checkRead.sh

   1 # Check READ
   2 #-----------
   3 #
   4 # We just write RAW Files and AFFIM them
   5 # to be sure the reading was OK
   6 #
   7
   8 #No Swap Info
   9 #------------
  10 testWrite mr176621.dcm r;
  11 affim filein=mr176621.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  12
  13 # No Transfert Syntax
  14 #--------------------
  15 #Big Endian
  16 testWrite cr172241.dcm r;
  17 affim filein=cr172241.dcm.RAW DIMX=1792 DIMY=2392 nbit=16 zoom=-4
  18 #0008,0200 (image location) wrongly stored
  19 #0028,3006 (LUT Data) has a CTX VR
  20
  21 testWrite cr_45031.dcm r;
  22 affim filein=cr_45031.dcm.RAW  DIMX=1670 DIMY=2010 nbit=16 zoom=-4
  23
  24 testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm r;
  25 affim filein=CR-MONO1-10-chest.dcm.RAW  DIMX=440 DIMY=440 nbit=16
  26
  27 testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 r;
  28 affim filein=CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.RAW DIM=512 nbit=16
  29
  30 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 r;
  31 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  32
  33 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 r;
  34 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.RAW  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  35
  36 testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 r;
  37 affim filein=MR-MONO2-12-an2.acr2.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  38
  39 testWrite newACR1000.nema r;          # == gdcmMR-SIEMENS-16.acr2
  40 affim filein=newACR1000.nema.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  41
  42 testWrite oldACR00001.ima r;          # == gdcm-MR-SIEMENS.16.acr1
  43 affim filein=oldACR00001.ima.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  44
  45 testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm r;
  46 affim filein=OT-MONO2-8-a7.dcm.RAW  DIMX=512 DIMY=512
  47
  48 #No Samples Per Pixel
  49 #--------------------
  50 testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm r;
  51 affim filein=gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.RAW dim=750 nbit=8
  52
  53 #Unnormalized Rectangular LibIDO format image
  54 #--------------------------------------------
  55 testWrite gdcm-ACR-LibIDO.acr r;
  56 affim filein=gdcm-ACR-LibIDO.acr.RAW dimx=512 dimy=301
  57
  58 #Bits Allocated =12, Bits Stored=12
  59 #----------------------------------
  60 #MR Philips (once upon a time in Lyon-Sud)
  61 testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 r;
  62 affim filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.RAW dim=256 nbit=16
  63
  64 #RGB
  65 #---
  66 testWrite US.3405.1.dcm r;
  67 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
  68 echo "          PhotometricInterpretation=RGB"
  69 affim filein=US.3405.1.dcm.RAW DIMX=768 DIMY=576 nbit=24
  70
  71 testWrite OT-PAL-8-face.dcm r;
  72 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
  73 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
  74 affim filein=OT-PAL-8-face.dcm.RAW dimx=640 dimy=480 nbit=24
  75
  76 testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm r;
  77 affim filein=8BitsUncompressedColor.dcm.RAW dimx=800 dimy=535 nbit=24
  78
  79 # Implicit VR - Little Endian
  80 #-----------------------------
  81
  82 testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm r;
  83  affim filein=CT-MONO2-16-ankle.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
  84
  85 testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm r;
  86 affim filein=CT-MONO2-16-ort.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
  87
  88 testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm r;
  89 affim filein=CT-MONO2-8-abdo.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512
  90
  91 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm r;
  92 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.RAW  DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  93
  94 testWrite MR-MONO2-16-head.dcm r;
  95 affim filein=MR-MONO2-16-head.dcm.RAW dim=256 nbit=16 signe=o
  96
  97 testWrite multiframe1Integris.dcm r;
  98 affim filein=multiframe1Integris.dcm.RAW dim=1024 nbit=16 zoom=-2
  99 affim filein=multiframe1Integris.dcm.RAW dim=1024 nbit=16 offset=31457280 zoom=-2
 100
 101 testWrite multiframe2GE.dcm r;
 102 affim filein=multiframe2GE.dcm.RAW dim=512
 103 affim filein=multiframe2GE.dcm.RAW dim=512 offset=14417920
 104
 105 testWrite irmPhlipsNew1.dcm r; # == gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
 106 affim DIMX=256 DIMY=256 filein=irmPhlipsNew1.dcm.RAW nbit=16
 107
 108 #avec imagette (icone)
 109
 110 testWrite icone.dcm r;
 111 affim filein=icone.dcm bypassacr=1 dim=512 nbit=16 offset=18240
 112 affim filein=icone.dcm dim=64 offset=13984 bypassacr=1
 113 affim filein=icone.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 114
 115 #Palette
 116
 117 # ???
 118 # 8 Bits  ?
 119 # 16 Bits ?
 120
 121 #Explicit VR - Little Endian
 122 #----------------------------
 123 testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm r;
 124 affim filein=CT-MONO2-16-brain.dcm.RAW  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
 125
 126 # 7 'first level' SeQuences , 140 'second level' SeQuences ?!?
 127 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm r;
 128 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.RAW  DIMX=128 DIMY=128 nbit=16
 129 PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm 2
 130
 131 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm r;
 132 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.RAW DIMX=160 DIMY=64 nbit=16
 133
 134 testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm r;
 135 affim filein=MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.RAW DIMX=256 DIMY=256
 136
 137 testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm r;
 138 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.RAW  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16
 139 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.RAW  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16 offset=98304
 140
 141 testWrite sonataMonaco.dcm r;
 142 affim filein=sonataMonaco.dcm.RAW DIMX=256 DIMY=208 nbit=16
 143
 144 #MultiFrame
 145 testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm r;
 146 affim filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.RAW  DIMX=128 DIMY=120
 147 affim filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.RAW  DIMX=128 DIMY=120 offset=92160
 148
 149 #RGB
 150
 151 testWrite US-RGB-8-epicard.dcm r;
 152 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
 153 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 154 affim filein=US-RGB-8-epicard.dcm.RAW  dimx=640 dimy=480 nbit=24
 155
 156 testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm r;
 157 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 158 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 159 affim filein=US-RGB-8-esopecho.dcm.RAW dimx=256 dimy=120 nbit=24
 160
 161 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 162 #--------------------------------------------------------------------------
 163 # (JPEG Lossless)
 164
 165 testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm r;
 166 affim filein=CT-MONO2-16-chest.dcm.RAW dimx=512 dimy=400 nbit=16 signe=o
 167
 168 testWrite 012345.002.050.dcm r;
 169 affim filein=012345.002.050.dcm.RAW dim=256 nbit=16
 170
 171 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm r;
 172 affim filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 173
 174 testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm r;
 175 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.RAW dim=512;
 176 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.RAW dim=512 offset=262144
 177 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.RAW dim=512 offset=2883584
 178
 179 testWrite xa_integris.dcm r;
 180 echo "a lot of fragments expected here"
 181 affim filein=xa_integris.dcm.RAW dim=512
 182 affim filein=xa_integris.dcm.RAW dim=512 offset=13107200
 183 affim filein=xa_integris.dcm.RAW dim=512 offset=19660800
 184
 185 testWrite 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm r;
 186 affim filein=16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.RAW DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 187
 188 #comming from GE dlx via VTServer
 189 testWrite I9000001.dcm r;
 190 affim filein=I9000001.dcm.RAW dim=512
 191 affim filein=I9000001.dcm.RAW dim=512 offset=7864320
 192
 193 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 194 #-----------------------------
 195 testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm r;
 196 affim filein=gdcm-JPEG-Extended.dcm.RAW  dim=512 nbit=16
 197
 198 testWrite jpeglossy1.dcm r;
 199 affim filein=jpeglossy1.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 200
 201 #JPEG Baseline (Process 14)
 202 #--------------------------
 203 testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm r;
 204 affim filein=MR-MONO2-12-shoulder.dcm.RAW DIMX=1024 DIMY=1024 nbit=16
 205
 206
 207 #fichier format ecat.
 208 #testWrite imageEcat.ecat r
 209
 210 #JPEG Lossy 8 bits
 211 #=================
 212 #JPEG Baseline (Process 1)
 213 #-------------------------
 214 # Bracco Files
 215 testWrite US.1.2.dcm r;
 216 echo "expected : A lot of Fragments (40), nb Frames = 40 ;-)"
 217 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 218 echo "          PhotometricInterpretation=YBR_FULL_422"
 219 affim filein=US.1.2.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24
 220 affim filein=US.1.2.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=13271040
 221 affim filein=US.1.2.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=39813120
 222
 223 #Sequoia Acusson U11
 224 testWrite CLIP0001-Sequoia-U11.dcm r;
 225 echo "Troubles with 0018|6022[SL][Reference Pixel Y(0)] [4294967177] x(7fffffff)"
 226
 227 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24
 228 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=1327104
 229 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=13271040
 230 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.RAW  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=26542080
 231
 232 #RLE Lossless
 233 #-------------
 234 testWrite canadaAloka.dcm r;
 235 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1"
 236 echo "         PlanarConfiguration=0 PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 237 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 238 affim filein=canadaAloka.dcm.RAW DIMX=608 DIMY=420
 239
 240 testWrite FMAG0001.dcm r;
 241 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 242 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 243 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 244 affim filein=FMAG0001.dcm.RAW DIMX=768 DIMY=576 nbit=24
 245
 246 testWrite QMAG0001.dcm r;
 247 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 248 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 249 affim filein=QMAG0001.dcm.RAW DIMX=384 DIMY=288 nbit=24;
 250
 251 testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm r;
 252 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 253 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 254 echo "         nb Frames (DIMZ): 10"
 255 echo "expected : Parsing 10 'single fragment' Segments"
 256 echo "           Reading 10 'single fragment' Segments (ouf!)"
 257 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24
 258 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=774000
 259 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=1548000
 260 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.RAW DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=6966000
 261
 262 testWrite 8BitsRunLengthGrayScale.dcm r;
 263 echo "expected : correct Gray image"
 264 affim filein=8BitsRunLengthGrayScale.dcm.RAW DIMX=800 DIMY=535
 265
 266 testWrite 8BitsRunLengthColor.dcm r;
 267 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=2"
 268 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 269 echo "expected correct color image"
 270 affim filein=8BitsRunLengthColor.dcm.RAW DIMX=800 DIMY=535 nbit=24
 271
 272 #RLE 16 bits --> Try to find some more images
 273
 274 testWrite 16BitsRunLengthGrayScale.dcm r;
 275 echo "expected pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 276 echo "         PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 277 affim filein=16BitsRunLengthGrayScale.dcm.RAW  DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 278
 279 #Were supposed to be bugged
 280 #--------------------------
 281 #(break xmedcon)
 282
 283 testWrite 00191113.dcm r;
 284 affim filein=00191113.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512
 285 affim filein=00191113.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 offset=786432
 286
 287 testWrite DermaColorLossLess.dcm r;
 288 affim filein=DermaColorLossLess.dcm.RAW DIMX=117 DIMY=181 nbit=24
 289
 290 testWrite RadBWLossLess.dcm r;
 291 affim filein=RadBWLossLess.dcm.RAW  DIMX=136 DIMY=92 nbit=16
 292
 293 #Known as BUGGED !
 294 #----------------
 295
 296 #Rectangular old 24 Bits image
 297 testWrite gdcm-RGB-LibIDORect.acr r;
 298 affim filein=gdcm-RGB-LibIDORect.acr.RAW  DIMX=400 DIMY=100 nbit=24
 299
 300 #MR GE GENESIS_SIGNA Palo Alto
 301 testWrite DicomSampleNastyGEImage.dcm r;
 302 echo "WAS expected : wrong lenth (13) for 0008|103e"
 303 affim filein=DicomSampleNastyGEImage.dcm.RAW DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
 304
 305 #MR Philips NTSCAN Hop. Neuro Lyon
 306 testWrite philipsMR-lossy.ima r;
 307 echo "WAS expected : 'Bogus Huffman table definition' on philipsMR-lossy.ima"
 308 echo "IS  expected : 'JERR_BAD_HUFF_TABLE sym 16 (>15') but the show goes on"
 309 echo "breaks xmedcon"
 310 affim filein=philipsMR-lossy.ima.RAW dim=512 nbit=16
 311
 312 #CT Siemens Hop. Salengro Lille
 313 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm r;
 314 echo "expected : wrong sequence delimiter (b00c,0eb6) at end of pixels";
 315 echo "xmedcon says 'error: Unexpected end of file'"
 316 affim filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 317 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm
 318
 319 #CR Philips Thoravision Hop Cardio Lyon
 320 testWrite gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm r;
 321 echo "expected : 147 fragments,length : 29860 + 145*32760 + 14416"
 322 echo "breaks xmedcom, breaks e-film"
 323 echo "WAS expected : hashed image -with jLBJpeg-"
 324 echo "IS  expected : Seg Fault"
 325 affim filein=gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm.RAW DIMX=1876 DIMY=2076 nbit=16
 326
 327 #MR Picker ST. ANTHONY HOSPITAL
 328 testWrite MR.6799.1.dcm r;
 329 echo "OK; DICOM Image with NO Preamble"
 330 affim filein=MR.6799.1.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 331
 332 #Segmented Palette Color LUT Data
 333 testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm r;
 334 echo "expected  pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 335 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 336 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account"
 337 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
 338 echo "breaks xmedcom"
 339 echo "breaks vtkgdcmViewer (bad result : 24 bits expected; 16 found in Pixels area)"
 340 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 341 affim dimx=640 dimy=480 filein=gdcm-US-ALOKA-16.dcm.RAW nbit=16
 342
 343 # bugged Siemens 'Leonardo' image
 344 testWrite 8078283Leonardo.dcm r;
 345 affim filein=8078283Leonardo.dcm.RAW dim=512 nbit=16
 346
 347 #CT McTwin Elscint C.H.R.U  LILLE  C.HURIEZ
 348 testWrite MxTwinLossLess.dcm r;
 349 affim filein=MxTwinLossLess.dcm.RAW DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
 350
 351 # MRI image from VPRO burned CD
 352 testWrite mriThruVPRO.dcm r;
 353 affim filein=mriThruVPRO.dcm.RAW  DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
 354 echo "expected : tasteless SHIT !"
 355 echo "breaks Siemens Leonardo viewer . JPEG encoding is bugged?"
 356
 357 # gdcm made Theralys image
 358 # due to H table, a SeQuence is tagged with 0 length
 359 # when using gdcmFile::WriteDcmXXX
 360 testWrite fromTheralys.dcm r;
 361 affim filein=fromTheralys.dcm.RAW dim=256 nbit=16