checkRead.sh

   1 # Check READ
   2 #-----------
   3 #
   4 # We just write RAW Files and AFFIM them
   5 # to be sure the reading was OK
   6 #
   7
   8 #No Swap Info
   9 #------------
  10 testWrite mr176621.dcm r;
  11 affim filein=mr176621.dcm.raw DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  12
  13 # No Transfert Syntax
  14 #--------------------
  15 testWrite cr172241.dcm r;
  16 affim filein=cr172241.dcm.raw DIMX=1792 DIMY=2392 nbit=16 zoom=-4
  17
  18 testWrite cr_45031.dcm r
  19 affim filein=cr_45031.dcm.raw  DIMX=1670 DIMY=2010 nbit=16 zoom=-4
  20
  21 testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm r
  22 affim filein=CR-MONO1-10-chest.dcm.raw  DIMX=440 DIMY=440 nbit=16
  23
  24 testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 r
  25 affim filein=CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.raw DIM=512 nbit=16
  26
  27 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 r
  28 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.raw DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  29
  30 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 r
  31 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.raw  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  32
  33 testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 r
  34 affim filein=MR-MONO2-12-an2.acr2.raw DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  35
  36 testWrite newACR1000.nema r          # == gdcmMR-SIEMENS-16.acr2
  37 affim filein=newACR1000.nema.raw DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  38
  39 testWrite oldACR00001.ima r          # == gdcm-MR-SIEMENS.16.acr1
  40 affim filein=oldACR00001.ima.raw DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  41
  42 testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm r
  43 affim filein=OT-MONO2-8-a7.dcm.raw  DIMX=512 DIMY=512
  44
  45 #No Samples Per Pixel
  46 #--------------------
  47 testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm r
  48 affim filein=gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm dim=750 nbit=8
  49
  50 #Unnormalized Rectangular LibIDO format image
  51 #--------------------------------------------
  52 testWrite gdcm-ACR-LibIDO.acr r
  53 affim filein=gdcm-ACR-LibIDO.acr.raw dimx=512 dimy=301
  54
  55 #Bits Allocated =12, Bits Stored=12
  56 #----------------------------------
  57 #MR Philips (once upon a time in Lyon-Sud)
  58 testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 r
  59 affim filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.raw dim=256 nbit=16
  60
  61 #RGB
  62 #---
  63 testWrite US.3405.1.dcm r
  64 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
  65 echo "          PhotometricInterpretation=RGB"
  66 affim filein=US.3405.1.dcm.raw DIMX=768 DIMY=576 nbit=24
  67
  68 testWrite OT-PAL-8-face.dcm r
  69 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
  70 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
  71 affim filein=OT-PAL-8-face.dcm.raw dimx=640 dimy=480 nbit=24
  72
  73 testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm r
  74 affim filein=8BitsUncompressedColor.dcm.raw dimx=800 dimy=535 nbit=24
  75
  76 # Implicit VR - Little Endian
  77 #-----------------------------
  78
  79 testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm r
  80  affim filein=CT-MONO2-16-ankle.dcm.raw DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
  81
  82 testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm r
  83 affim filein=CT-MONO2-16-ort.dcm.raw DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
  84
  85 testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm r
  86 affim filein=CT-MONO2-8-abdo.dcm.raw DIMX=512 DIMY=512
  87
  88 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm r
  89 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.raw  DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  90
  91 testWrite MR-MONO2-16-head.dcm r
  92 affim filein=MR-MONO2-16-head.dcm.raw dim=256 nbit=16 signe=o
  93
  94 testWrite multiframe1Integris.dcm r
  95 affim filein=multiframe1Integris.dcm.raw dim=1024 nbit=16 zoom=-2
  96 affim filein=multiframe1Integris.dcm.raw dim=1024 nbit=16 offset=31457280 zoom=-2
  97
  98 testWrite multiframe2GE.dcm r
  99 affim filein=multiframe2GE.dcm.raw dim=512
 100 affim filein=multiframe2GE.dcm.raw dim=512 offset=14417920
 101
 102 testWrite irmPhlipsNew1.dcm r # == gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
 103 affim DIMX=256 DIMY=256 filein=irmPhlipsNew1.dcm.raw nbit=16
 104
 105 #avec imagette (icone)
 106
 107 testWrite icone.dcm r
 108 echo "Hopeless till we stop considering the Tag as an identifier inside the Header"
 109 echo "The Tag is an identifier inside the *Dicom Dictionnary* only"
 110 affim filein=icone.dcm bypassacr=1 dim=512 nbit=16 offset=18240
 111 affim filein=icone.dcm dim=64 offset=13984 bypassacr=1
 112 affim filein=icone.dcm.raw dim=512 nbit=16
 113
 114 #Palette
 115
 116 # ???
 117 # 8 Bits  ?
 118 # 16 Bits ?
 119
 120 #Explicit VR - Little Endian
 121 #----------------------------
 122 testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm r
 123 affim filein=CT-MONO2-16-brain.dcm.raw  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
 124
 125 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm r
 126 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.raw  DIMX=128 DIMY=128 nbit=16
 127
 128 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm r
 129 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.raw DIMX=160 DIMY=64 nbit=16
 130
 131 testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm r
 132 affim filein=MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.raw DIMX=256 DIMY=256
 133
 134 testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm r
 135 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.raw  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16
 136 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.raw  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16 offset=98304
 137
 138 testWrite sonataMonaco.dcm r
 139 affim filein=sonataMonaco.dcm.raw DIMX=256 DIMY=208 nbit=16
 140
 141 #MultiFrame
 142 testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm r
 143 affim filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.raw  DIMX=128 DIMY=120
 144 affim filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.raw  DIMX=128 DIMY=120 offset=92160
 145
 146 #RGB
 147
 148 testWrite US-RGB-8-epicard.dcm r
 149 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
 150 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 151 affim filein=US-RGB-8-epicard.dcm.raw  dimx=640 dimy=480 nbit=24
 152
 153 testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm r
 154 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 155 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 156 affim filein=US-RGB-8-esopecho.dcm.raw dimx=256 dimy=120 nbit=24
 157
 158 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 159 #--------------------------------------------------------------------------
 160 # (JPEG Lossless)
 161
 162 testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm r;
 163 affim filein=CT-MONO2-16-chest.dcm.raw dimx=512 dimy=400 nbit=16 signe=o
 164
 165 testWrite 012345.002.050.dcm r
 166 affim filein=012345.002.050.dcm.raw dim=256 nbit=16
 167
 168 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm r;
 169 affim filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.raw dim=512 nbit=16
 170
 171 testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm r;
 172 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.raw dim=512;
 173 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.raw dim=512 offset=262144
 174 affim filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.raw dim=512 offset=2883584
 175
 176 testWrite xa_integris.dcm r;
 177 echo "a lot of fragments expected here"
 178 affim filein=xa_integris.dcm.raw dim=512
 179 affim filein=xa_integris.dcm.raw dim=512 offset=13107200
 180 affim filein=xa_integris.dcm.raw dim=512 offset=19660800
 181
 182 testWrite 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm r
 183 affim filein=16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.raw DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 184
 185 #comming from GE dlx via VTServer
 186 testWrite I9000001.dcm r
 187 affim filein=I9000001.dcm.raw dim=512
 188 affim filein=I9000001.dcm.raw dim=512 offset=7864320
 189
 190 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 191 #-----------------------------
 192 testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm r;
 193 affim filein=gdcm-JPEG-Extended.dcm.raw  dim=512 nbit=16
 194
 195 testWrite jpeglossy1.dcm r;
 196 affim filein=jpeglossy1.dcm.raw dim=512 nbit=16
 197
 198 #JPEG Baseline (Process 14)
 199 #--------------------------
 200 testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm r
 201 affim filein=MR-MONO2-12-shoulder.dcm.raw DIMX=1024 DIMY=1024 nbit=16
 202
 203
 204 #fichier format ecat.
 205 #testWrite imageEcat.ecat r
 206
 207 #JPEG Lossy 8 bits
 208 #=================
 209 #JPEG Baseline (Process 1)
 210 #-------------------------
 211 # Bracco Files
 212 testWrite US.1.2.dcm r
 213 echo "expected : A lot of Fragments (40), nb Frames = 40 ;-)"
 214 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 215 echo "          PhotometricInterpretation=YBR_FULL_422"
 216 affim filein=US.1.2.dcm.raw  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24
 217 affim filein=US.1.2.dcm.raw  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=13271040
 218 affim filein=US.1.2.dcm.raw  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=39813120
 219
 220 #Sequoia Acusson U11
 221 testWrite CLIP0001-Sequoia-U11.dcm r
 222 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.raw  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24
 223 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.raw  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=1327104
 224 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.raw  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=13271040
 225 affim filein=CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.raw  DIMX=768 DIMY=576  nbit=24 offset=26542080
 226
 227 #RLE Lossless
 228 #-------------
 229 testWrite canadaAloka.dcm r
 230 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1"
 231 echo "         PlanarConfiguration=0 PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 232 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 233 affim filein=canadaAloka.dcm.raw DIMX=608 DIMY=420
 234
 235 testWrite FMAG0001.dcm r
 236 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 237 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 238 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 239 affim filein=FMAG0001.dcm.raw DIMX=768 DIMY=576 nbit=24
 240
 241 testWrite QMAG0001.dcm r
 242 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 243 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 244 affim filein=QMAG0001.dcm.raw DIMX=384 DIMY=288 nbit=24;
 245
 246 testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm r
 247 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 248 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 249 echo "         nb Frames (DIMZ): 10"
 250 echo "expected : Parsing 10 'single fragment' Segments"
 251 echo "           Reading 10 'single fragment' Segments (ouf!)"
 252 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.raw DIMX=600 DIMY=430 nbit=24
 253 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.raw DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=774000
 254 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.raw DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=1548000
 255 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.raw DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=6966000
 256
 257 testWrite 8BitsRunLengthGrayScale.dcm r
 258 echo "expected : correct Gray image"
 259 affim filein=8BitsRunLengthGrayScale.dcm.raw DIMX=800 DIMY=535
 260
 261 testWrite 8BitsRunLengthColor.dcm r
 262 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=2"
 263 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 264 echo "expected correct color image"
 265 affim filein=8BitsRunLengthColor.dcm.raw DIMX=800 DIMY=535 nbit=24
 266
 267 #RLE 16 bits --> Try to find some more images
 268
 269 testWrite 16BitsRunLengthGrayScale.dcm r
 270 echo "expected pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 271 echo "         PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 272 affim filein=16BitsRunLengthGrayScale.dcm.raw  DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 273
 274 #Were supposed to be bugged
 275 #--------------------------
 276 #(break xmedcon)
 277
 278 testWrite 00191113.dcm r
 279 affim filein=00191113.dcm.raw DIMX=512 DIMY=512
 280 affim filein=00191113.dcm.raw DIMX=512 DIMY=512 offset=786432
 281
 282 testWrite DermaColorLossLess.dcm r
 283 affim filein=DermaColorLossLess.dcm.raw DIMX=117 DIMY=181 nbit=24
 284
 285 testWrite RadBWLossLess.dcm r
 286 affim filein=RadBWLossLess.dcm.raw  DIMX=136 DIMY=92 nbit=16
 287
 288 #Known as BUGGED !
 289 #----------------
 290
 291 #Rectangular old 24 Bits image
 292 testWrite gdcm-RGB-LibIDORect.acr r
 293 affim filein=gdcm-RGB-LibIDORect.acr.raw  DIMX=400 DIMY=100 nbit=24
 294
 295 #MR GE GENESIS_SIGNA Palo Alto
 296 testWrite DicomSampleNastyGEImage.dcm r
 297 echo "WAS expected : wrong lenth (13) for 0008|103e"
 298 affim filein=DicomSampleNastyGEImage.dcm.raw DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
 299
 300 #MR Philips NTSCAN Hop. Neuro Lyon
 301 testWrite philipsMR-lossy.ima r;
 302 echo "WAS expected : 'Bogus Huffman table definition' on philipsMR-lossy.ima"
 303 echo "IS  expected : 'JERR_BAD_HUFF_TABLE sym 16 (>15') but the show goes on"
 304 echo "breaks xmedcon"
 305 affim filein=philipsMR-lossy.ima.raw dim=512 nbit=16
 306
 307 #CT Siemens Hop. Salengro Lille
 308 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm r;
 309 echo "expected : wrong sequence delimiter (b00c,0eb6) at end of pixels";
 310 echo "xmedcon says 'error: Unexpected end of file'"
 311 affim filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.raw dim=512 nbit=16
 312 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm
 313
 314 #CR Philips Thoravision Hop Cardio Lyon
 315 testWrite gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm r
 316 echo "expected : 147 fragments,length : 29860 + 145*32760 + 14416"
 317 echo "breaks xmedcom, breaks e-film"
 318 echo "WAS expected : hashed image -with jLBJpeg-"
 319 echo "IS  expected : Seg Fault"
 320 affim filein=gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm.raw DIMX=1876 DIMY=2076 nbit=16
 321
 322 #MR Picker ST. ANTHONY HOSPITAL
 323 testWrite MR.6799.1.dcm r
 324 echo "OK; DICOM Image with NO Preamble"
 325 affim filein=MR.6799.1.dcm.raw dim=512 nbit=16
 326
 327 #Segmented Palette Color LUT Data
 328 testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm r
 329 echo "expected  pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 330 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 331 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account"
 332 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
 333 echo "breaks xmedcom"
 334 echo "breaks vtkgdcmViewer (bad result : 24 bits expected; 16 found in Pixels area)"
 335 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 336 affim dimx=640 dimy=480 filein=gdcm-US-ALOKA-16.dcm.raw nbit=16
 337
 338 # bugged Siemens 'Leonardo' image
 339 testWrite 8078283Leonardo.dcm r
 340 affim filein=8078283Leonardo.dcm.raw dim=512 nbit=16
 341
 342 #CT McTwin Elscint C.H.R.U  LILLE  C.HURIEZ
 343 testWrite MxTwinLossLess.dcm r
 344 affim filein=MxTwinLossLess.dcm.raw DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
 345
 346 # MRI image from VPRO burned CD
 347 testWrite mriThruVPRO.dcm r
 348 affim filein=mriThruVPRO.dcm.raw  DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
 349 echo "expected : tasteless SHIT !"
 350 echo "breaks Siemens Leonardo viewer . JPEG encoding is bugged?"