bbitkImageSeriesReader.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkImageSeriesReader.cxx,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2010/09/12 23:15:17 $
   6   Version:   $Revision: 1.11 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  18 *  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  20 *
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31 /**
  32  *  \file
  33  *  \brief
  34  */
  35 #ifdef _USE_ITK_
  36
  37 #include "bbitkImageSeriesReader.h"
  38 #include "bbitkPackage.h"
  39 #include "itkImageSeriesReader.h"
  40
  41 namespace bbitk
  42 {
  43   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageSeriesReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  44
  45   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageSeriesReader);
  46
  47
  48         //-----------------------------------------------------------------
  49         void ImageSeriesReader::bbUserSetDefaultValues()
  50         {
  51                 bbSetInputXSpacing(-1.0);
  52                 bbSetInputYSpacing(-1.0);
  53                 bbSetInputZSpacing(-1.0);
  54         }
  55
  56         //-----------------------------------------------------------------
  57         void ImageSeriesReader::bbUserInitializeProcessing()
  58         {
  59         }
  60
  61         //-----------------------------------------------------------------
  62         void ImageSeriesReader::bbUserFinalizeProcessing()
  63         {
  64         }
  65
  66
  67
  68   void ImageSeriesReader::Read()
  69   {
  70 std::cout << "--------------------------------------------------- ImageSeriesReader::Read( NO template)" << std::endl;
  71     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
  72     if (!filenames.size())
  73       {
  74         typedef Image_uint8_t_2_ptr itype;
  75         Image_uint8_t_2::Pointer p = Image_uint8_t_2::New();
  76         Image_uint8_t_2::IndexType i;
  77         i.Fill(0);
  78         Image_uint8_t_2::SizeType s;
  79         s.Fill(1);
  80         Image_uint8_t_2::RegionType r(i,s);
  81         p->SetRegions(r);
  82         p->Allocate();
  83         p->Register();
  84         bbSetOutputOut(p.GetPointer());
  85 std::cout << "--------------------------------------------------- ImageSeriesReader::Read( NO image found)" << std::endl;
  86         return;
  87         //bbtkError("Void vector passed to "<<bbGetFullName());
  88       }
  89
  90     std::string filename = filenames[0];
  91     std::cout << "--------------------------------------------------- size " << filenames.size() << std::endl;
  92 std::cout << "--------------------------------------------------- filenames[0] : " << filenames[0]<< std::endl;
  93 std::cout << "--------------------------------------------------- filename.c_str : " << filename.c_str()<< std::endl;
  94
  95     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  96       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  97                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  98
  99     if (!genericReader)
 100       {
 101         bbtkError(bbGetFullName()<<" : File format unknown (while reading [" << filename << "])");
 102       }
 103     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
 104     genericReader->ReadImageInformation();
 105
 106     // a stack of 2D images will result as a 3D image // JPRx
 107     int plusUn;
 108     if (filenames.size()>1)
 109        plusUn = 1;
 110     else
 111        plusUn = 0;
 112
 113     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions() + plusUn);
 114
 115     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(typ,Read);
 116
 117   }
 118
 119   /**
 120       Template Processing
 121   */
 122   template<class T>
 123   void ImageSeriesReader::Read()
 124   {
 125 std::cout << "--------------------------------------------------- ImageSeriesReader::Read()" << std::endl;
 126     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageSeriesReader<"
 127                         <<bbtk::TypeName<T>()
 128                         <<">::Read()"<<std::endl);
 129
 130     typedef T itkImageType;
 131     typedef itk::ImageSeriesReader< itkImageType > itkReaderType;
 132
 133     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
 134     const std::vector<std::string>& filenames = bbGetInputFileNames();
 135
 136 std::cout << "--------------------------------------------------- size " << filenames.size() << std::endl;
 137         for (int i = 0; i< (int)(filenames.size()); i++)
 138         std::cout << "-- [" <<filenames[i] << "]" << std::endl;
 139
 140     reader->SetFileNames(filenames);
 141
 142     try { reader->Update(); }
 143     catch( std::exception& e )
 144       {
 145         bbtkError("could not read image series : "<<e.what());
 146       }
 147
 148     // JPRx
 149     typename itkImageType::SpacingType spacingJPRx;
 150
 151     bool spacingToBeSet = false;
 152     if (bbGetInputXSpacing() > 0.)
 153     {
 154        spacingToBeSet = true;
 155        spacingJPRx[0]= bbGetInputXSpacing();
 156     }
 157
 158     if (bbGetInputYSpacing() > 0.)
 159     {
 160        spacingToBeSet = true;
 161        spacingJPRx[1]= bbGetInputYSpacing();
 162     }
 163
 164     if (bbGetInputZSpacing() > 0.)
 165     {
 166        spacingToBeSet = true;
 167        spacingJPRx[2]= bbGetInputZSpacing();
 168     }
 169
 170     if (spacingToBeSet)
 171        reader->GetOutput()->SetSpacing(spacingJPRx);
 172     // JPRx
 173
 174     reader->GetOutput()->Register();
 175     //    if (bbGetOutputOut())
 176     bbSetOutputOut ( reader->GetOutput() );
 177
 178     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 179   }
 180
 181 }
 182 // eo namespace bbtk
 183
 184 #endif