appli/testBruker2Dicom/testBruker2Dicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: testBruker2Dicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2009/06/19 15:51:44 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Transform private Bruker tree structure
  21  * into the equivalent, with DICOM files *and/or* MHD files.
  22  *
  23  */
  24 #include "bruker2dicom.h"
  25
  26 #include "gdcmCommon.h"
  27 #include "gdcmDebug.h"
  28 #include "gdcmUtil.h"
  29 #include "gdcmDirList.h"
  30
  31 #include "gdcmArgMgr.h"
  32
  33 #include "bruker2dicom.h"
  34 #include "brukerexception.h"
  35
  36 // ===================================================================================================
  37 /**
  38   * \brief
  39   *          - explores  the given root directory e.g. :
  40   *            B67d1.Bp1
  41   *              subject
  42   *              AdjStatePerStudy
  43   *              1
  44   *                 acqp
  45   *                 AdjStatePerScan
  46   *                 fid
  47   *                 imnd / method
  48   *                 pulseprogram
  49   *                 spnam0
  50   *                 spnam1
  51   *                 pdata
  52   *                    1                // only 'native' images
  53   *                       2dseq
  54   *                       d3proc
  55   *                       meta
  56   *                       procs
  57   *                       reco  <--
  58   *                       roi
  59   *                       CreatisComputedCartoFile
  60   *                    2                // post processed images (if any)
  61   *                       2dseq
  62   *                       d3proc
  63   *                       isa  <--
  64   *                       meta
  65   *                       procs
  66   *                       roi                      ...
  67   *                       roi
  68   *                    3                // post processed images (if any)
  69   *                       2dseq
  70   *                       d3proc
  71   *                       isa  <--
  72   *                       meta
  73   *                       procs
  74   *                       roi
  75   *                    ...
  76   *              2
  77   *                 acqp
  78   *                 fid
  79   *                 ...
  80   *                 pdata
  81   *              3
  82   *                ...
  83   *          - fills a single level Directory with the MHD files,
  84   */
  85
  86
  87 int main(int argc, char *argv[])
  88 {
  89    START_USAGE(usage)
  90    " \n testBruker2Dicom : \n                                                 ",
  91    " - explores the given directory, at the 3 levels,                         ",
  92    " - fills an equivalent Directory with the MHD files or the DICOM files    ",
  93    " usage: testBruker2Dicom dirin=rootDirectoryName                          ",
  94    "                         dirout=outputDirectoryName                       ",
  95    "                   [D] [M]                                                ",
  96    "                   [{b|l}] b:BigEndian,l:LittleEndian default : l         ",
  97    "                   [debug] [verbose] [listonly]                           ",
  98    "                                                                          ",
  99    "   D         : user wants to export as DICOM                              ",
 100    "   M         : user wants to export as MHD                                ",
 101    "  debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'        ",
 102    FINISH_USAGE
 103
 104    // ------------ Initialize Arguments Manager ----------------
 105    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am= new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
 106
 107    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 108    {
 109       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 110       delete am;
 111       return 1;
 112    }
 113
 114    // create the devilish object!
 115    Bruker2Dicom b2d;
 116
 117    const char *dirNamein;
 118    dirNamein  = am->ArgMgrGetString("dirin",".");
 119
 120    const char *dirNameout;
 121    dirNameout  = am->ArgMgrGetString("dirout",".");
 122
 123 // note : Big Endian / Little Endian pb not yet dealt with.
 124 //        not a great issue, since everybody (?) works on Intell procs
 125    int b = am->ArgMgrDefined("b");
 126    int l = am->ArgMgrDefined("l");
 127
 128    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 129       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 130
 131    b2d.verbose  = am->ArgMgrDefined("verbose");
 132    int listonly = am->ArgMgrDefined("listonly");
 133
 134    int dicom    = am->ArgMgrDefined("D");
 135    int mhd      = am->ArgMgrDefined("M");
 136
 137    if (dicom)
 138       b2d.SetConvertModeToDicom();
 139    if (mhd)
 140       b2d.SetConvertModeToMhd();
 141
 142    /* if unused Param we give up */
 143    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 144    {
 145       am->ArgMgrUsage(usage);
 146       delete am;
 147       return 1;
 148    }
 149
 150 // patientName : found in Bruker parameter files
 151 // patientName  = am->ArgMgrGetString("patientname", "Patient^Name");
 152
 153 // b2d.day : unused  ...
 154    b2d.day          = am->ArgMgrGetString("day", "You_forget_the_Day");
 155
 156  delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 157
 158    // ----------- End Arguments Manager ---------
 159
 160
 161    // ----- Begin Processing -----
 162
 163    b2d.SetInputDirectory(dirNamein);
 164    b2d.SetOutputDirectory(dirNameout);
 165
 166    /// \TODO : *do* use exceptions in the methods!
 167
 168    try {
 169       b2d.Execute();
 170    }
 171    catch (int i)
 172    {
 173       std::cout << "Exception was thrown  (" << i << ") " << std::endl;
 174    }
 175    /*
 176    catch (std::exception& e) {
 177    std::cerr << "ERREUR: " << e.what() << "expected length: " << e.getExpectedLgt()
 178              << " Found : " << e.getFoundLgt() << std::endl;
 179    }
 180   */
 181
 182    catch (BrukerHopelessException &e)
 183    {
 184       std::cout << "And Hopless Exception was thrown  (" << e.what() << ") " << std::endl;
 185    }
 186
 187
 188 }
 189
 190