appli/examples/example_3DGulsunTekMedialness.cxx

   1 #include <cstdlib>
   2 #include <iostream>
   3 #include <string>
   4
   5 #include <itkImage.h>
   6 #include <itkImageFileReader.h>
   7 #include <itkImageFileWriter.h>
   8 #include <itkSimpleFilterWatcher.h>
   9 #include <itkVector.h>
  10
  11 #include <cpPlugins/Extensions/Algorithms/MultiScaleGaussianImageFilter.h>
  12 #include <cpPlugins/Extensions/Algorithms/GulsunTekMedialness.h>
  13 #include <cpPlugins/Extensions/Algorithms/ImageFunctionFilter.h>
  14
  15 // -------------------------------------------------------------------------
  16 typedef short        TPixel;
  17 typedef float        TScalar;
  18 const   unsigned int Dimension = 3;
  19
  20 typedef itk::Vector< TScalar, Dimension  > TVector;
  21 typedef itk::Image< TPixel,  Dimension >   TImage;
  22 typedef itk::Image< TVector, Dimension >   TGradient;
  23 typedef itk::Image< TScalar,  Dimension >  TScalarImage;
  24
  25 // -------------------------------------------------------------------------
  26 int main( int argc, char* argv[] )
  27 {
  28   if( argc < 8 )
  29   {
  30     std::cout
  31       << "Usage: " << argv[ 0 ]
  32       << " input_image output_medialness"
  33       << " min_radius max_radius profile_sampling radial_sampling"
  34       << " s0 s1 ..."
  35       << std::endl;
  36     return( 1 );
  37
  38   } // fi
  39   std::string image_fn = argv[ 1 ];
  40   std::string medialness_fn = argv[ 2 ];
  41   double min_radius = std::atof( argv[ 3 ] );
  42   double max_radius = std::atof( argv[ 4 ] );
  43   unsigned int profile_sampling = std::atoi( argv[ 5 ] );
  44   unsigned int radial_sampling = std::atoi( argv[ 6 ] );
  45
  46   // Read image
  47   itk::ImageFileReader< TImage >::Pointer image_reader =
  48     itk::ImageFileReader< TImage >::New( );
  49   image_reader->SetFileName( image_fn );
  50   try
  51   {
  52     image_reader->Update( );
  53   }
  54   catch( itk::ExceptionObject& err )
  55   {
  56     std::cerr << err << std::endl;
  57     return( 1 );
  58
  59   } // yrt
  60
  61   // Prepare filter
  62   typedef cpPlugins::Extensions::Algorithms::
  63     MultiScaleGaussianImageFilter< TImage, TGradient > TGradientFilter;
  64
  65   TGradientFilter::Pointer gradientFilter = TGradientFilter::New( );
  66   gradientFilter->SetFilterToGradient( );
  67   gradientFilter->SetInput( image_reader->GetOutput( ) );
  68   for( int i = 7; i < argc; ++i )
  69     gradientFilter->AddScale( std::atof( argv[ i ] ) );
  70
  71   // Execute filter
  72   itk::SimpleFilterWatcher gradientFilter_watcher( gradientFilter, "Gradient" );
  73   gradientFilter->Update( );
  74
  75   // Prepare medialness function
  76   typedef cpPlugins::Extensions::Algorithms::
  77     GulsunTekMedialness< TGradient > TMedialness;
  78   TMedialness::Pointer medialness = TMedialness::New( );
  79   medialness->SetInputImage( gradientFilter->GetOutput( ) );
  80   medialness->SetMinRadius( min_radius );
  81   medialness->SetMaxRadius( max_radius );
  82   medialness->SetProfileSampling( profile_sampling );
  83   medialness->SetRadialSampling( radial_sampling );
  84
  85   // Prepare output filter
  86   typedef cpPlugins::Extensions::Algorithms::
  87     ImageFunctionFilter< TGradient, TScalarImage, TMedialness >
  88     TFunctionApplier;
  89   TFunctionApplier::Pointer medialnessFilter = TFunctionApplier::New( );
  90   medialnessFilter->SetInput( gradientFilter->GetOutput( ) );
  91   medialnessFilter->SetFunction( medialness );
  92
  93   // Execute filter
  94   itk::SimpleFilterWatcher medialnessFilter_watcher(
  95     medialnessFilter, "Medialness"
  96     );
  97   medialnessFilter->Update( );
  98
  99   // Write image
 100   itk::ImageFileWriter< TScalarImage >::Pointer medialness_writer =
 101     itk::ImageFileWriter< TScalarImage >::New( );
 102   medialness_writer->SetInput( medialnessFilter->GetOutput( ) );
 103   medialness_writer->SetFileName( medialness_fn );
 104   try
 105   {
 106     medialness_writer->Update( );
 107   }
 108   catch( itk::ExceptionObject& err )
 109   {
 110     std::cerr << err << std::endl;
 111     return( 1 );
 112
 113   } // yrt
 114
 115   return( 0 );
 116 }
 117
 118 // eof - $RCSfile$