bbtk_creaVtk_PKG/src/bbcreaVtkImageThresholdConnectivity.cxx

   1 //=====
   2 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
   3 //=====
   4 #include "bbcreaVtkImageThresholdConnectivity.h"
   5 #include "bbcreaVtkPackage.h"
   6 #include "vtkImageThresholdConnectivity.h"
   7 #include "vtkPoints.h"
   8
   9 namespace bbcreaVtk
  10 {
  11
  12 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(creaVtk,ImageThresholdConnectivity)
  13 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageThresholdConnectivity,bbtk::AtomicBlackBox);
  14 //=====
  15 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
  16 //=====
  17 void ImageThresholdConnectivity::Process()
  18 {
  19 // THE MAIN PROCESSING METHOD BODY
  20 //   Here we simply set the input 'In' value to the output 'Out'
  21 //   And print out the output value
  22 // INPUT/OUTPUT ACCESSORS ARE OF THE FORM :
  23 //    void bbSet{Input|Output}NAME(const TYPE&)
  24 //    const TYPE& bbGet{Input|Output}NAME() const
  25 //    Where :
  26 //    * NAME is the name of the input/output
  27 //      (the one provided in the attribute 'name' of the tag 'input')
  28 //    * TYPE is the C++ type of the input/output
  29 //      (the one provided in the attribute 'type' of the tag 'input')
  30
  31     std::vector<int> lstX;
  32     std::vector<int> lstY;
  33     std::vector<int> lstZ;
  34     std::vector<int> point = bbGetInputPoint();
  35
  36     if (bbGetInputPoint().size()==3)
  37     {
  38         lstX.push_back( point[0] );
  39         lstY.push_back( point[1] );
  40         lstZ.push_back( point[2] );
  41     } else {
  42         lstX = bbGetInputLstX();
  43         lstY = bbGetInputLstY();
  44         lstZ = bbGetInputLstZ();
  45     }
  46
  47     if ( (bbGetInputIn()!=NULL) && (lstX.size()>0) && (lstX.size()==lstY.size()) && (lstX.size()==lstZ.size()) )
  48     {
  49         vtkImageThresholdConnectivity *filter = vtkImageThresholdConnectivity::New();
  50         double spc[3];
  51         bbGetInputIn()->GetSpacing(spc);
  52         int border  = bbGetInputBorder();
  53         int minX    = 32000;
  54         int minY    = 32000;
  55         int minZ    = 32000;
  56         int maxX    = -32000;
  57         int maxY    = -32000;
  58         int maxZ    = -32000;
  59         int i,size  = lstX.size();
  60         double p[3];
  61         vtkPoints *points = vtkPoints::New();
  62         for (i=0; i<size; i++)
  63         {
  64             p[0] = lstX[i]*spc[0];
  65             p[1] = lstY[i]*spc[1];
  66             p[2] = lstZ[i]*spc[2];
  67             points->InsertNextPoint(p);
  68             if ( lstX[i] < minX ) { minX = lstX[i]; }
  69             if ( lstY[i] < minY ) { minY = lstY[i]; }
  70             if ( lstZ[i] < minZ ) { minZ = lstZ[i]; }
  71             if ( lstX[i] > maxX ) { maxX = lstX[i]; }
  72             if ( lstY[i] > maxY ) { maxY = lstY[i]; }
  73             if ( lstZ[i] > maxZ ) { maxZ = lstZ[i]; }
  74         } // for i
  75         filter->SetSeedPoints( points );
  76         filter->SetInputData( bbGetInputIn() );
  77         if (bbGetInputThreshold().size()==2)
  78         {
  79             filter->ThresholdBetween( bbGetInputThreshold()[0] , bbGetInputThreshold()[1] );
  80         } else {
  81             filter->ThresholdBetween( 0, 100 );
  82         }// if Thershold size
  83
  84     //    filter->SetNeighborhoodRadius (4, 4, 4 );
  85         filter->SetInValue(255);
  86         filter->SetOutValue(0);
  87     //    filter->ReplaceInOn();
  88     //    filter->ReplaceOutOn();
  89         filter->SetSliceRangeX(minX-border,maxX+border);
  90         filter->SetSliceRangeY(minY-border,maxY+border);
  91         filter->SetSliceRangeZ(minZ-border,maxZ+border);
  92         filter->Update();
  93         bbSetOutputOut( filter->GetOutput() );
  94     } else {
  95         bbSetOutputOut( NULL );
  96     }// if lst
  97 }
  98 //=====
  99 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
 100 //=====
 101 void ImageThresholdConnectivity::bbUserSetDefaultValues()
 102 {
 103 //  SET HERE THE DEFAULT INPUT/OUTPUT VALUES OF YOUR BOX
 104 //    Here we initialize the input 'In' to 0
 105     bbSetInputIn(NULL);
 106     bbSetInputBorder(10);
 107     std::vector<double> maskValue;
 108     maskValue.push_back(0);
 109     maskValue.push_back(255);
 110     bbSetInputMaskValue(maskValue);
 111
 112 }
 113
 114 //=====
 115 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
 116 //=====
 117 void ImageThresholdConnectivity::bbUserInitializeProcessing()
 118 {
 119 //  THE INITIALIZATION METHOD BODY :
 120 //    Here does nothing
 121 //    but this is where you should allocate the internal/output pointers
 122 //    if any
 123 }
 124
 125 //=====
 126 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
 127 //=====
 128 void ImageThresholdConnectivity::bbUserFinalizeProcessing()
 129 {
 130 //  THE FINALIZATION METHOD BODY :
 131 //    Here does nothing
 132 //    but this is where you should desallocate the internal/output pointers
 133 //    if any
 134 }
 135
 136 }// EO namespace bbcreaVtk
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