checkWrite.sh

   1 # Check WRITE
   2 #-----------
   3 #
   4 # We rewrite DICOM Files
   5 # and AFFIMDCM them to be sure the writting was OK
   6 #
   7
   8 # WARNING : DO NOT use right now; some image names changed :-(
   9
  10
  11 #No Swap Info
  12 #------------
  13 testWrite mr176621.dcm d
  14 affimdcm filein=mr176621.dcm.DCM  # xmedcon OK
  15
  16 # No Transfert Syntax
  17 #--------------------
  18 testWrite cr172241.dcm d;
  19 affimdcm filein=cr172241.dcm.DCM zoom=-4; #xmedcon OK
  20                                           #Incorrect sequence length
  21
  22 testWrite cr_45031.dcm d ;
  23 affimdcm filein=cr_45031.dcm.DCM zoom=-4 #OK
  24
  25 testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm d;
  26 affimdcm filein=CR-MONO1-10-chest.dcm.DCM  #OK
  27
  28 testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 d;
  29 affimdcm filein=CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.DCM  #OK
  30
  31 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 d;
  32 affimdcm filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.DCM  #OK
  33
  34 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 d;
  35 affimdcm filein=gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.DCM  #OK
  36
  37 testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 d;
  38 affimdcm filein=MR-MONO2-12-an2.acr2.DCM;  #OK
  39
  40 testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 d;
  41 affimdcm filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.DCM
  42 echo " --- >12 bits stored, try AFFIM"
  43 affimdcm filein=MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.DCM bypassacr=1 dim=256 nbit=16 offset=820
  44
  45 testWrite newACR1000.nema d;
  46 affimdcm filein=newACR1000.nema.DCM #OK
  47
  48 testWrite oldACR00001.ima d;
  49 affimdcm filein=oldACR00001.ima.DCM #OK
  50
  51 testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm d;
  52 affimdcm filein=OT-MONO2-8-a7.dcm.DCM #OK, xmedcon OK
  53
  54 #RGB
  55 testWrite US.3405.1.dcm d
  56 affimdcm filein=US.3405.1.dcm.DCM # Nothing displayed
  57 affimdcm filein=US.3405.1.dcm.DCM bypassacr=1 offset=1592 nbit=24 dimx=768 dimy=576                                          # seg fault
  58 echo "expected : wrong color"
  59          # breaks xmedcon
  60          # Incorrect PixelData length
  61          # Incorrect sequence length
  62          # seg fault
  63
  64 testWrite OT-PAL-8-face.dcm d
  65 affimdcm filein=OT-PAL-8-face.dcm.DCM # nothing displayed
  66 affimdcm filein=OT-PAL-8-face.dcm.DCM dimx=640 dimy=480 nbit=24 offset=1814 bypassacr=1
  67   # breaks xmedcom
  68   # Incorrect PixelData Length
  69   # Unexpected end of file
  70   # wrong image
  71
  72 testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm d;
  73 affimdcm filein=8BitsUncompressedColor.dcm.DCM
  74 #xmedcom : OK
  75 # Incorrect OW value representation (fixed)
  76 # awfull stuff after pixels
  77
  78 # Implicit VR - Little Endian
  79 #-----------------------------
  80 testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm  d;
  81 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account"
  82 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
  83 affimdcm filein=gdcm-US-ALOKA-16.dcm.DCM
  84 #breaks xmedcon
  85 # warning: Incorrect sequence length
  86 # error: Missing CLUT
  87 # error: No images found
  88
  89 testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm d;
  90 affimdcm filein=CT-MONO2-16-ankle.dcm.DCM  #OK
  91
  92 testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm d;
  93 affimdcm filein=CT-MONO2-16-ort.dcm.DCM  #OK
  94
  95 testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm d;
  96 affimdcm filein=CT-MONO2-8-abdo.dcm.DCM  #OK
  97
  98 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm d;
  99 affimdcm filein=gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.DCM  #OK
 100
 101 testWrite irmPhlipsNew1.dcm d;
 102 affimdcm filein=irmPhlipsNew1.dcm.DCM   #OK
 103
 104 testWrite MR.6799.1.dcm d;
 105 affimdcm filein=MR.6799.1.dcm.DCM   #OK
 106
 107 testWrite MR-MONO2-16-head.dcm d;
 108 affimdcm filein=MR-MONO2-16-head.dcm   #OK
 109
 110 testWrite multiframe1Integris.dcm d;
 111 affimdcm filein=multiframe1Integris.dcm.DCM
 112 affim filein=multiframe1.dcm.DCM dim=1024 nbit=16 offset=31457280 bypassacr=1
 113 testWrite multiframe2.dcm d;
 114 affimdcm filein=multiframe2.dcm.DCM
 115 testWrite test.acr d; #OK
 116
 117 affimdcm filein=test.acr.DCM
 118 #avec imagette
 119 testWrite icone.dcm d
 120 echo "Hopeless till we stop considering the Tag as an identifier"
 121 affimdcm filein=icone.dcm.DCM
 122
 123 #Explicit VR - Little Endian
 124 #----------------------------
 125 testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm d;
 126 affimdcm filein=CT-MONO2-16-brain.dcm.DCM  #OK
 127
 128 testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm d
 129 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm d
 130 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm d
 131 testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm d
 132 testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm d
 133 testWrite sonataMonaco.dcm d
 134
 135 #MultiFrame
 136 testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm d
 137 affimdcm filein=US-MONO2-8-8x-execho.dcm.DCM
 138
 139 #RGB
 140 testWrite US-RGB-8-epicard.dcm d;
 141 affimdcm filein=US-RGB-8-epicard.dcm.DCM  #OK xmedcon OK
 142
 143 testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm d;
 144 affimdcm filein=US-RGB-8-esopecho.dcm.DCM  #OK xmedcon OK
 145
 146 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 147 #--------------------------------------------------------------------------
 148 testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm d;
 149 affimdcm filein=CT-MONO2-16-chest.dcm.DCM #OK
 150 # breaks xmedcom : black image
 151 #warning: Incorrect PixelData length
 152 #warning: Tag with uneven length
 153 #error: Unexpected end of file
 154
 155 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm d;
 156 affimdcm filein=gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.DCM
 157
 158 testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm d
 159 ls -l XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm*   #wrong images with xmedcon
 160 affimdcm filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM
 161 affimdcm filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM dim=512 num=6  bypassacr=1
 162 affimdcm filein=XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM dim=512 num=11 bypassacr=1
 163
 164 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 165 #-----------------------------
 166 testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm d
 167 affimdcm filein=gdcm-JPEG-Extended.dcm.DCM #OK
 168 #breaks xmedcon warning: Incorrect sequence length
 169 #               warning: Incorrect PixelData length
 170 #               error: Unexpected end of file
 171
 172
 173 testWrite jpeglossy1.dcm d
 174 affimdcm filein=jpeglossy1.dcm.DCM #OK
 175 #breaks xmedcon warning: Incorrect sequence length
 176 #               warning: Incorrect PixelData length
 177 #               seg fault
 178
 179 testWrite philipsMR-lossy.ima d
 180 affimdcm filein=philipsMR-lossy.ima.DCM #OK
 181 # breaks xmedcom :
 182 # Incorrect sequence length
 183 # Incorrect PixelData length
 184
 185 #JPEG Baseline (Process 14)
 186 #--------------------------
 187 testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm d
 188 echo "expected : 'Unsupported JPEG process: SOF type 0xc3' on MR-MONO2-12-shoulder.dcm"
 189 affimdcm filein=MR-MONO2-12-shoulder.dcm.DCM #OK
 190 #breaks xmedcon warning: Incorrect PixelData length
 191 #               warning: ITag with uneven length
 192 #               error: Unexpected end of file
 193
 194
 195 #fichier format ecat.
 196 #testWrite imageEcat.ecat d
 197
 198 #JPEG Lossy 8 bits (to be checked with the right lib : modify jmorecfg.h, gdcmFile.cxx)
 199 #=================
 200 #JPEG Baseline (Process 1)
 201 #--------------------------
 202 # Bracco Files
 203 testWrite US.1.2.dcm d;
 204 affimdcm filein=US.1.2.dcm.DCM
 205 affimdcm filein=US.1.2.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=3 offset=1592
 206    # breaks xmedcon : Incorrect sequence length,
 207    #                  Unknown PhotometricInterpretation,
 208    #                  Incorrect PixelData length
 209 testWrite US.1.3.dcm d
 210 affimdcm filein=US.1.2.dcm.DCM
 211 #
 212 testWrite CLIP0001.dcm d
 213 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM
 214 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=2
 215 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=15
 216 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=31
 217 affimdcm filein=CLIP0001.dcm.DCM  DIMX=768 DIMY=576 nbit=24 bypassacr=1 num=32
 218
 219
 220 #RLE Lossless
 221 #-------------
 222 testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm d
 223 testWrite canada.dcm d
 224 testWrite FMAG0002.dcm d
 225 testWrite QMAG0001.dcm d