]> Creatis software - gdcmData.git/blob - checkWriteExplicit.sh
*** empty log message ***
[gdcmData.git] / checkWriteExplicit.sh
1 # Check READ
2 # ==========
3 #
4 # This script :
5 #   - gdcmreads the images of gdcmData
6 #   - gdcmwrites the result, with Explicit Value Representation
7 #                into a '.XDCM' file
8 #   - tests the result
9 #       - using creatis' LibIDO/affimdcm (you may drop it)
10 #       - using mathieu malaterre's vtkgdcmViewer
11 #       - using Eric Nolf's xmedcon
12 #       - the full checking should be using e-film, 
13 #                  but it doesn't work on Windoz
14
15 #
16 # Sebastien Barre's files have no interest here, since the header is
17 # a *very clean* ACR-NEMA
18 # Our problems come from DICOM V3, with SQ, shadow groups, etc.
19
20 # --> EVERYWHERE, with XMEDCOM :
21 # --> warning: Incorrect OB value representation (fixed)
22 # --> to be fixed in the WRITER ...
23
24 #No Swap Info
25 #------------
26 gdcmCxxTests testWrite mr176621.dcm x;
27 gdcmCxxTests PrintHeader mr176621.dcm.XDCM 2;  . 
28 vtkgdcmViewer mr176621.dcm.XDCM; #  OK
29 xmedcon mr176621.dcm.XDCM; # warning: No transfer syntax found
30                            # warning: Tag with uneven length
31                            # 
32                            #breaks because 'DICM" without group 0000
33                            # Write DCM needs 'CheckFileHeaderConsistency' method
34
35 # No Transfert Syntax
36 #--------------------
37
38 #Big Endian
39
40 #      -------------------------------------------  BIG SOUCY !! 
41 affimdcm filein=cr172241.dcm zoom=-4;
42 xmedcon cr172241.dcm;  # OK
43 gdcmCxxTests testWrite cr172241.dcm r;
44 affim filein=cr172241.dcm.RAW nbit=16  DIMX=1792 DIMY=2392;
45 gdcmCxxTests PrintHeader cr172241.dcm 2;  #OK
46 # But ... :
47 vtkgdcmViewer cr172241.dcm;              # breaks (white image)   WHITE IMAGE ?!?
48                              # Doesn't break DaVaW ... 
49 gdcmCxxTests testWrite cr172241.dcm x;
50 gdcmCxxTests  PrintHeader cr172241.dcm.XDCM 2;   #OK
51 xmedcon cr172241.dcm.XDCM;         # OK Incorrect OB value representation (fixed)
52 affimdcm filein=cr172241.dcm.XDCM; # OK
53 vtkgdcmViewer cr172241.dcm.XDCM;               # breaks ?!? White image !
54
55
56 vtkgdcmViewer Wrist.pap;                     # PAPYRUS 3.0 single frame image                      
57 gdcmCxxTests  PrintHeader Wrist.pap 2; 
58 gdcmCxxTests testWrite Wrist.pap x;           # OK
59 gdcmCxxTests  PrintHeader Wrist.pap.XDCM
60
61
62 gdcmCxxTests testWrite cr_45031.dcm x;                                   
63 vtkgdcmViewer cr_45031.dcm.XDCM;          #OK
64 xmedcon  cr_45031.dcm.XDCM;   #OK
65  
66 gdcmCxxTests testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm x;
67 gdcmCxxTests  PrintHeader CR-MONO1-10-chest.dcm.XDCM 2; #OK
68 vtkgdcmViewer CR-MONO1-10-chest.dcm.XDCM;             #OK
69 xmedcon CR-MONO1-10-chest.dcm.XDCM;       #OK Incorrect OB value representation (fixed)
70
71 gdcmCxxTests testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 x;
72 gdcmCxxTests  PrintHeader CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.XDCM 2; # OK
73 vtkgdcmViewer CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.XDCM; #OK
74 xmedcon CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.XDCM; #OK Incorrect OB value representation (fixed)
75
76 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1; # Original OK
77 gdcmCxxTests  PrintHeader gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1; #OK
78 gdcmCxxTests testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 x;
79 gdcmCxxTests  PrintHeader gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM 2; 
80 vtkgdcmViewer  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM; 
81 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.XDCM; #breaks error: No images found
82
83 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 #original OK
84 gdcmCxxTests testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 x;
85 gdcmCxxTests  PrintHeader  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM 2;
86 vtkgdcmViewer gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM; #OK
87 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.XDCM; #breaks  
88                                       # --> TODO fix group length for odd groups#Feb 03 18:50:24 log[4419]: warning: No transfer syntax found
89 #Feb 03 18:50:24 log[4419]: warning: Tag with uneven length
90 #Feb 03 18:50:24 log[4419]: error: No images found
91  
92 gdcmCxxTests testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 x;
93 gdcmCxxTests  PrintHeader newACR1000.nema.XDCM 2;
94 vtkgdcmViewer MR-MONO2-12-an2.acr2.XDCM;
95 xmedcon MR-MONO2-12-an2.acr2.XDCM; # OK warning: Incorrect OB value representation
96
97 gdcmCxxTests testWrite newACR1000.nema x;          # == gdcmMR-SIEMENS-16.acr2
98 gdcmCxxTests  PrintHeader newACR1000.nema.XDCM; #OK
99 vtkgdcmViewer newACR1000.nema.XDCM; #OK
100 xmedcon newACR1000.nema.XDCM; # breaks : no image found
101
102 gdcmCxxTests testWrite oldACR00001.ima x;          # == gdcm-MR-SIEMENS.16.acr1
103 gdcmCxxTests  PrintHeader oldACR00001.ima.XDCM; # OK
104 vtkgdcmViewer oldACR00001.ima.XDCM; #OK
105 xmedcon oldACR00001.ima.XDCM; # breaks : no image found
106  
107 gdcmCxxTests testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm x;
108 vtkgdcmViewer OT-MONO2-8-a7.dcm.XDCM;        #OK
109 xmedcon OT-MONO2-8-a7.dcm.XDCM ; #OK
110  
111 #No Samples Per Pixel
112 #--------------------
113 gdcmCxxTests testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm x;
114 affim filein=gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm;
115 gdcmCxxTests  PrintHeader  gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.XDCM 2; # OK
116 vtkgdcmViewer gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.XDCM;              #OK
117 xmedcon gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.XDCM         #OK
118
119 #Unnormalized Rectangular LibIDO format image
120 #--------------------------------------------
121 gdcmCxxTests testWrite gdcm-ACR-LibIDO.acr x;
122 vtkgdcmViewer gdcm-ACR-LibIDO.acr.XDCM; # OK
123 xmedcon gdcm-ACR-LibIDO.acr.XDCM; #inverts x and y (of course)
124
125 #Bits Allocated =12, Bits Stored=12
126 #----------------------------------
127 #MR Philips (once upon a time in Lyon-Sud)
128 gdcmCxxTests testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 x;
129 vtkgdcmViewer MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.XDCM;       # shitty image
130 xmedcon MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.XDCM; #  pas mieux : warning: Incorrect PixelData length
131
132 #RGB
133 #---
134 gdcmCxxTests testWrite US.3405.1.dcm x;                    
135 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
136 echo "          PhotometricInterpretation=RGB";
137 vtkgdcmViewer US.3405.1.dcm.XDCM; #OK
138 xmedcon US.3405.1.dcm.XDCM; #OK
139
140 #      -------------------------------------------  KING SIZE SOUCY !! 
141
142 gdcmCxxTests testWrite OT-PAL-8-face.dcm x;
143 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1";
144 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
145 gdcmCxxTests  PrintHeaderOT-PAL-8-face.dcm.XDCM; OK
146 affimdcm filein=OT-PAL-8-face.dcm.XDCM; #OK
147 vtkgdcmViewer OT-PAL-8-face.dcm.XDCM;               #   seg fault .!?
148 xmedcon OT-PAL-8-face.dcm.XDCM; #OK
149
150 gdcmCxxTests testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm x;
151 vtkgdcmViewer 8BitsUncompressedColor.dcm.XDCM;        #   seg fault .!?
152 xmedcon 8BitsUncompressedColor.dcm.XDCM ; #OK
153
154 # Implicit VR - Little Endian
155 #-----------------------------
156
157 gdcmCxxTests testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm x;
158  xmedcon CT-MONO2-16-ankle.dcm.XDCM; #ok
159  vtkgdcmViewer CT-MONO2-16-ankle.dcm.XDCM; #ok
160  gdcmCxxTests  PrintHeader  CT-MONO2-16-ankle.dcm 2; #ok
161
162 gdcmCxxTests testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm x;
163 vtkgdcmViewer CT-MONO2-16-ort.dcm.XDCM;  #OK
164 xmedcon CT-MONO2-16-ort.dcm.XDCM;  #OK
165
166
167 gdcmCxxTests testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm x;
168 vtkgdcmViewer CT-MONO2-8-abdo.dcm.XDCM; #OK
169 xmedcon CT-MONO2-8-abdo.dcm.XDCM; #OK
170
171 gdcmCxxTests testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm x;
172 gdcmCxxTests  PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.XDCM 2; #OK
173 vtkgdcmViewer gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.XDCM; # OK
174 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.XDCM; # error: No images found
175 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm; # OK with original image
176
177 gdcmCxxTests testWrite MR-MONO2-16-head.dcm x;
178 vtkgdcmViewer MR-MONO2-16-head.dcm.XDCM;  #OK
179 xmedcon MR-MONO2-16-head.dcm.XDCM;  #OK
180
181 gdcmCxxTests testWrite multiframe1Integris.dcm x;
182 gdcmCxxTests  PrintHeader CT-MONO2-8-abdo.dcm.XDCM 2; #OK
183 vtkgdcmViewer multiframe1Integris.dcm.XDCM; #OK
184 xmedcon multiframe1Integris.dcm.XDCM; #breaks No images found
185 xmedcon multiframe1Integris.dcm;
186  
187 gdcmCxxTests testWrite multiframe2GE.dcm x;
188 vtkgdcmViewer multiframe2GE.dcm.XDCM; #OK
189 #breaks xmedcon
190 xmedcon multiframe2GE.dcm.XDCM; #breaks No images found
191
192 vtkgdcmViewer irmPhlipsNew1.dcm;
193 gdcmCxxTests testWrite irmPhlipsNew1.dcm x; # == gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
194 vtkgdcmViewer irmPhlipsNew1.dcm.XDCM;     #OK
195 xmedcon irmPhlipsNew1.dcm.XDCM; #breaks : No images found
196
197 #avec imagette (icone)
198
199 vtkgdcmViewer icone.dcm;   #OK
200 gdcmCxxTests  PrintHeader icone.dcm 2 | grep fffe;
201 echo "so many 0xfffe ! (274)"
202
203 gdcmCxxTests testWrite icone.dcm x;
204 xmedcon icone.dcm; #original image OK
205 gdcmCxxTests  PrintHeader icone.dcm.XDCM 2;
206 #gdcmCxxTests  PrintHeader OK; vtkgdcmViewer OK; breaks xmedcom  
207 vtkgdcmViewer icone.dcm.XDCM; #   shitty image        --> TODO : FIX (once again)icon pb
208 xmedcon icone.dcm.XDCM; #breaks
209
210 #Palette
211
212 # ???
213 # 8 Bits  ?
214 # 16 Bits ?
215
216 #Explicit VR - Little Endian
217 #----------------------------
218 gdcmCxxTests testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm x;
219 vtkgdcmViewer CT-MONO2-16-brain.dcm.XDCM;       #OK
220 xmedcon CT-MONO2-16-brain.dcm.XDCM; #OK
221
222 gdcmCxxTests  PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm 2;
223 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm #OK :Skip PHILIPS premature item bug
224 vtkgdcmViewer gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm; #OK
225 gdcmCxxTests testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm x;
226 gdcmCxxTests  PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.XDCM 2; #pixel group missing??!?
227 #vtkgdcmViewer gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.XDCM;            #shitty image, ofcourse
228 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.XDCM;       #  works ?!?
229 vtkgdcmViewer gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.XDCM;
230
231
232 gdcmCxxTests testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm x;
233 vtkgdcmViewer gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.XDCM; #OK
234 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.XDCM; #OK warning: Incorrect sequence length
235
236 gdcmCxxTests testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm x;  #multiframe # equals to ???
237 vtkgdcmViewer MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.XDCM;       #OK
238 xmedcon MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.XDCM; #OK
239
240 gdcmCxxTests testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm x;  #multiframe
241 vtkgdcmViewer NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.XDCM;       #OK
242 xmedcon NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.XDCM; #OK
243
244 gdcmCxxTests testWrite sonataMonaco.dcm x;
245 vtkgdcmViewer sonataMonaco.dcm.XDCM;       #OK
246 xmedcon sonataMonaco.dcm.XDCM; #OK
247
248 #MultiFrame
249 gdcmCxxTests testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm x;
250 gdcmCxxTests  PrintHeader US-MONO2-8-8x-execho.dcm.XDCM;  
251 vtkgdcmViewer US-MONO2-8-8x-execho.dcm.XDCM;       # OK
252 xmedcon US-MONO2-8-8x-execho.dcm.XDCM; #OK
253
254 #RGB
255
256 gdcmCxxTests testWrite US-RGB-8-epicard.dcm x;
257 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1";
258 echo "         PhotometricInterpretation=RGB";
259 vtkgdcmViewer US-RGB-8-epicard.dcm.XDCM; #OK
260 xmedcon US-RGB-8-epicard.dcm.XDCM; #OK
261
262 gdcmCxxTests testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm x;
263 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0";
264 echo "         PhotometricInterpretation=RGB",
265 xmedcon US-RGB-8-esopecho.dcm.XDCM; #OK
266
267 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
268 #--------------------------------------------------------------------------
269 # (JPEG Lossless)
270
271 gdcmCxxTests testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm x;
272 vtkgdcmViewer CT-MONO2-16-chest.dcm.XDCM; #OK
273 xmedcon CT-MONO2-16-chest.dcm.XDCM; #OK
274
275 gdcmCxxTests testWrite 012345.002.050.dcm x;
276 vtkgdcmViewer 012345.002.050.dcm.XDCM; #OK
277 xmedcon 012345.002.050.dcm.XDCM; #OK
278
279 gdcmCxxTests testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm x;
280 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM ; #OK
281 xmedcon gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM;  #OK
282
283 gdcmCxxTests testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm x;
284 vtkgdcmViewer XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.XDCM; #OK
285 gdcmCxxTests  PrintHeader XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.XDCM 2;
286 xmedcon XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.XDCM; #OK
287
288 gdcmCxxTests testWrite xa_integris.dcm x;
289 echo "a lot of fragments expected here";
290 vtkgdcmViewer xa_integris.dcm.XDCM #OK
291 xmedcon xa_integris.dcm.XDCM #OK
292
293 gdcmCxxTests testWrite 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm x;
294 vtkgdcmViewer 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.XDCM #OK
295 xmedcon 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.XDCM #OK
296
297 #comming from GE dlx via VTServer
298 vtkgdcmViewer I9000001.dcm;
299 gdcmCxxTests testWrite I9000001.dcm x;
300 gdcmCxxTests  PrintHeader I9000001.dcm.XDCM 2; # pixel group NOT FOUND ??!?? 
301 #black image 
302 vtkgdcmViewer I9000001.dcm.XDCM; 
303 #no image found
304 xmedcon I9000001.dcm.XDCM;
305
306 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
307 #-----------------------------
308 gdcmCxxTests testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm x;
309 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-Extended.dcm.XDCM; #OK
310 xmedcon gdcm-JPEG-Extended.dcm.XDCM; #OK
311
312 gdcmCxxTests testWrite jpeglossy1.dcm x;
313 vtkgdcmViewer jpeglossy1.dcm.XDCM #OK
314 xmedcon jpeglossy1.dcm.XDCM #OK
315
316 #JPEG Baseline (Process 14)
317 #--------------------------
318 gdcmCxxTests testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm x; 
319 vtkgdcmViewer  MR-MONO2-12-shoulder.dcm.XDCM; #OK
320 xmedcon MR-MONO2-12-shoulder.dcm.XDCM; #OK
321
322
323 #fichier format ecat.
324 #gdcmCxxTests testWrite imageEcat.ecat r
325
326 #JPEG Lossy 8 bits 
327 #=================
328 #JPEG Baseline (Process 1)
329 #-------------------------
330 # Bracco Files
331 gdcmCxxTests testWrite US.1.2.dcm x;
332 echo "expected : A lot of Fragments (40), nb Frames = 40 ;-)";
333 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0";
334 echo "          PhotometricInterpretation=YBR_FULL_422";
335 vtkgdcmViewer US.1.2.dcm.XDCM;  #OK
336 xmedcon US.1.2.dcm.XDCM;  #OK
337
338 #Sequoia Acusson U11
339 gdcmCxxTests testWrite CLIP0001-Sequoia-U11.dcm x;
340 vtkgdcmViewer CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.XDCM; #OK
341 xmedcon CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.XDCM; #OK
342
343 #RLE Lossless
344 #-------------
345 gdcmCxxTests testWrite canadaAloka.dcm x;
346 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1";
347 echo "         PlanarConfiguration=0 PhotometricInterpretation=MONOCHROME2";
348 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1";
349 vtkgdcmViewer canadaAloka.dcm.XDCM; # OK
350 xmedcon canadaAloka.dcm.XDCM; #OK
351
352 gdcmCxxTests testWrite jpeglossy1.dcm x; # equal to ???
353 vtkgdcmViewer jpeglossy1.dcm.XDCM; #OK
354 xmedcon jpeglossy1.dcm.XDCM; #OK
355
356 gdcmCxxTests testWrite FMAG0001.dcm x; 
357 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3";
358 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL";
359 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1";
360 vtkgdcmViewer FMAG0001.dcm.XDCM; #OK
361 xmedcon FMAG0001.dcm.XDCM; #OK
362
363 vtkgdcmViewer QMAG0001.dcm; #OK
364 xmedcon QMAG0001.dcm; #original breaks xmedcon
365                       #warning: Unknown PhotometricInterpretation
366 gdcmCxxTests testWrite QMAG0001.dcm x; 
367 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3";
368 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL";
369 vtkgdcmViewer QMAG0001.dcm.XDCM; #OK
370 xmedcon QMAG0001.dcm.XDCM; #OK
371
372 gdcmCxxTests testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm x;
373 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
374 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
375 echo "         nb Frames (DIMZ): 10";
376 echo "expected : Parsing 10 'single fragment' Segments";
377 echo "           Reading 10 'single fragment' Segments (ouf!)";
378 vtkgdcmViewer US-PAL-8-10x-echo.dcm.XDCM; #                       SEG FAULT
379 xmedcon US-PAL-8-10x-echo.dcm.XDCM; #OK
380
381 gdcmCxxTests testWrite 8BitsRunLengthGrayScale.dcm x;
382 echo "expected : correct Gray image";
383 vtkgdcmViewer 8BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM; #OK
384 xmedcon 8BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM; #OK
385
386 gdcmCxxTests testWrite 8BitsRunLengthColor.dcm x;
387 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=2";
388 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
389 vtkgdcmViewer 8BitsRunLengthColor.dcm.XDCM;  #             SEG FAULT
390 echo "WAS expected correct color image";
391 xmedcon 8BitsRunLengthColor.dcm.XDCM;  #OK
392
393 #RLE 16 bits --> Try to find some more images
394
395 gdcmCxxTests testWrite 16BitsRunLengthGrayScale.dcm x;
396 echo "expected pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
397 echo "         PhotometricInterpretation=MONOCHROME2";
398 vtkgdcmViewer 16BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM;
399 xmedcon 16BitsRunLengthGrayScale.dcm.XDCM; #OK
400
401 #Were supposed to be bugged
402 #--------------------------
403 #(break xmedcon)
404 xmedcon 00191113.dcm; #No images found
405 gdcmCxxTests testWrite 00191113.dcm x;
406 vtkgdcmViewer 00191113.dcm.XDCM; #OK
407 xmedcon 00191113.dcm.XDCM; #OK
408
409 xmedcon DermaColorLossLess.dcm; #breaks xmedcon : No images found
410 gdcmCxxTests testWrite DermaColorLossLess.dcm x;
411 xmedcon DermaColorLossLess.dcm.XDCM; #breaks xmedcon 
412 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: Tag with uneven length
413 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: No transfer syntax found
414 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: error: No images found
415 vtkgdcmViewer DermaColorLossLess.dcm.XDCM #OK
416
417 #Original breaks xmedcon, affimdcm complian ?!
418 affimdcm filein=RadBWLossLess.dcm; #OK
419 vtkgdcmViewer RadBWLossLess.dcm; #OK
420 xmedcon RadBWLossLess.dcm; # breaks :error: No images found
421 gdcmCxxTests testWrite RadBWLossLess.dcm x;
422 vtkgdcmViewer RadBWLossLess.dcm.XDCM; #OK
423 xmedcon RadBWLossLess.dcm.XDCM; #error: No images found
424
425 #Known as BUGGED !
426 #----------------
427
428 #Rectangular old 24 Bits image
429 vtkgdcmViewer gdcm-RGB-LibIDORect.acr; # OK
430 gdcmCxxTests testWrite gdcm-RGB-LibIDORect.acr x;
431 vtkgdcmViewer gdcm-RGB-LibIDORect.acr.XDCM;
432 xmedcon gdcm-RGB-LibIDORect.acr.XDCM; # breaks : large Bit Allocated (24)
433 #TODO transform '24 bit images' into 8 bits + samples per pixel = 3
434
435 #MR GE GENESIS_SIGNA Palo Alto
436 gdcmCxxTests testWrite DicomSampleNastyGEImage.dcm x;
437 echo " expected : warning uneven length (13) for 0008|103e";
438 vtkgdcmViewer DicomSampleNastyGEImage.dcm.XDCM; #OK
439 xmedcon DicomSampleNastyGEImage.dcm.XDCM; #OK
440
441 #MR Philips NTSCAN Hop. Neuro Lyon
442 gdcmCxxTests  PrintHeader philipsMR-lossy.ima #OK
443 xmedcon philipsMR-lossy.ima;    #original breaks xmedcon
444 vtkgdcmViewer philipsMR-lossy.ima;          #Original OK
445 gdcmCxxTests testWrite philipsMR-lossy.ima x; 
446 echo "WAS expected : 'Bogus Huffman table definition' on philipsMR-lossy.ima";
447 echo "IS  expected : 'JERR_BAD_HUFF_TABLE sym 16 (>15)' but the show goes on";
448 vtkgdcmViewer philipsMR-lossy.ima.XDCM;  #      BLACK IMAGE
449 xmedcon philipsMR-lossy.ima.XDCM; #OK
450
451 #CT Siemens Hop. Salengro Lille
452 gdcmCxxTests testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm x;
453 echo "expected : wrong sequence delimiter (b00c,0eb6) at end of pixels";
454 echo "xmedcon says 'error: Unexpected end of file'";
455 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM;  #OK; needs 'R' for display   
456 xmedcon gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.XDCM; #OK
457
458 #CR Philips Thoravision Hop Cardio Lyon
459 affimdcm filein=gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm; # OK, wrong image as usual
460 xmedcon gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm;        #original seg faults xmedcon
461 gdcmCxxTests testWrite gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm x; #breaks ; 
462 echo "expected : 147 fragments,length : 29860 + 145*32760 + 14416";
463 echo "breaks xmedcom, breaks e-film";
464 echo "WAS expected : hashed image -with jLBJpeg-";
465 echo "IS  expected : Seg Fault";
466 xmedcon gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm.XDCM; # NOT CHECKED
467
468 #MR Picker ST. ANTHONY HOSPITAL
469 gdcmCxxTests testWrite MR.6799.1.dcm x;  #equal to ???
470 echo "OK; DICOM Image with NO Preamble";
471 vtkgdcmViewer MR.6799.1.dcm.XDCM; #OK
472 xmedcon MR.6799.1.dcm.XDCM; #OK
473
474 #Segmented Palette Color LUT Data
475 xmedcon gdcm-US-ALOKA-16.dcm; #breaks # Missing CLUT
476 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm3; #OK
477 gdcmCxxTests testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm x;                             
478 echo "expected  pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
479 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
480 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account";
481 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
482 echo "breaks xmedcom";
483 echo "breaks vtkgdcmViewer (bad result : 24 bits expected; 16 found in Pixels area)";
484 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm.XDCM; #OK
485 xmedcon gdcm-US-ALOKA-16.dcm.XDCM; #breaks
486 #Feb 03 13:40:19 log[26999]: error: Missing CLUT
487 #Feb 03 13:40:19 log[26999]: error: No images found
488
489 # bugged Siemens 'Leonardo' image
490 gdcmCxxTests testWrite 8078283Leonardo.dcm x;
491 xmedcon 8078283Leonardo.dcm.XDCM; #OK
492
493 #CT McTwin Elscint C.H.R.U  LILLE  C.HURIEZ
494  xmedcon MxTwinLossLess.dcm; #breaks No images found
495  vtkgdcmViewer MxTwinLossLess.dcm; #OK
496  gdcmCxxTests testWrite MxTwinLossLess.dcm x;
497  vtkgdcmViewer MxTwinLossLess.dcm.XDCM;  #OK
498  xmedcon MxTwinLossLess.dcm.XDCM #breaks
499
500 # MRI image from VPRO burned CD
501 vtkgdcmViewer mriThruVPRO.dcm;                               # Tasteless SHIT
502 xmedcon mriThruVPRO.dcm;                         # pas mieux
503 gdcmCxxTests testWrite mriThruVPRO.dcm x;
504 vtkgdcmViewer mriThruVPRO.dcm.XDCM; 
505 echo "expected : tasteless SHIT !"
506 echo "breaks Siemens Leonardo viewer . JPEG encoding is bugged?"
507
508 # gdcm made Theralys image
509 # due to H table, a SeQuence is tagged with 0 length
510 # when using gdcmFile::WriteDcmXXX
511 xmedcon fromTheralys.dcm; # Original breaks xmedcon
512 gdcmCxxTests testWrite fromTheralys.dcm x;
513 vtkgdcmViewer fromTheralys.dcm.XDCM; # OK 
514 xmedcon fromTheralys.dcm.XDCM; # OK