appli/examples/example_IncrementalRegionGrow_Thresholds.cxx

   1 #include <cstdlib>
   2 #include <iostream>
   3 #include <fstream>
   4 #include <limits>
   5 #include <string>
   6 #include <vector>
   7
   8 #include <itkImage.h>
   9 #include <itkImageToVTKImageFilter.h>
  10
  11 #include <itkImageFileReader.h>
  12 #include <itkImageFileWriter.h>
  13
  14 #include <vtkCamera.h>
  15 #include <vtkImageActor.h>
  16 #include <vtkInteractorStyleImage.h>
  17 #include <vtkPointHandleRepresentation3D.h>
  18 #include <vtkProperty.h>
  19 #include <vtkRenderer.h>
  20 #include <vtkRenderWindow.h>
  21 #include <vtkRenderWindowInteractor.h>
  22 #include <vtkSeedRepresentation.h>
  23 #include <vtkSeedWidget.h>
  24 #include <vtkSmartPointer.h>
  25
  26 #include <fpa/Image/Dijkstra.h>
  27 #include <fpa/Image/Functors/ImageAbsoluteDifferenceCostFunction.h>
  28 #include <fpa/VTK/ImageMPR.h>
  29 #include <fpa/VTK/Image3DObserver.h>
  30
  31 // -------------------------------------------------------------------------
  32 const unsigned int Dim = 3;
  33 typedef float TInputPixel;
  34 typedef float TOutputPixel;
  35
  36 typedef itk::Image< TInputPixel, Dim >            TInputImage;
  37 typedef itk::Image< TOutputPixel, Dim >           TOutputImage;
  38 typedef itk::ImageToVTKImageFilter< TInputImage > TVTKInputImage;
  39
  40 // -------------------------------------------------------------------------
  41 int main( int argc, char* argv[] )
  42 {
  43   if( argc < 8 )
  44   {
  45     std::cerr
  46       << "Usage: " << argv[ 0 ]
  47       << " input_image input_seeds output_image"
  48       << " neighborhood_order stop_at_one_front"
  49       << " init_seed end_seed"
  50       << std::endl;
  51     return( 1 );
  52
  53   } // fi
  54   std::string input_image_fn = argv[ 1 ];
  55   std::string input_seeds_fn = argv[ 2 ];
  56   std::string output_image_fn = argv[ 3 ];
  57   unsigned int neighborhood_order = std::atoi( argv[ 4 ] );
  58   bool stop_at_one_front = ( std::atoi( argv[ 5 ] ) != 0 );
  59   unsigned int init_seed = std::atoi( argv[ 6 ] );
  60   unsigned int end_seed = std::atoi( argv[ 7 ] );
  61
  62   // Read image
  63   itk::ImageFileReader< TInputImage >::Pointer input_image_reader =
  64     itk::ImageFileReader< TInputImage >::New( );
  65   input_image_reader->SetFileName( input_image_fn );
  66   try
  67   {
  68     input_image_reader->Update( );
  69   }
  70   catch( itk::ExceptionObject& err )
  71   {
  72     std::cerr
  73       << "Error while reading image from " << input_image_fn << ": "
  74       << err << std::endl;
  75     return( 1 );
  76
  77   } // yrt
  78   TInputImage::ConstPointer input_image = input_image_reader->GetOutput( );
  79   TVTKInputImage::Pointer vtk_input_image = TVTKInputImage::New( );
  80   vtk_input_image->SetInput( input_image );
  81   vtk_input_image->Update( );
  82
  83   // Show input image and let some interaction
  84   fpa::VTK::ImageMPR view;
  85   view.SetBackground( 0.3, 0.2, 0.8 );
  86   view.SetSize( 600, 600 );
  87   view.SetImage( vtk_input_image->GetOutput( ) );
  88
  89   // Allow some interaction
  90   view.Render( );
  91   view.Start( );
  92
  93   // Prepare region grow filter and cost function
  94   typedef fpa::Image::Dijkstra< TInputImage, TOutputImage > TFilter;
  95   typedef fpa::Image::Functors::
  96     ImageAbsoluteDifferenceCostFunction< TFilter::TInputImage, TFilter::TResult >
  97     TCost;
  98
  99   TCost::Pointer cost = TCost::New( );
 100
 101   TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
 102   filter->SetInput( input_image );
 103   filter->SetCostFunction( cost );
 104   filter->SetConversionFunction( NULL );
 105   filter->SetNeighborhoodOrder( neighborhood_order );
 106   filter->SetStopAtOneFront( stop_at_one_front );
 107
 108   // Get user-given seeds
 109   std::ifstream input_seeds_str( input_seeds_fn.c_str( ) );
 110   if( !input_seeds_str )
 111   {
 112     std::cerr << "Error opening \"" << input_seeds_fn << "\"" << std::endl;
 113     return( 1 );
 114
 115   } // fi
 116
 117   unsigned int nSeeds;
 118   input_seeds_str >> nSeeds;
 119   std::vector< TInputImage::IndexType > input_seeds;
 120   for( unsigned int s = 0; s < nSeeds; s++ )
 121   {
 122     TInputImage::IndexType idx;
 123     input_seeds_str >> idx[ 0 ] >> idx[ 1 ] >> idx[ 2 ];
 124     input_seeds.push_back( idx );
 125
 126   } // rof
 127   input_seeds_str.close( );
 128
 129   filter->AddSeed( input_seeds[ init_seed ], 0 );
 130   filter->AddSeed( input_seeds[ end_seed ], 0 );
 131
 132   // Prepare graphical debugger
 133   typedef fpa::VTK::Image3DObserver< TFilter, vtkRenderWindow > TDebugger;
 134   TDebugger::Pointer debugger = TDebugger::New( );
 135   debugger->SetRenderWindow( view.GetWindow( ) );
 136   debugger->SetRenderPercentage( 0.0001 );
 137   filter->AddObserver( itk::AnyEvent( ), debugger );
 138   filter->ThrowEventsOn( );
 139
 140   // Go!
 141   filter->Update( );
 142
 143   // Save final total cost map
 144   itk::ImageFileWriter< TOutputImage >::Pointer output_image_writer =
 145     itk::ImageFileWriter< TOutputImage >::New( );
 146   output_image_writer->SetFileName( output_image_fn );
 147   output_image_writer->SetInput( filter->GetOutput( ) );
 148   try
 149   {
 150     output_image_writer->Update( );
 151   }
 152   catch( itk::ExceptionObject& err )
 153   {
 154     std::cerr
 155       << "Error while writing image to " << output_image_fn << ": "
 156       << err << std::endl;
 157     return( 1 );
 158
 159   } // yrt
 160
 161   return( 0 );
 162 }
 163
 164 // eof - $RCSfile$