checkRead.sh

   1 # Check gdcmRead
   2 # ==============
   3 #
   4 # This script :
   5 #
   6 #   - gdcmreads the images of gdcmData
   7 #   - fwrite the pixels (an nothing more), into a '.RAW' file
   8 #   - affim them (you may replace affim by any 'Raw File' viewer)
   9 #
  10 #   just to verify the ability of gdcm to 'extract' the pixels
  11 #                  out of a DICOM File
  12 #
  13 #No Swap Info
  14 #------------
  15 gdcmTests testWrite   mr176621.dcm r;
  16 affim filein=mr176621.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  17
  18 # No Transfert Syntax
  19 #--------------------
  20 #Big Endian
  21 gdcmTests testWrite  cr172241.dcm r;
  22 affim filein=cr172241.dcm.RAW DIMX=1792 DIMY=2392 nbit=16 zoom=-4
  23 #0008,0200 (image location) wrongly stored
  24 #0028,3006 (LUT Data) has a CTX VR
  25
  26 gdcmTests testWrite  cr_45031.dcm r;
  27 affim filein=cr_45031.dcm.RAW  DIMX=1670 DIMY=2010 nbit=16 zoom=-4
  28
  29 gdcmTests testWrite  CR-MONO1-10-chest.dcm r;
  30 affim filein=CR-MONO1-10-chest.dcm.RAW  DIMX=440 DIMY=440 nbit=16
  31
  32 gdcmTests testWrite  CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 r;
  33 affim filein=CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.RAW DIM=512 nbit=16
  34
  35 gdcmTests testWrite  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 r;
  36 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  37
  38 gdcmTests testWrite  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 r;
  39 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.RAW  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  40
  41 gdcmTests testWrite  MR-MONO2-12-an2.acr2 r;
  42 affim filein=MR-MONO2-12-an2.acr2.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  43
  44 gdcmTests testWrite  newACR1000.nema r;          # == gdcmMR-SIEMENS-16.acr2
  45 affim filein=newACR1000.nema.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  46
  47 gdcmTests testWrite  oldACR00001.ima r;          # == gdcm-MR-SIEMENS.16.acr1
  48 affim filein=oldACR00001.ima.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  49
  50 gdcmTests testWrite  OT-MONO2-8-a7.dcm r;
  51 affim filein=OT-MONO2-8-a7.dcm.RAW  DIMX=512 DIMY=512
  52
  53 #No Samples Per Pixel
  54 #--------------------
  55 gdcmTests testWrite  gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm r;
  56 affim filein=gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.RAW dim=750 nbit=8
  57
  58 #Unnormalized Rectangular LibIDO format image
  59 #--------------------------------------------
  60 gdcmTests testWrite  gdcm-ACR-LibIDO.acr r;
  61 affim filein=gdcm-ACR-LibIDO.acr.RAW dimx=512 dimy=301
  62
  63 #Bits Allocated =12, Bits Stored=12
  64 #----------------------------------
  65 #MR Philips (once upon a time in Lyon-Sud)
  66 gdcmTests testWrite   MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 r;
  67 affim filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.RAW dim=256 nbit=16
  68
  69 #RGB
  70 #---
  71 gdcmTests testWrite  US.3405.1.dcm r;
  72 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
  73 echo "          PhotometricInterpretation=RGB"
  74 affim filein=US.3405.1.dcm.RAW DIMX=768 DIMY=576 nbit=24
  75
  76 gdcmTests testWrite  OT-PAL-8-face.dcm r;
  77 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
  78 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
  79 affim filein=OT-PAL-8-face.dcm.RAW dimx=640 dimy=480 nbit=24
  80
  81 gdcmTests testWrite  8BitsUncompressedColor.dcm r;
  82 affim filein=8BitsUncompressedColor.dcm.RAW dimx=800 dimy=535 nbit=24
  83
  84 # Implicit VR - Little Endian
  85 #-----------------------------
  86
  87 gdcmTests testWrite  CT-MONO2-16-ankle.dcm r;
  88  affim filein=CT-MONO2-16-ankle.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
  89
  90 gdcmTests testWrite  CT-MONO2-16-ort.dcm r;
  91 affim filein=CT-MONO2-16-ort.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
  92
  93 gdcmTests testWrite  CT-MONO2-8-abdo.dcm r;
  94 affim filein=CT-MONO2-8-abdo.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512
  95
  96 gdcmTests testWrite  gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm r;
  97 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.RAW  DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  98
  99 gdcmTests testWrite  MR-MONO2-16-head.dcm r;
 100 affim filein=MR-MONO2-16-head.dcm.RAW dim=256 nbit=16 signe=o
 101
 102 gdcmTests testWrite  multiframe1Integris.dcm r;
 103 affim filein=multiframe1Integris.dcm.RAW dim=1024 nbit=16 zoom=-2
 104 affim filein=multiframe1Integris.dcm.RAW dim=1024 nbit=16 offset=31457280 zoom=-2
 105
 106 gdcmTests testWrite  multiframe2GE.dcm r;
 107 affim filein=multiframe2GE.dcm.RAW dim=512
 108 affim filein=multiframe2GE.dcm.RAW dim=512 offset=14417920
 109
 110 gdcmTests testWrite  irmPhlipsNew1.dcm r; # == gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
 111 affim DIMX=256 DIMY=256 filein=irmPhlipsNew1.dcm.RAW nbit=16
 112
 113 #avec imagette (icone)
 114
 115 gdcmTests testWrite  icone.dcm r;
 116 affim filein=icone.dcm bypassacr=1 dim=512 nbit=16 offset=18240
 117 affim filein=icone.dcm dim=64 offset=13984 bypassacr=1
 118 affim filein=icone.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 119
 120 #Palette
 121
 122 # ???
 123 # 8 Bits  ?
 124 # 16 Bits ?
 125
 126 #Explicit VR - Little Endian
 127 #----------------------------
 128 gdcmTests testWrite  CT-MONO2-16-brain.dcm r;
 129 affim filein=CT-MONO2-16-brain.dcm.RAW  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
 130
 131 # 7 'first level' SeQuences , 140 'second level' SeQuences ?!?
 132 gdcmTests testWrite  gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm r;
 133 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.RAW  DIMX=128 DIMY=128 nbit=16
 134 PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm 2
 135
 136 gdcmTests testWrite  gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm r;
 137 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.RAW DIMX=160 DIMY=64 nbit=16
 138
 139 gdcmTests testWrite  MR-MONO2-8-16x-heart.dcm r;
 140 affim filein=MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.RAW DIMX=256 DIMY=256
 141
 142 gdcmTests testWrite  NM-MONO2-16-13x-heart.dcm r;
 143 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.RAW  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16
 144 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.RAW  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16 offset=98304
 145
 146 gdcmTests testWrite  sonataMonaco.dcm r;
 147 affim filein=sonataMonaco.dcm.RAW DIMX=256 DIMY=208 nbit=16
 148
 149 #MultiFrame
 150 gdcmTests testWrite  US-MONO2-8-8x-execho.dcm r;
 151 affim filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.RAW  DIMX=128 DIMY=120
 152 affim filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.RAW  DIMX=128 DIMY=120 offset=92160
 153
 154 #RGB
 155
 156 gdcmTests testWrite  US-RGB-8-epicard.dcm r;
 157 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
 158 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 159 affim filein=US-RGB-8-epicard.dcm.RAW  dimx=640 dimy=480 nbit=24
 160
 161 gdcmTests testWrite  US-RGB-8-esopecho.dcm r;
 162 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 163 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 164 affim filein=US-RGB-8-esopecho.dcm.RAW dimx=256 dimy=120 nbit=24
 165
 166 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 167 #--------------------------------------------------------------------------
 168 # (JPEG Lossless)
 169
 170 gdcmTests testWrite  CT-MONO2-16-chest.dcm r;
 171 affim filein=CT-MONO2-16-chest.dcm.RAW dimx=512 dimy=400 nbit=16 signe=o
 172
 173 gdcmTests testWrite  012345.002.050.dcm r;
 174 affim filein=012345.002.050.dcm.RAW dim=256 nbit=16
 175
 176 gdcmTests testWrite  gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm r;
 177 affim filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 178
 179 gdcmTests testWrite  XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm r;
 180 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.RAW dim=512;
 181 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.RAW dim=512 offset=262144
 182 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.RAW dim=512 offset=2883584
 183
 184 gdcmTests testWrite  xa_integris.dcm r;
 185 echo "a lot of fragments expected here"
 186 affim filein=xa_integris.dcm.RAW dim=512
 187 affim filein=xa_integris.dcm.RAW dim=512 offset=13107200
 188 affim filein=xa_integris.dcm.RAW dim=512 offset=19660800
 189
 190 gdcmTests testWrite  16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm r;
 191 affim filein=16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.RAW DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 192
 193 #comming from GE dlx via VTServer
 194 gdcmTests testWrite  I9000001.dcm r;
 195 affim filein=I9000001.dcm.RAW dim=512
 196 affim filein=I9000001.dcm.RAW dim=512 offset=7864320
 197
 198 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 199 #-----------------------------
 200 gdcmTests testWrite  gdcm-JPEG-Extended.dcm r;
 201 affim filein=gdcm-JPEG-Extended.dcm.RAW  dim=512 nbit=16
 202
 203 gdcmTests testWrite  jpeglossy1.dcm r;
 204 affim filein=jpeglossy1.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 205
 206 #JPEG Baseline (Process 14)
 207 #--------------------------
 208 gdcmTests testWrite  MR-MONO2-12-shoulder.dcm r;
 209 affim filein=MR-MONO2-12-shoulder.dcm.RAW DIMX=1024 DIMY=1024 nbit=16
 210
 211
 212 #fichier format ecat.
 213 #gdcmTests testWrite  imageEcat.ecat r
 214
 215 #JPEG Lossy 8 bits
 216 #=================
 217 #JPEG Baseline (Process 1)
 218 #-------------------------
 219 # Bracco Files
 220 gdcmTests testWrite  US.1.2.dcm r;
 221 echo "expected : A lot of Fragments (40), nb Frames = 40 ;-)"
 222 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 223 echo "          PhotometricInterpretation=YBR_FULL_422"
 224 affim filein=US.1.2.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24
 225 affim filein=US.1.2.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=13271040
 226 affim filein=US.1.2.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=39813120
 227
 228 #Sequoia Acusson U11
 229 gdcmTests testWrite  CLIP0001-Sequoia-U11.dcm r;
 230 echo "Troubles with 0018|6022[SL][Reference Pixel Y(0)] [4294967177] x(7fffffff)"
 231
 232 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24
 233 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=1327104
 234 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=13271040
 235 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=26542080
 236
 237 #RLE Lossless
 238 #-------------
 239 gdcmTests testWrite  canadaAloka.dcm r;
 240 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1"
 241 echo "         PlanarConfiguration=0 PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 242 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 243 affim filein=canadaAloka.dcm.RAW DIMX=608 DIMY=420
 244
 245 gdcmTests testWrite  FMAG0001.dcm r;
 246 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 247 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 248 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 249 affim filein=FMAG0001.dcm.RAW DIMX=768 DIMY=576 nbit=24
 250
 251 gdcmTests testWrite  QMAG0001.dcm r;
 252 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 253 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 254 affim filein=QMAG0001.dcm.RAW DIMX=384 DIMY=288 nbit=24;
 255
 256 gdcmTests testWrite  US-PAL-8-10x-echo.dcm r;
 257 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 258 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 259 echo "         nb Frames (DIMZ): 10"
 260 echo "expected : Parsing 10 'single fragment' Segments"
 261 echo "           Reading 10 'single fragment' Segments (ouf!)"
 262 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24
 263 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=774000
 264 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=1548000
 265 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=6966000
 266
 267 gdcmTests testWrite  8BitsRunLengthGrayScale.dcm r;
 268 echo "expected : correct Gray image"
 269 affim filein=8BitsRunLengthGrayScale.dcm.RAW DIMX=800 DIMY=535
 270
 271 gdcmTests testWrite  8BitsRunLengthColor.dcm r;
 272 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=2"
 273 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 274 echo "expected correct color image"
 275 affim filein=8BitsRunLengthColor.dcm.RAW DIMX=800 DIMY=535 nbit=24
 276
 277 #RLE 16 bits --> Try to find some more images
 278
 279 gdcmTests testWrite  16BitsRunLengthGrayScale.dcm r;
 280 echo "expected pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 281 echo "         PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 282 affim filein=16BitsRunLengthGrayScale.dcm.RAW  DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 283
 284 #Were supposed to be bugged
 285 #--------------------------
 286 #(break xmedcon)
 287
 288 gdcmTests testWrite  00191113.dcm r;
 289 affim filein=00191113.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512
 290 affim filein=00191113.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 offset=786432
 291
 292 gdcmTests testWrite  DermaColorLossLess.dcm r;
 293 affim filein=DermaColorLossLess.dcm.RAW DIMX=117 DIMY=181 nbit=24
 294
 295 gdcmTests testWrite  RadBWLossLess.dcm r;
 296 affim filein=RadBWLossLess.dcm.RAW  DIMX=136 DIMY=92 nbit=16
 297
 298 gdcmTests testWrite  Wrist.pap r
 299 affim filein=Wrist.pap.RAW nbit=16 dimx=720 dimy=360
 300
 301 #Known as BUGGED !
 302 #----------------
 303
 304 #Rectangular old 24 Bits image
 305 gdcmTests testWrite  gdcm-RGB-LibIDORect.acr r;
 306 affim filein=gdcm-RGB-LibIDORect.acr.RAW  DIMX=400 DIMY=100 nbit=24
 307
 308 #MR GE GENESIS_SIGNA Palo Alto
 309 gdcmTests testWrite  DicomSampleNastyGEImage.dcm r;
 310 echo "WAS expected : wrong lenth (13) for 0008|103e"
 311 affim filein=DicomSampleNastyGEImage.dcm.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
 312
 313 #MR Philips NTSCAN Hop. Neuro Lyon
 314 gdcmTests testWrite  philipsMR-lossy.ima r;
 315 echo "WAS expected : 'Bogus Huffman table definition' on philipsMR-lossy.ima"
 316 echo "IS  expected : 'JERR_BAD_HUFF_TABLE sym 16 (>15') but the show goes on"
 317 echo "breaks xmedcon"
 318 affim filein=philipsMR-lossy.ima.RAW dim=512 nbit=16
 319
 320 #CT Siemens Hop. Salengro Lille
 321 gdcmTests testWrite  gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm r;
 322 echo "expected : wrong sequence delimiter (b00c,0eb6) at end of pixels";
 323 echo "xmedcon says 'error: Unexpected end of file'"
 324 affim filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 325 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm
 326
 327 #CR Philips Thoravision Hop Cardio Lyon
 328 gdcmTests testWrite  gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm r;
 329 echo "expected : 147 fragments,length : 29860 + 145*32760 + 14416"
 330 echo "breaks xmedcom, breaks e-film"
 331 echo "WAS expected : hashed image -with jLBJpeg-"
 332 echo "IS  expected : Seg Fault"
 333 affim filein=gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm.RAW DIMX=1876 DIMY=2076 nbit=16
 334
 335 #MR Picker ST. ANTHONY HOSPITAL
 336 gdcmTests testWrite  MR.6799.1.dcm r;
 337 echo "OK; DICOM Image with NO Preamble"
 338 affim filein=MR.6799.1.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 339
 340 #Segmented Palette Color LUT Data
 341 gdcmTests testWrite  gdcm-US-ALOKA-16.dcm r;
 342 echo "expected  pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 343 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 344 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account"
 345 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
 346 echo "breaks xmedcom"
 347 echo "breaks vtkgdcmViewer (bad result : 24 bits expected; 16 found in Pixels area)"
 348 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 349 affim dimx=640 dimy=480 filein=gdcm-US-ALOKA-16.dcm.RAW nbit=16
 350
 351 # bugged Siemens 'Leonardo' image
 352 gdcmTests testWrite  8078283Leonardo.dcm r;
 353 affim filein=8078283Leonardo.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 354
 355 #CT McTwin Elscint C.H.R.U  LILLE  C.HURIEZ
 356 gdcmTests testWrite  MxTwinLossLess.dcm r;
 357 affim filein=MxTwinLossLess.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
 358
 359 # MRI image from VPRO burned CD
 360 gdcmTests testWrite  mriThruVPRO.dcm r;
 361 affim filein=mriThruVPRO.dcm.RAW  DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
 362 echo "expected : tasteless SHIT !"
 363 echo "breaks Siemens Leonardo viewer . JPEG encoding is bugged?"
 364
 365 # gdcm made Theralys image
 366 # due to H table, a SeQuence is tagged with 0 length
 367 # when using gdcmFile::WriteDcmXXX
 368 gdcmTests testWrite  fromTheralys.dcm r;
 369 affim filein=fromTheralys.dcm.RAW dim=256 nbit=16