appli/examples/example_ExtractDICOMSeries.cxx

   1 #include <cstdlib>
   2 #include <iostream>
   3 #include <string>
   4 #include <vector>
   5
   6 #include <itkImage.h>
   7 #include <itkGDCMImageIO.h>
   8 #include <itkGDCMSeriesFileNames.h>
   9 #include <itkImageSeriesReader.h>
  10 #include <itkImageFileWriter.h>
  11
  12 // -------------------------------------------------------------------------
  13 typedef short      TPixel;
  14 const unsigned int Dim = 3;
  15 typedef itk::Image< TPixel, Dim > TImage;
  16
  17 // -------------------------------------------------------------------------
  18 int main( int argc, char* argv[] )
  19 {
  20   if( argc < 3 )
  21   {
  22     std::cerr
  23       << "Usage: " << std::endl
  24       << argv[ 0 ] << " dicom_dir output_extension"
  25       << std::endl;
  26     return( 1 );
  27
  28   } // fi
  29   std::string dicom_dir = argv[ 1 ];
  30   std::string output_extension = argv[ 2 ];
  31
  32   typedef itk::GDCMSeriesFileNames TNameGenerator;
  33   TNameGenerator::Pointer name_gen = TNameGenerator::New( );
  34   name_gen->SetUseSeriesDetails( true );
  35   name_gen->AddSeriesRestriction( "0008|0021" );
  36   name_gen->SetDirectory( dicom_dir );
  37   try
  38   {
  39     typedef std::vector< std::string > TSeriesIdContainer;
  40     const TSeriesIdContainer& seriesUID = name_gen->GetSeriesUIDs( );
  41
  42     TSeriesIdContainer::const_iterator serieIt = seriesUID.begin( );
  43     for( ; serieIt != seriesUID.end( ); ++serieIt )
  44     {
  45       // Get series identifier
  46       std::string serieId = serieIt->c_str( );
  47       std::cout
  48         << "\nReading: "
  49         << serieId << std::endl;
  50
  51       // Get filenames for actual serie
  52       typedef std::vector< std::string > TFileNamesContainer;
  53       TFileNamesContainer filenames;
  54       filenames = name_gen->GetFileNames( serieId );
  55
  56       // Read image
  57       itk::ImageSeriesReader< TImage >::Pointer reader =
  58         itk::ImageSeriesReader< TImage >::New( );
  59       itk::GDCMImageIO::Pointer dicomIO = itk::GDCMImageIO::New( );
  60       reader->SetImageIO( dicomIO );
  61       reader->SetFileNames( filenames );
  62
  63       // Write image
  64       std::string serie_filename;
  65       serie_filename = dicom_dir + "/" + serieId + "." + output_extension;
  66
  67       itk::ImageFileWriter< TImage >::Pointer writer =
  68         itk::ImageFileWriter< TImage >::New( );
  69       writer->SetFileName( serie_filename );
  70       writer->UseCompressionOff( );
  71       writer->SetInput( reader->GetOutput( ) );
  72       std::cout << "Writing: " << serie_filename << std::endl;
  73       try
  74       {
  75         writer->Update( );
  76       }
  77       catch( itk::ExceptionObject& err )
  78       {
  79         std::cerr << " Error caught: " << err << std::endl;
  80
  81       } // yrt
  82
  83     } // rof
  84   }
  85   catch( itk::ExceptionObject& err )
  86   {
  87     std::cerr << "Error caught: " << std::endl << err << std::endl;
  88     return( 1 );
  89
  90   } // yrt
  91   return( 0 );
  92 }
  93
  94 // eof - $RCSfile$