checkWrite.sh

   1 # Check READ
   2 #-----------
   3 #
   4 # We just write XDCM Files and AFFIM them
   5 # to be sure the writting was OK
   6 #
   7 # Sebastien Barre's files have no interest, since the header is
   8 # a *very clean* ACR-NEMA
   9 # Our pb come from DICOM V3, with SQ, shadow groups, etc.
  10
  11
  12 #No Swap Info
  13 #------------
  14 testWrite mr176621.dcm x;
  15 #gdcmParser::CheckSwap: ACR/NEMA unfound swap info (time to raise bets)
  16 affim filein=mr176621.dcm.XDCM
  17  PrintHeader mr176621.dcm.XDCM 2 #down .
  18
  19 # No Transfert Syntax
  20 #--------------------
  21 #Big Endian
  22 testWrite cr172241.dcm x;
  23 affim filein=cr172241.dcm.XDCM  zoom=-4
  24 PrintHeader cr172241.dcm.XDCM 2 #down apres 0028|3006 [US][LUT Data (CTX dependent)]
  25
  26 testWrite cr_45031.dcm x;
  27 affim filein=cr_45031.dcm.XDCM  DIMX=1670 DIMY=2010 nbit=16 zoom=-4
  28  PrintHeader  cr_45031.dcm.XDCM   #OK
  29
  30 testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm x;
  31 affim filein=CR-MONO1-10-chest.dcm.XDCM  DIMX=440 DIMY=440 nbit=16
  32 PrintHeader CR-MONO1-10-chest.dcm.XDCM 2 #OK
  33
  34 testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 x;
  35 affim filein=CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.XDCM DIM=512 nbit=16
  36 PrintHeader CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.XDCM 2 # OK
  37
  38 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 x;
  39 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  40 PrintHeader gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM 2 #down
  41
  42 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 x;
  43 affim filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  44 PrintHeader  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM 2 # down
  45
  46 testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 x;
  47 affim filein=MR-MONO2-12-an2.acr2.XDCM DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  48 PrintHeader newACR1000.nema.XDCM 2 #down
  49
  50 testWrite newACR1000.nema x;          # == gdcmMR-SIEMENS-16.acr2
  51 affim filein=newACR1000.nema.XDCM DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
  52
  53 testWrite oldACR00001.ima x;          # == gdcm-MR-SIEMENS.16.acr1
  54 affim filein=oldACR00001.ima.XDCM DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
  55  PrintHeader oldACR00001.ima.XDCM 2 # down
  56
  57 testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm x;
  58 affim filein=OT-MONO2-8-a7.dcm.XDCM  DIMX=512 DIMY=512
  59  PrintHeader OT-MONO2-8-a7.dcm.XDCM 2 #ok
  60
  61 #No Samples Per Pixel
  62 #--------------------
  63 testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm x;
  64 affim filein=gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm dim=750 nbit=8
  65 PrintHeader  gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.XDCM 2 # OK
  66
  67 #Unnormalized Rectangular LibIDO format image
  68 #--------------------------------------------
  69 testWrite gdcm-ACR-LibIDO.acr x;
  70 affim filein=gdcm-ACR-LibIDO.acr.XDCM dimx=512 dimy=301
  71
  72 #Bits Allocated =12, Bits Stored=12
  73 #----------------------------------
  74 #MR Philips (once upon a time in Lyon-Sud)
  75 testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 x;
  76 affim filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.XDCM dim=256 nbit=16
  77
  78 #RGB
  79 #---
  80 testWrite US.3405.1.dcm x;
  81 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
  82 echo "          PhotometricInterpretation=RGB"
  83 affim filein=US.3405.1.dcm.XDCM
  84
  85 testWrite OT-PAL-8-face.dcm x;
  86 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
  87 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
  88 affim filein=OT-PAL-8-face.dcm.XDCM
  89
  90 testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm x;
  91 affim filein=8BitsUncompressedColor.dcm.XDCM
  92
  93 # Implicit VR - Little Endian
  94 #-----------------------------
  95
  96 testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm x;
  97  affim filein=CT-MONO2-16-ankle.dcm.XDCM
  98  PrintHeader  CT-MONO2-16-ankle.dcm 2 #ok
  99
 100 testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm x;
 101 affim filein=CT-MONO2-16-ort.dcm.XDCM
 102 PrintHeader CT-MONO2-16-ort.dcm.XDCM 2 #ok
 103
 104 testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm x;
 105 affim filein=CT-MONO2-8-abdo.dcm.XDCM
 106
 107 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm x;
 108 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.XDCM
 109 #PrintHeader OK; v OK; breaks xmedcom
 110
 111 testWrite MR-MONO2-16-head.dcm x;
 112 affim filein=MR-MONO2-16-head.dcm.XDCM
 113
 114 testWrite multiframe1Integris.dcm x;
 115 affim filein=multiframe1Integris.dcm.XDCM dim=1024 nbit=16 zoom=-2
 116 affim filein=multiframe1Integris.dcm.XDCM dim=1024 nbit=16 offset=31457280 zoom=-2
 117  PrintHeader CT-MONO2-8-abdo.dcm.XDCM 2
 118
 119 testWrite multiframe2GE.dcm x;
 120 affim filein=multiframe2GE.dcm.XDCM dim=512
 121 affim filein=multiframe2GE.dcm.XDCM dim=512 offset=14417920
 122
 123 testWrite irmPhlipsNew1.dcm x; # == gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
 124 affim DIMX=256 DIMY=256 filein=irmPhlipsNew1.dcm.XDCM nbit=16
 125
 126 #avec imagette (icone)
 127
 128 testWrite icone.dcm x;
 129 PrintHeader icone.dcm.XDCM 2;
 130 #PrintHeader OK; v OK; breaks xmedcom
 131
 132 #Palette
 133
 134 # ???
 135 # 8 Bits  ?
 136 # 16 Bits ?
 137
 138 #Explicit VR - Little Endian
 139 #----------------------------
 140 testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm x;
 141 affim filein=CT-MONO2-16-brain.dcm.XDCM  DIMX=512 DIMY=512 nbit=16 signe=o
 142
 143 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm x;
 144 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.XDCM  DIMX=128 DIMY=128 nbit=16
 145 PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm 2
 146
 147
 148 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm x;
 149 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.XDCM
 150
 151 testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm x;
 152 affim filein=MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.XDCM
 153
 154 testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm x;
 155 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.XDCM  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16
 156 affim filein=NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.XDCM  DIMX=64 DIMY=64 nbit=16 offset=98304
 157
 158 testWrite sonataMonaco.dcm x;
 159 affim filein=sonataMonaco.dcm.XDCM DIMX=256 DIMY=208 nbit=16
 160
 161 #MultiFrame
 162 testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm x;
 163 PrintHeader US-MONO2-8-8x-execho.dcm.XDCM
 164 xmedcon US-MONO2-8-8x-execho.dcm.XDCM;
 165
 166 #RGB
 167
 168 testWrite US-RGB-8-epicard.dcm x;
 169 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
 170 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 171 affim filein=US-RGB-8-epicard.dcm.XDCM  dimx=640 dimy=480 nbit=24
 172
 173 testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm x;
 174 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 175 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 176 affim filein=US-RGB-8-esopecho.dcm.XDCM dimx=256 dimy=120 nbit=24
 177
 178 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 179 #--------------------------------------------------------------------------
 180 # (JPEG Lossless)
 181
 182 testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm x;
 183 affim filein=CT-MONO2-16-chest.dcm.XDCM dimx=512 dimy=400 nbit=16 signe=o
 184
 185 testWrite 012345.002.050.dcm x;
 186 affim filein=012345.002.050.dcm.XDCM dim=256 nbit=16
 187
 188 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm x;
 189 PrintHeader gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM 2
 190 xmedcon gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM
 191
 192 testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm x;
 193 PrintHeader XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.XDCM 2;
 194 xmedcon XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.XDCM;
 195
 196 testWrite xa_integris.dcm x;
 197 echo "a lot of fragments expected here"
 198 xmedcon xa_integris.dcm.XDCM
 199
 200
 201 testWrite 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm x;
 202 affim filein=16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.XDCM DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 203
 204 #comming from GE dlx via VTServer
 205 testWrite I9000001.dcm x;
 206 PrintHeader I9000001.dcm.XDCM 2;
 207 #no image found
 208 v I9000001.dcm.XDCM;
 209 xmedcon I9000001.dcm.XDCM;
 210
 211 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 212 #-----------------------------
 213 testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm x;
 214 xmedcon gdcm-JPEG-Extended.dcm.XDCM
 215
 216 testWrite jpeglossy1.dcm x;
 217 xmedcon jpeglossy1.dcm.XDCM
 218
 219 #JPEG Baseline (Process 14)
 220 #--------------------------
 221 testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm x;
 222 xmedcon MR-MONO2-12-shoulder.dcm.XDCM;
 223
 224
 225 #fichier format ecat.
 226 #testWrite imageEcat.ecat r
 227
 228 #JPEG Lossy 8 bits
 229 #=================
 230 #JPEG Baseline (Process 1)
 231 #-------------------------
 232 # Bracco Files
 233 testWrite US.1.2.dcm x;
 234 echo "expected : A lot of Fragments (40), nb Frames = 40 ;-)"
 235 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 236 echo "          PhotometricInterpretation=YBR_FULL_422"
 237 xmedcom US.1.2.dcm.XDCM
 238
 239 #Sequoia Acusson U11
 240 testWrite CLIP0001-Sequoia-U11.dcm x;
 241 xmedcon CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.XDCM
 242
 243 #RLE Lossless
 244 #-------------
 245 testWrite canadaAloka.dcm x;
 246 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1"
 247 echo "         PlanarConfiguration=0 PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 248 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 249 xmedcon canadaAloka.dcm.XDCM
 250 testWrite jpeglossy1.dcm x;
 251
 252 testWrite FMAG0001.dcm x;
 253 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 254 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 255 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 256 xmedcon FMAG0001.dcm.XDCM
 257
 258 testWrite QMAG0001.dcm x;
 259 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 260 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 261 affim filein=QMAG0001.dcm.XDCM DIMX=384 DIMY=288 nbit=24;
 262
 263 testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm x;
 264 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 265 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 266 echo "         nb Frames (DIMZ): 10"
 267 echo "expected : Parsing 10 'single fragment' Segments"
 268 echo "           Reading 10 'single fragment' Segments (ouf!)"
 269 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.XDCM DIMX=600 DIMY=430 nbit=24
 270 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.XDCM DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=774000
 271 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.XDCM DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=1548000
 272 affim filein=US-PAL-8-10x-echo.dcm.XDCM DIMX=600 DIMY=430 nbit=24 offset=6966000
 273
 274 testWrite 8BitsRunLengthGrayScale.dcm x;
 275 echo "expected : correct Gray image"
 276 affim filein=8BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM DIMX=800 DIMY=535
 277
 278 testWrite 8BitsRunLengthColor.dcm x;
 279 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=2"
 280 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 281 echo "expected correct color image"
 282 affim filein=8BitsRunLengthColor.dcm.XDCM DIMX=800 DIMY=535 nbit=24
 283
 284 #RLE 16 bits --> Try to find some more images
 285
 286 testWrite 16BitsRunLengthGrayScale.dcm x;
 287 echo "expected pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 288 echo "         PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 289 affim filein=16BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM  DIMX=800 DIMY=535 nbit=16
 290
 291 #Were supposed to be bugged
 292 #--------------------------
 293 #(break xmedcon)
 294
 295 testWrite 00191113.dcm x;
 296 #OK
 297 xmedcon 00191113.dcm.XDCM
 298
 299
 300 testWrite DermaColorLossLess.dcm x;
 301 #breaks xmedcon
 302  xmedcon DermaColorLossLess.dcm.XDCM
 303 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: Tag with uneven length
 304 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: No transfer syntax found
 305 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: error: No images found
 306 # v : OK
 307 v DermaColorLossLess.dcm.XDCM
 308
 309 #Original breaks xmedcon
 310 xmedcon RadBWLossLess.dcm;
 311 testWrite RadBWLossLess.dcm x;
 312 #No pixel found
 313 v RadBWLossLess.dcm.XDCM;
 314 xmedcon RadBWLossLess.dcm.XDCM;
 315
 316 #Known as BUGGED !
 317 #----------------
 318
 319 #Rectangular old 24 Bits image
 320 testWrite gdcm-RGB-LibIDORect.acr x;
 321 v gdcm-RGB-LibIDORect.acr.XDCM
 322
 323 #MR GE GENESIS_SIGNA Palo Alto
 324 testWrite DicomSampleNastyGEImage.dcm x;
 325 echo " expected : warning uneven length (13) for 0008|103e"
 326 xdedcon DicomSampleNastyGEImage.dcm.XDCM
 327
 328 #MR Philips NTSCAN Hop. Neuro Lyon
 329 testWrite philipsMR-lossy.ima x;
 330 echo "WAS expected : 'Bogus Huffman table definition' on philipsMR-lossy.ima"
 331 echo "IS  expected : 'JERR_BAD_HUFF_TABLE sym 16 (>15') but the show goes on"
 332 echo "breaks xmedcon"
 333 affim filein=philipsMR-lossy.ima.XDCM dim=512 nbit=16
 334
 335 #CT Siemens Hop. Salengro Lille
 336 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm x;
 337 echo "expected : wrong sequence delimiter (b00c,0eb6) at end of pixels";
 338 echo "xmedcon says 'error: Unexpected end of file'"
 339 affim filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM dim=512 nbit=16
 340 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm
 341
 342 #CR Philips Thoravision Hop Cardio Lyon
 343 testWrite gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm x;
 344 echo "expected : 147 fragments,length : 29860 + 145*32760 + 14416"
 345 echo "breaks xmedcom, breaks e-film"
 346 echo "WAS expected : hashed image -with jLBJpeg-"
 347 echo "IS  expected : Seg Fault"
 348 affim filein=gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm.XDCM DIMX=1876 DIMY=2076 nbit=16
 349
 350 #MR Picker ST. ANTHONY HOSPITAL
 351 testWrite MR.6799.1.dcm x;
 352 echo "OK; DICOM Image with NO Preamble"
 353 affim filein=MR.6799.1.dcm.XDCM dim=512 nbit=16
 354
 355 #Segmented Palette Color LUT Data
 356 testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm x;
 357 echo "expected  pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 358 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 359 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account"
 360 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
 361 echo "breaks xmedcom"
 362 echo "breaks vtkgdcmViewer (bad result : 24 bits expected; 16 found in Pixels area)"
 363 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 364 affim dimx=640 dimy=480 filein=gdcm-US-ALOKA-16.dcm.XDCM nbit=16
 365
 366 # bugged Siemens 'Leonardo' image
 367 testWrite 8078283Leonardo.dcm x;
 368 affim filein=8078283Leonardo.dcm.XDCM dim=512 nbit=16
 369
 370 #CT McTwin Elscint C.H.R.U  LILLE  C.HURIEZ
 371 testWrite MxTwinLossLess.dcm x;
 372 affim filein=MxTwinLossLess.dcm.XDCM DIMX=512 DIMY=512 nbit=16
 373
 374 # MRI image from VPRO burned CD
 375 testWrite mriThruVPRO.dcm x;
 376 affim filein=mriThruVPRO.dcm.XDCM  DIMX=256 DIMY=256 nbit=16
 377 echo "expected : tasteless SHIT !"
 378 echo "breaks Siemens Leonardo viewer . JPEG encoding is bugged?"
 379
 380 # gdcm made Theralys image
 381 # due to H table, a SeQuence is tagged with 0 length
 382 # when using gdcmFile::WriteDcmXXX
 383 testWrite fromTheralys.dcm x;
 384 affim filein=fromTheralys.dcm.XDCM dim=256 nbit=16