checkWrite.sh

   1 # Check READ
   2 #-----------
   3 #
   4 # We just write XDCM Files and AFFIM them
   5 # to be sure the writting was OK
   6 #
   7 # Sebastien Barre's files have no interest here, since the header is
   8 # a *very clean* ACR-NEMA
   9 # Our pb come from DICOM V3, with SQ, shadow groups, etc.
  10
  11
  12 #No Swap Info
  13 #------------
  14 testWrite mr176621.dcm x;
  15 #gdcmParser::CheckSwap: ACR/NEMA unfound swap info (time to raise bets)
  16 PrintHeader mr176621.dcm.XDCM 2 #breaks Tag with uneven length 1463107 in x(8,8) .
  17 v mr176621.dcm.XDCM #breaks : white image
  18 xmedcon mr176621.dcm.XDCM #breaks
  19
  20 # No Transfert Syntax
  21 #--------------------
  22 #Big Endian
  23
  24 testWrite cr172241.dcm x;
  25 PrintHeader cr172241.dcm;  #OK
  26 v cr172241.dcm;   # breaks
  27 xmedcon cr172241.dcm;  # OK
  28 PrintHeader cr172241.dcm.XDCM 2 #down apres 0028|3006 [US][LUT Data (CTX dependent)]
  29 v cr172241.dcm.XDCM # NOT CHECKED
  30 xmedcon cr172241.dcm.XDCM # NOT CHECKED
  31
  32 testWrite cr_45031.dcm x;
  33 v cr_45031.dcm.XDCM #OK
  34 xmedcon  cr_45031.dcm.XDCM   #OK
  35
  36 testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm x;
  37 PrintHeader CR-MONO1-10-chest.dcm.XDCM 2 #OK
  38 xmedcon CR-MONO1-10-chest.dcm.XDCM; #OK
  39
  40 testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 x;
  41 xmedcon CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.XDCM; #OK
  42 PrintHeader CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.XDCM 2 # OK
  43
  44 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 x;
  45 PrintHeader gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM 2 ;
  46 #down0009|0000 l:x(46e55) 290389 Of:x(180)384
  47 v  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM; #black image
  48 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM; #breaks
  49
  50 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 x;
  51 PrintHeader  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM 2;
  52 v gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM; #OK
  53 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM; #breaks
  54
  55 testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 x;
  56 PrintHeader newACR1000.nema.XDCM 2 #down
  57 # 0009|0000 lg :x(46e55) 290389   Off.: x(28a) 650 [Unknown]
  58 xmedcon MR-MONO2-12-an2.acr2.XDCM # NOT CHECKED
  59
  60 testWrite newACR1000.nema x;          # == gdcmMR-SIEMENS-16.acr2
  61 PrintHeader newACR1000.nema.XDCM; #OK
  62 v newACR1000.nema.XDCM; #OK
  63 xmedcon newACR1000.nema.XDCM ; # breaks : no image found
  64
  65 testWrite oldACR00001.ima x;          # == gdcm-MR-SIEMENS.16.acr1
  66 PrintHeader oldACR00001.ima.XDCM # OK
  67 v oldACR00001.ima.XDCM; #OK
  68 xmedcon oldACR00001.ima.XDCM # # breaks : no image found
  69
  70 testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm x;
  71 xmedcon OT-MONO2-8-a7.dcm.XDCM 2 #ok
  72
  73 #No Samples Per Pixel
  74 #--------------------
  75 testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm x;
  76 affim filein=gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm dim=750 nbit=8
  77 PrintHeader  gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.XDCM 2 # OK
  78
  79 #Unnormalized Rectangular LibIDO format image
  80 #--------------------------------------------
  81 testWrite gdcm-ACR-LibIDO.acr x;
  82 affim filein=gdcm-ACR-LibIDO.acr.XDCM dimx=512 dimy=301
  83
  84 #Bits Allocated =12, Bits Stored=12
  85 #----------------------------------
  86 #MR Philips (once upon a time in Lyon-Sud)
  87 testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 x;
  88 v MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.XDCM  # shitty image
  89 xmedcon R-MONO2-12-angio-an1.acr1.XDCM #pas mieux : warning: Incorrect PixelData length
  90
  91 #RGB
  92 #---
  93 testWrite US.3405.1.dcm x;
  94 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
  95 echo "          PhotometricInterpretation=RGB"
  96 xmedcon US.3405.1.dcm.XDCM #OK
  97
  98 testWrite OT-PAL-8-face.dcm x;
  99 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
 100 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 101 xmedcon OT-PAL-8-face.dcm.XDCM; #OK
 102
 103 testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm x;
 104 xmedcon 8BitsUncompressedColor.dcm.XDCM ; #OK
 105
 106 # Implicit VR - Little Endian
 107 #-----------------------------
 108
 109 testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm x;
 110  xmedcon CT-MONO2-16-ankle.dcm.XDCM; #ok
 111  PrintHeader  CT-MONO2-16-ankle.dcm 2 #ok
 112
 113 testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm x;
 114 xmedcon CT-MONO2-16-ort.dcm.XDCM  #OK
 115 PrintHeader CT-MONO2-16-ort.dcm.XDCM 2 #ok
 116
 117 testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm x;
 118 xmedcon CT-MONO2-8-abdo.dcm.XDCM #OK
 119
 120 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm x;
 121 affim filein=gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.XDCM
 122 #PrintHeader OK; v OK; breaks xmedcom
 123
 124 testWrite MR-MONO2-16-head.dcm x;
 125 affim filein=MR-MONO2-16-head.dcm.XDCM
 126
 127 testWrite multiframe1Integris.dcm x;
 128 affim filein=multiframe1Integris.dcm.XDCM dim=1024 nbit=16 zoom=-2
 129 affim filein=multiframe1Integris.dcm.XDCM dim=1024 nbit=16 offset=31457280 zoom=-2
 130  PrintHeader CT-MONO2-8-abdo.dcm.XDCM 2
 131
 132 testWrite multiframe2GE.dcm x;
 133 v multiframe2GE.dcm.XDCM
 134 #breaks xmedcon
 135 xmedcon multiframe2GE.dcm.XDCM
 136
 137 testWrite irmPhlipsNew1.dcm x; # == gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
 138 v irmPhlipsNew1.dcm.XDCM;
 139 xmedcon irmPhlipsNew1.dcm.XDCM #breaks
 140
 141 #avec imagette (icone)
 142
 143 testWrite icone.dcm x;
 144 PrintHeader icone.dcm.XDCM 2;
 145 #PrintHeader OK; v OK; breaks xmedcom
 146 v icone.dcm.XDCM
 147 xmedcon icone.dcm.XDCM #breaks
 148
 149 #Palette
 150
 151 # ???
 152 # 8 Bits  ?
 153 # 16 Bits ?
 154
 155 #Explicit VR - Little Endian
 156 #----------------------------
 157 testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm x;
 158 xmedcon CT-MONO2-16-brain.dcm.XDCM #OK
 159
 160 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm x;
 161 PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm 2
 162 v gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.XDCM #expected : image de *chiottes*
 163 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.XDCM #breaks
 164
 165 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm x;
 166 v gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.XDCM #OK
 167 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.XDCM #OK
 168
 169 testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm x; #multiframe
 170 v MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.XDCM ; #OK
 171 xmedcon MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.XDCM #OK
 172
 173 testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm x;  #multiframe
 174 xmedcon NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.XDCM #OK
 175
 176 testWrite sonataMonaco.dcm x;
 177 xmedcon sonataMonaco.dcm.XDCM #OK
 178
 179 #MultiFrame
 180 testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm x;
 181 PrintHeader US-MONO2-8-8x-execho.dcm.XDCM
 182 xmedcon US-MONO2-8-8x-execho.dcm.XDCM; #OK
 183
 184 #RGB
 185
 186 testWrite US-RGB-8-epicard.dcm x;
 187 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1"
 188 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 189  xmedcon US-RGB-8-epicard.dcm.XDCM #OK
 190
 191 testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm x;
 192 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 193 echo "         PhotometricInterpretation=RGB"
 194 xmedcon US-RGB-8-esopecho.dcm.XDCM #OK
 195
 196 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 197 #--------------------------------------------------------------------------
 198 # (JPEG Lossless)
 199
 200 testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm x;
 201 xmedcon CT-MONO2-16-chest.dcm.XDCM #OK
 202
 203 testWrite 012345.002.050.dcm x;
 204 xmedcon 012345.002.050.dcm.XDCM #OK
 205
 206 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm x;
 207 PrintHeader gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM 2
 208 xmedcon gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM  #OK
 209
 210 testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm x;
 211 PrintHeader XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.XDCM 2;
 212 xmedcon XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.XDCM; #OK
 213
 214 testWrite xa_integris.dcm x;
 215 echo "a lot of fragments expected here"
 216 xmedcon xa_integris.dcm.XDCM #OK
 217
 218 testWrite 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm x;
 219 xmedcon 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.XDCM #OK
 220
 221 #comming from GE dlx via VTServer
 222 v I9000001.dcm;
 223 testWrite I9000001.dcm x;
 224 PrintHeader I9000001.dcm.XDCM 2;
 225 #black image
 226 v I9000001.dcm.XDCM;
 227 #no image found
 228 xmedcon I9000001.dcm.XDCM;
 229
 230 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 231 #-----------------------------
 232 testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm x;
 233 xmedcon gdcm-JPEG-Extended.dcm.XDCM #OK
 234
 235 testWrite jpeglossy1.dcm x;
 236 xmedcon jpeglossy1.dcm.XDCM #OK
 237
 238 #JPEG Baseline (Process 14)
 239 #--------------------------
 240 testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm x;
 241 xmedcon MR-MONO2-12-shoulder.dcm.XDCM; #OK
 242
 243
 244 #fichier format ecat.
 245 #testWrite imageEcat.ecat r
 246
 247 #JPEG Lossy 8 bits
 248 #=================
 249 #JPEG Baseline (Process 1)
 250 #-------------------------
 251 # Bracco Files
 252 testWrite US.1.2.dcm x;
 253 echo "expected : A lot of Fragments (40), nb Frames = 40 ;-)"
 254 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0"
 255 echo "          PhotometricInterpretation=YBR_FULL_422"
 256 xmedcon US.1.2.dcm.XDCM #OK
 257
 258 #Sequoia Acusson U11
 259 testWrite CLIP0001-Sequoia-U11.dcm x;
 260 xmedcon CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.XDCM #OK
 261
 262 #RLE Lossless
 263 #-------------
 264 testWrite canadaAloka.dcm x;
 265 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1"
 266 echo "         PlanarConfiguration=0 PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 267 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 268 xmedcon canadaAloka.dcm.XDCM
 269
 270 testWrite jpeglossy1.dcm x;
 271  xmecon jpeglossy1.dcm.XDCM #OK
 272
 273 testWrite FMAG0001.dcm x;
 274 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3"
 275 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL"
 276 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1"
 277 xmedcon FMAG0001.dcm.XDCM #OK
 278
 279 v QMAG0001.dcm; #OK
 280 xmedcon QMAG0001.dcm; #original breaks xmedcon
 281 testWrite QMAG0001.dcm x;
 282 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3";
 283 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL";
 284 v QMAG0001.dcm.XDCM; #OK
 285 xmedcon QMAG0001.dcm.XDCM; #OK
 286
 287 testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm x;
 288 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 289 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 290 echo "         nb Frames (DIMZ): 10"
 291 echo "expected : Parsing 10 'single fragment' Segments"
 292 echo "           Reading 10 'single fragment' Segments (ouf!)"
 293 xmedcon US-PAL-8-10x-echo.dcm.XDCM #OK
 294
 295 testWrite 8BitsRunLengthGrayScale.dcm x;
 296 echo "expected : correct Gray image"
 297 xmedcon 8BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM #OK
 298
 299 testWrite 8BitsRunLengthColor.dcm x;
 300 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=2"
 301 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 302 echo "expected correct color image"
 303 xmedcon 8BitsRunLengthColor.dcm.XDCM  #OK
 304
 305 #RLE 16 bits --> Try to find some more images
 306
 307 testWrite 16BitsRunLengthGrayScale.dcm x;
 308 echo "expected pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 309 echo "         PhotometricInterpretation=MONOCHROME2"
 310 xmedcon 16BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM #OK
 311
 312 #Were supposed to be bugged
 313 #--------------------------
 314 #(break xmedcon)
 315  xmedcon 00191113.dcm #No images found
 316 testWrite 00191113.dcm x;
 317 xmedcon 00191113.dcm.XDCM #OK
 318
 319 xmedcon DermaColorLossLess.dcm; #breaks xmedcon : No images found
 320 testWrite DermaColorLossLess.dcm x;
 321 xmedcon DermaColorLossLess.dcm.XDCM; #breaks xmedcon
 322 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: Tag with uneven length
 323 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: No transfer syntax found
 324 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: error: No images found
 325 v DermaColorLossLess.dcm.XDCM #OK
 326
 327 #Original breaks xmedcon, breaks v, affimdcm complian ?!
 328 affimdcm filein=RadBWLossLess.dcm; #OK
 329 v RadBWLossLess.dcm;
 330 xmedcon RadBWLossLess.dcm;
 331 testWrite RadBWLossLess.dcm x;
 332 #No pixel found
 333 v RadBWLossLess.dcm.XDCM; #No pixel found
 334 xmedcon RadBWLossLess.dcm.XDCM;
 335
 336 #Known as BUGGED !
 337 #----------------
 338
 339 #Rectangular old 24 Bits image
 340 testWrite gdcm-RGB-LibIDORect.acr x;
 341 v gdcm-RGB-LibIDORect.acr.XDCM
 342 xmedcon gdcm-RGB-LibIDORect.acr.XDCM #breaks : large Bit Allocated (24)
 343
 344 #MR GE GENESIS_SIGNA Palo Alto
 345 testWrite DicomSampleNastyGEImage.dcm x;
 346 echo " expected : warning uneven length (13) for 0008|103e"
 347 xmedcon DicomSampleNastyGEImage.dcm.XDCM #OK
 348
 349 #MR Philips NTSCAN Hop. Neuro Lyon
 350 PrintHeader philipsMR-lossy.ima #breaks PrintHeader ?!?
 351 testWrite philipsMR-lossy.ima x; #NOT CHECKED
 352 echo "WAS expected : 'Bogus Huffman table definition' on philipsMR-lossy.ima"
 353 echo "IS  expected : 'JERR_BAD_HUFF_TABLE sym 16 (>15') but the show goes on"
 354 echo "breaks xmedcon"
 355 v philipsMR-lossy.ima.XDCM;  #NOT CHECKED
 356 xmedcon philipsMR-lossy.ima.XDCM; #NOT CHECKED
 357
 358 #CT Siemens Hop. Salengro Lille
 359 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm x;
 360 echo "expected : wrong sequence delimiter (b00c,0eb6) at end of pixels";
 361 echo "xmedcon says 'error: Unexpected end of file'"
 362 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM  #OK; needs 'R' for display
 363 xmedcon gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM; #OK
 364
 365 #CR Philips Thoravision Hop Cardio Lyon
 366 affimdcm filein=gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm #OK
 367 testWrite gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm x;
 368 echo "expected : 147 fragments,length : 29860 + 145*32760 + 14416"
 369 echo "breaks xmedcom, breaks e-film"
 370 echo "WAS expected : hashed image -with jLBJpeg-"
 371 echo "IS  expected : Seg Fault"
 372 xmedcon gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm.XDCM # NOT CHECKED
 373
 374 #MR Picker ST. ANTHONY HOSPITAL
 375 testWrite MR.6799.1.dcm x;
 376 echo "OK; DICOM Image with NO Preamble"
 377 xmedcon MR.6799.1.dcm.XDCM #OK
 378
 379 #Segmented Palette Color LUT Data
 380 xmedcon gdcm-US-ALOKA-16.dcm; #breaks
 381 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm3OK
 382 testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm x;
 383 echo "expected  pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0"
 384 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR"
 385 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account"
 386 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
 387 echo "breaks xmedcom"
 388 echo "breaks vtkgdcmViewer (bad result : 24 bits expected; 16 found in Pixels area)"
 389 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm.XDCM #OK
 390 xmedcon gdcm-US-ALOKA-16.dcm.XDCM #breaks
 391 #Feb 03 13:40:19 log[26999]: error: Missing CLUT
 392 #Feb 03 13:40:19 log[26999]: error: No images found
 393
 394 # bugged Siemens 'Leonardo' image
 395 testWrite 8078283Leonardo.dcm x;
 396 xmedcon 8078283Leonardo.dcm.XDCM #OK
 397
 398 #CT McTwin Elscint C.H.R.U  LILLE  C.HURIEZ
 399  xmedcon MxTwinLossLess.dcm #breaks
 400  v MxTwinLossLess.dcm #OK
 401  testWrite MxTwinLossLess.dcm x;
 402  v MxTwinLossLess.dcm.XDCM;  #OK
 403  xmedcon MxTwinLossLess.dcm.XDCM #breaks
 404
 405 # MRI image from VPRO burned CD
 406 v mriThruVPRO.dcm; # Tasteless SHIT
 407 xmedcon mriThruVPRO.dcm; # pas mieux
 408 testWrite mriThruVPRO.dcm x;
 409 v mriThruVPRO.dcm.XDCM
 410 echo "expected : tasteless SHIT !"
 411 echo "breaks Siemens Leonardo viewer . JPEG encoding is bugged?"
 412
 413 # gdcm made Theralys image
 414 # due to H table, a SeQuence is tagged with 0 length
 415 # when using gdcmFile::WriteDcmXXX
 416 xmedcon fromTheralys.dcm # Original breaks xmedcon
 417 testWrite fromTheralys.dcm x;
 418 v fromTheralys.dcm.XDCM; # OK (unsolved Length = 13 ...)
 419 xmedcon fromTheralys.dcm.XDCM # Breaks : no image found