appli/exObjectVaryingProperties/main.cxx

   1 /*
   2         # ---------------------------------------------------------------------
   3         #
   4         # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5         #                        pour la Santé)
   6         # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7         # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8         # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9         #
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  15         #  or in the file LICENSE.txt.
  16         #
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  22         #
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  24         #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25         # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  28 #include <config.h>
  29 #endif
  30
  31 #include <stdio.h>
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include "brukerdataset.h"
  34 #include "brukerkspaceobject.h"
  35 #include "brukerimage.h"
  36
  37
  38 int main(int argc, char *argv[])
  39 {
  40    BrukerDataSet acqp1, reco1;
  41    std::string file2Read1("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/acqp");
  42    std::string file2Read2("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/pdata/1/reco");
  43    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/acqp");
  44    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/pdata/1/reco");
  45    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/acqp");
  46    acqp1.LoadFile(file2Read1);
  47    reco1.LoadFile(file2Read2);
  48    std::cout << "=============== acqp1 FillMap =================" << std::endl;
  49    acqp1.FillMap();
  50    acqp1.PrintSelf();
  51    std::cout << "=============== End acqp1 FillMap =================" << std::endl;
  52    std::cout << "=============== reco1 FillMap =================" << std::endl;
  53    reco1.FillMap();
  54    reco1.PrintSelf();
  55    std::cout << "=============== End reco1 FillMap =================" << std::endl;
  56
  57
  58
  59    std::cout << "=============== BuildLoopStructure =================" << std::endl;
  60
  61 // LoopStructure is used to control the way the loops can be unrolled (in ObjectsLineList)
  62    acqp1.SetLoopStructure();
  63    std::vector<int> TempVect = acqp1.GetLoopStructure() ;
  64    for(int i=0;i<TempVect.size();i++){
  65       std::cout<<"GenericLoopStructure["<<i<<"]="<<TempVect[i]<<std::endl;
  66    }
  67    std::cout << "=============== End BuildLoopStructure =================" << std::endl;
  68
  69    std::cout << "=============== SetBrukerObjectsLineStructure =================" << std::endl;
  70
  71 // ObjectsLineList is a matrix containing for each line acquired which was its position in the acquisition loop
  72 // This position do not take into account an eventual slice interleaved acquisition
  73
  74    acqp1.SetBrukerObjectsLineList();
  75    std::vector<std::vector<int> > TempMat=acqp1.GetBrukerObjectsLineList();
  76    std::map<std::string, BrukerFieldData> Map=acqp1.GetBrukerHeaderMap();
  77
  78 //ObjectVaryingProperties is a method centralizing the access to "all" the varying properties of images like position, orientation, echo time, .....
  79 //It needs the BrukerHeaderMap and the LoopStructure as input
  80
  81    bool result=acqp1.ObjectVaryingProperties.init(Map,TempVect);
  82    int  Reordered,i,j,k,l;
  83    std::vector<std::vector<double> > TempMat2;
  84    for(int i=0;i<TempMat.size();i++){
  85       std::cout<<std::endl<<"["<<i<<"] ";
  86       for (int j=0;j<TempMat[0].size();j++)
  87          std::cout<< "["<<TempMat[i][j]<<"] ";
  88 // fugly trick but sofar the eventual interleaved information applies to the slice loop =>BrukerObjectsLineList[*][2]
  89       Reordered=acqp1.ObjectVaryingProperties.getAcquisitionOrder(TempMat[i][2]);
  90       std::cout<<" TE = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getTE(TempMat[i][0]);
  91 // And the Reordering applies to values "constructed" exterior to the slice loop (ie : BrukerObjectsLineList[*][>=2])
  92       std::cout<<"   [R,P,S]xyz = ["<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionR(Reordered);
  93       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionP(Reordered);
  94       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionS(Reordered)<<"]  ";
  95       TempMat2=acqp1.ObjectVaryingProperties.getOrientation(Reordered);
  96       std::cout<<"   [R,P,S]orient = [";
  97       for (k=0;k<=2;k++){
  98          std::cout << "[";
  99          for (l=0;l<=2;l++) std::cout<< TempMat2[k][l]<<"  ";
 100             std::cout<<"]";
 101       }
 102       std::cout<<"]";
 103       std::cout<<"    Slice Number = "<<Reordered<<"  ";
 104       std::cout<<" TimePositionPerNR = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(TempMat[i].back());
 105    }
 106    std::cout<<std::endl;
 107    std::cout << "=============== End SetBrukerObjectsLineStructure =================" << std::endl;
 108
 109 //Same routine as above but instead of scruting the loop structure of raw data
 110 //we deal with an image structure so the loops used to construct an image do not appear anymore
 111 //but apparently the interleaveness stand still
 112
 113    std::cout << "=============== Begin BrukerImageStructure=================" << std::endl;
 114    acqp1.SetImageLoopStructure();
 115    acqp1.SetBrukerImageList();
 116    std::vector<std::vector<int> > BrukerImageList=acqp1.GetBrukerImageList();
 117    std::vector<std::vector<double> > BrukerImageList2;
 118    for(int i=0;i<BrukerImageList.size();i++){
 119       std::cout<<std::endl<<"["<<i<<"] ";
 120       for (int j=0;j<BrukerImageList[0].size();j++)
 121          std::cout<< "["<<BrukerImageList[i][j]<<"] ";
 122       Reordered=acqp1.ObjectVaryingProperties.getAcquisitionOrder(BrukerImageList[i][2]);
 123       std::cout<<" TE = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getTE(BrukerImageList[i][0]);
 124       std::cout<<"   [R,P,S]xyz = ["<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionR(Reordered);
 125       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionP(Reordered);
 126       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionS(Reordered)<<"]  ";
 127       BrukerImageList2=acqp1.ObjectVaryingProperties.getOrientation(Reordered);
 128       std::cout<<"   [R,P,S]orient = [";
 129       for (k=0;k<=2;k++){
 130          std::cout << "[";
 131          for (l=0;l<=2;l++)
 132             std::cout<< BrukerImageList2[k][l]<<"  ";
 133          std::cout<<"]";
 134       }
 135       std::cout<<"]";
 136       std::cout<<"    Slice Number = "<<Reordered<<"  ";
 137       std::cout<<" TimePositionPerNR = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(BrukerImageList[i].back());
 138    }
 139    std::cout<<std::endl;
 140    std::cout << "=============== End  BrukerImageStructure=============" << std::endl;
 141
 142
 143    BrukerImage Image(acqp1,reco1);
 144    Image.Init(acqp1,reco1,1);
 145    std::vector<BrukerImage> ImageSet;
 146
 147    for(int i=0;i<BrukerImageList.size();i++){
 148       Image.Init(acqp1,reco1,i);
 149       ImageSet.push_back(Image);
 150    };
 151
 152    std::string fid("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/fid");
 153    std::cout << "=============== Getkspace =================" << std::endl;
 154    acqp1.Getkspace(fid);
 155    std::cout << "=============== End Getkspace =================" << std::endl;
 156    return EXIT_SUCCESS;
 157 }