TScalar > TFilter;
  87        TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  88        filter->SetInputImage( input_image );
  89        filter->SetInputLabels( input_labels );
  90        filter->SetWeightFunction( weight );
  91        double t = CTBronchi::MeasureTime( filter );
  92        std::cout << "FastRandomWalk executed in " << t << " s" << std::endl;
  93
  94        // Write result
  95        CTBronchi::WriteImage( filter->GetOutputLabels( ), out.getValue( ) );
  96     */
  97   }
  98   catch( std::exception& err )
  99   {
 100     std::cerr
 101       << "===============================" << std::endl
 102       << "Error caught: " << std::endl
 103       << err.what( ) << std::endl
 104       << "===============================" << std::endl
 105       << std::endl;
 106     return( 1 );
 107
 108   } // yrt
 109   return( 0 );
 110 }
 111
 112 // eof - $RCSfile$