checkWriteImplicit.sh

   1 # Check READ
   2 #-----------
   3 #
   4 # We just write DCM Files and AFFIM them
   5 # to be sure the writting was OK
   6 #
   7 # Sebastien Barre's files have no interest here, since the header is
   8 # a *very clean* ACR-NEMA
   9 # Our pb come from DICOM V3, with SQ, shadow groups, etc.
  10
  11
  12 #No Swap Info
  13 #------------
  14 testWrite mr176621.dcm d;
  15 #gdcmParser::CheckSwap: ACR/NEMA unfound swap info (time to raise bets)
  16 PrintHeader mr176621.dcm.DCM 2;  .
  17 v mr176621.dcm.DCM; #OK
  18 xmedcon mr176621.dcm.DCM; #OK
  19
  20 # No Transfert Syntax
  21 #--------------------
  22
  23 #Big Endian
  24 testWrite cr172241.dcm r;                                  # Big Soucy !!
  25 affim filein=cr172241.dcm.RAW nbit=16  DIMX=1792 DIMY=2392;  #OK
  26 PrintHeader cr172241.dcm 2;  #OK
  27 v cr172241.dcm;   # breaks (white image)   WHITE IMAGE ?!?
  28 xmedcon cr172241.dcm;  # OK
  29 #--
  30 testWrite cr172241.dcm d;
  31 PrintHeader cr172241.dcm.DCM 2; #OK
  32 v cr172241.dcm.DCM;       # breaks ?!?
  33 xmedcon cr172241.dcm.DCM;  # OK
  34
  35 testWrite cr_45031.dcm d;
  36 v cr_45031.dcm.DCM; #OK
  37 xmedcon  cr_45031.dcm.DCM;   #OK
  38
  39 testWrite CR-MONO1-10-chest.dcm d;
  40 PrintHeader CR-MONO1-10-chest.dcm.DCM 2; #OK
  41 xmedcon CR-MONO1-10-chest.dcm.DCM; #OK
  42
  43 testWrite CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2 d;
  44 PrintHeader CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.DCM 2; # OK
  45 v CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.DCM; #OK
  46 xmedcon CT-MONO2-12-lomb-an2.acr2.DCM; #OK
  47
  48 PrintHeader gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1; #OK
  49 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1 d;
  50 PrintHeader gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.DCM 2 ;
  51 v  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.DCM;
  52 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1.DCM; #breaks error: No images found
  53 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr1; # OK
  54
  55 testWrite gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2 d;
  56 PrintHeader  gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.DCM 2;
  57 v gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.DCM; #OK
  58 xmedcon gdcm-MR-SIEMENS-16.acr2.DCM; #breaks
  59 #Feb 03 18:50:24 log[4419]: warning: No transfer syntax found
  60 #Feb 03 18:50:24 log[4419]: warning: Tag with uneven length
  61 #Feb 03 18:50:24 log[4419]: error: No images found
  62
  63 testWrite MR-MONO2-12-an2.acr2 d;
  64 PrintHeader newACR1000.nema.DCM 2;
  65 xmedcon MR-MONO2-12-an2.acr2.DCM; # NOT CHECKED
  66
  67 testWrite newACR1000.nema d;          # == gdcmMR-SIEMENS-16.acr2
  68 PrintHeader newACR1000.nema.DCM; #OK
  69 v newACR1000.nema.DCM; #OK
  70 xmedcon newACR1000.nema.DCM; # breaks : no image found
  71
  72 testWrite oldACR00001.ima d;          # == gdcm-MR-SIEMENS.16.acr1
  73 PrintHeader oldACR00001.ima.DCM; # OK
  74 v oldACR00001.ima.DCM; #OK
  75 xmedcon oldACR00001.ima.DCM; # breaks : no image found
  76
  77 testWrite OT-MONO2-8-a7.dcm d;
  78 xmedcon OT-MONO2-8-a7.dcm.DCM 2; #ok
  79
  80 #No Samples Per Pixel
  81 #--------------------
  82 testWrite gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm d;
  83 affim filein=gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm;
  84 PrintHeader  gdcm-CR-DCMTK-16-NonSamplePerPix.dcm.DCM 2; # OK
  85
  86 #Unnormalized Rectangular LibIDO format image
  87 #--------------------------------------------
  88 testWrite gdcm-ACR-LibIDO.acr d;
  89 v gdcm-ACR-LibIDO.acr.DCM;
  90 xmedcon gdcm-ACR-LibIDO.acr.DCM;
  91
  92 #Bits Allocated =12, Bits Stored=12
  93 #----------------------------------
  94 #MR Philips (once upon a time in Lyon-Sud)
  95 testWrite MR-MONO2-12-angio-an1.acr1 d;
  96 v MR-MONO2-12-angio-an1.acr1.DCM;                               # shitty image
  97 xmedcon R-MONO2-12-angio-an1.acr1.DCM;#pas mieux : warning: Incorrect PixelData length
  98
  99 #RGB
 100 #---
 101 testWrite US.3405.1.dcm d;
 102 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
 103 echo "          PhotometricInterpretation=RGB";
 104 xmedcon US.3405.1.dcm.DCM; #OK
 105
 106 testWrite OT-PAL-8-face.dcm d;
 107 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1";
 108 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
 109 xmedcon OT-PAL-8-face.dcm.DCM; #OK
 110
 111 testWrite 8BitsUncompressedColor.dcm d;
 112 xmedcon 8BitsUncompressedColor.dcm.DCM ; #OK
 113
 114 # Implicit VR - Little Endian
 115 #-----------------------------
 116
 117 testWrite CT-MONO2-16-ankle.dcm d;
 118  xmedcon CT-MONO2-16-ankle.dcm.DCM; #ok
 119  PrintHeader  CT-MONO2-16-ankle.dcm 2; #ok
 120
 121 testWrite CT-MONO2-16-ort.dcm d;
 122 xmedcon CT-MONO2-16-ort.dcm.DCM;  #OK
 123 PrintHeader CT-MONO2-16-ort.dcm.DCM 2; #ok
 124
 125 testWrite CT-MONO2-8-abdo.dcm d;
 126 xmedcon CT-MONO2-8-abdo.dcm.DCM; #OK
 127
 128 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm d;
 129 PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.DCM 2; #OK
 130 v gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.DCM; # OK
 131 xmedcom gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm.DCM; # error: No images found
 132 xmedcom gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm; # OK with original image
 133
 134 testWrite MR-MONO2-16-head.dcm d;
 135 xmedcon MR-MONO2-16-head.dcm.DCM;  #OK
 136
 137 testWrite multiframe1Integris.dcm d;
 138 PrintHeader CT-MONO2-8-abdo.dcm.DCM 2; #OK
 139 v multiframe1Integris.dcm.DCM; #OK
 140 xmedcon multiframe1Integris.dcm.DCM; #breaks No images found
 141
 142 testWrite multiframe2GE.dcm d;
 143 v multiframe2GE.dcm.DCM; #OK
 144 #breaks xmedcon
 145 xmedcon multiframe2GE.dcm.DCM; #breaks No images found
 146
 147 v irmPhlipsNew1.dcm;
 148 testWrite irmPhlipsNew1.dcm d; # == gdcm-MR-PHILIPS-16.dcm
 149 v irmPhlipsNew1.dcm.DCM;                                        # black image
 150 xmedcon irmPhlipsNew1.dcm.DCM; #breaks
 151
 152 #avec imagette (icone)
 153
 154 testWrite icone.dcm d;
 155 PrintHeader icone.dcm.DCM 2;
 156 #PrintHeader OK; v OK; breaks xmedcom
 157 v icone.dcm.DCM;
 158 xmedcon icone.dcm.DCM; #breaks
 159
 160 #Palette
 161
 162 # ???
 163 # 8 Bits  ?
 164 # 16 Bits ?
 165
 166 #Explicit VR - Little Endian
 167 #----------------------------
 168 testWrite CT-MONO2-16-brain.dcm d;
 169 xmedcon CT-MONO2-16-brain.dcm.DCM; #OK
 170
 171 PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm 2;
 172 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm #OK :Skip PHILIPS premature item bug
 173 v gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm; #OK
 174 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm d;
 175 PrintHeader gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.DCM 2;   #pixel group missing ?!?
 176 v gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.DCM;                #NOT CHECKED
 177 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.DCM; #breaks
 178
 179 testWrite gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm d;
 180 v gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.DCM; #OK
 181 xmedcon gdcm-MR-PHILIPS-16-NonRectPix.dcm.DCM; #OK
 182
 183 testWrite MR-MONO2-8-16x-heart.dcm d; #multiframe
 184 v MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.DCM; #OK
 185 xmedcon MR-MONO2-8-16x-heart.dcm.DCM; #OK
 186
 187 testWrite NM-MONO2-16-13x-heart.dcm d;  #multiframe
 188 xmedcon NM-MONO2-16-13x-heart.dcm.DCM; #OK
 189
 190 testWrite sonataMonaco.dcm d;
 191 xmedcon sonataMonaco.dcm.DCM; #OK
 192
 193 #MultiFrame
 194 testWrite US-MONO2-8-8x-execho.dcm d;
 195 PrintHeader US-MONO2-8-8x-execho.dcm.DCM;
 196 xmedcon US-MONO2-8-8x-execho.dcm.DCM; #OK
 197
 198 #RGB
 199
 200 testWrite US-RGB-8-epicard.dcm d;
 201 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=1";
 202 echo "         PhotometricInterpretation=RGB";
 203  xmedcon US-RGB-8-epicard.dcm.DCM; #OK
 204
 205 testWrite US-RGB-8-esopecho.dcm d;
 206 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0";
 207 echo "         PhotometricInterpretation=RGB",
 208 xmedcon US-RGB-8-esopecho.dcm.DCM; #OK
 209
 210 # Non-Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14 [Selection Value 1])
 211 #--------------------------------------------------------------------------
 212 # (JPEG Lossless)
 213
 214 testWrite CT-MONO2-16-chest.dcm d;
 215 xmedcon CT-MONO2-16-chest.dcm.DCM; #OK
 216
 217 testWrite 012345.002.050.dcm d;
 218 xmedcon 012345.002.050.dcm.DCM; #OK
 219
 220 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm d;
 221 PrintHeader gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.DCM 2;
 222 xmedcon gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.DCM;  #OK
 223
 224 testWrite XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm d;
 225 PrintHeader XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM 2;
 226 xmedcon XA-MONO2-8-12x-catheter.dcm.DCM; #OK
 227
 228 testWrite xa_integris.dcm d;
 229 echo "a lot of fragments expected here";
 230 xmedcon xa_integris.dcm.DCM #OK
 231
 232 testWrite 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm d;
 233 xmedcon 16BitsJpegLosslessGrayScale.dcm.DCM #OK
 234
 235 #comming from GE dlx via VTServer
 236 v I9000001.dcm;
 237 testWrite I9000001.dcm d;
 238 PrintHeader I9000001.dcm.DCM 2;
 239 #black image
 240 v I9000001.dcm.DCM;
 241 #no image found
 242 xmedcon I9000001.dcm.DCM;
 243
 244 #JPEG Extended (Process 2 & 4) // 16 bits
 245 #-----------------------------
 246 testWrite gdcm-JPEG-Extended.dcm d;
 247 xmedcon gdcm-JPEG-Extended.dcm.DCM; #OK
 248
 249 testWrite jpeglossy1.dcm d;
 250 xmedcon jpeglossy1.dcm.DCM #OK
 251
 252 #JPEG Baseline (Process 14)
 253 #--------------------------
 254 testWrite MR-MONO2-12-shoulder.dcm d;
 255 xmedcon MR-MONO2-12-shoulder.dcm.DCM; #OK
 256
 257
 258 #fichier format ecat.
 259 #testWrite imageEcat.ecat r
 260
 261 #JPEG Lossy 8 bits
 262 #=================
 263 #JPEG Baseline (Process 1)
 264 #-------------------------
 265 # Bracco Files
 266 testWrite US.1.2.dcm d;
 267 echo "expected : A lot of Fragments (40), nb Frames = 40 ;-)";
 268 echo "expected  pixelType=8U SamplesPerPixel=3 PlanarConfiguration=0";
 269 echo "          PhotometricInterpretation=YBR_FULL_422";
 270 xmedcon US.1.2.dcm.DCM;  #OK
 271
 272 #Sequoia Acusson U11
 273 testWrite CLIP0001-Sequoia-U11.dcm d;
 274 xmedcon CLIP0001-Sequoia-U11.dcm.DCM; #OK
 275
 276 #RLE Lossless
 277 #-------------
 278 testWrite canadaAloka.dcm d;
 279 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1";
 280 echo "         PlanarConfiguration=0 PhotometricInterpretation=MONOCHROME2";
 281 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1";
 282 xmedcon canadaAloka.dcm.DCM;
 283
 284 testWrite jpeglossy1.dcm d;
 285  xmecon jpeglossy1.dcm.DCM; #OK
 286
 287 testWrite FMAG0001.dcm d;
 288 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3";
 289 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL";
 290 echo "         nb Frames (DIMZ) : 1";
 291 xmedcon FMAG0001.dcm.DCM; #OK
 292
 293 v QMAG0001.dcm; #OK
 294 xmedcon QMAG0001.dcm; #original breaks xmedcon
 295 testWrite QMAG0001.dcm d;
 296 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=3";
 297 echo "         PlanarConfiguration=1 PhotometricInterpretation=YBR_FULL";
 298 v QMAG0001.dcm.DCM; #OK
 299 xmedcon QMAG0001.dcm.DCM; #OK
 300
 301 testWrite US-PAL-8-10x-echo.dcm d;
 302 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
 303 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
 304 echo "         nb Frames (DIMZ): 10";
 305 echo "expected : Parsing 10 'single fragment' Segments";
 306 echo "           Reading 10 'single fragment' Segments (ouf!)";
 307 xmedcon US-PAL-8-10x-echo.dcm.DCM; #OK
 308
 309 testWrite 8BitsRunLengthGrayScale.dcm d;
 310 echo "expected : correct Gray image";
 311 xmedcon 8BitsRunLengthGrayScale.dcm.DCM; #OK
 312
 313 testWrite 8BitsRunLengthColor.dcm d;
 314 echo "expected pixelType=8U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=2";
 315 echo "         PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
 316 echo "expected correct color image";
 317 xmedcon 8BitsRunLengthColor.dcm.DCM;  #OK
 318
 319 #RLE 16 bits --> Try to find some more images
 320
 321 testWrite 16BitsRunLengthGrayScale.dcm d;
 322 echo "expected pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
 323 echo "         PhotometricInterpretation=MONOCHROME2";
 324 xmedcon 16BitsRunLengthGrayScale.dcm.DCM; #OK
 325
 326 #Were supposed to be bugged
 327 #--------------------------
 328 #(break xmedcon)
 329  xmedcon 00191113.dcm; #No images found
 330 testWrite 00191113.dcm d;
 331 xmedcon 00191113.dcm.DCM; #OK
 332
 333 xmedcon DermaColorLossLess.dcm; #breaks xmedcon : No images found
 334 testWrite DermaColorLossLess.dcm d;
 335 xmedcon DermaColorLossLess.dcm.DCM; #breaks xmedcon
 336 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: Tag with uneven length
 337 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: warning: No transfer syntax found
 338 #Feb 02 19:33:16 log[2619]: error: No images found
 339 v DermaColorLossLess.dcm.DCM #OK
 340
 341 #Original breaks xmedcon, affimdcm complian ?!
 342 affimdcm filein=RadBWLossLess.dcm; #OK
 343 v RadBWLossLess.dcm; #OK
 344 xmedcon RadBWLossLess.dcm; # breaks :error: No images found
 345 testWrite RadBWLossLess.dcm d;
 346 v RadBWLossLess.dcm.DCM; #OK
 347 xmedcon RadBWLossLess.dcm.DCM; #error: No images found
 348
 349 #Known as BUGGED !
 350 #----------------
 351
 352 #Rectangular old 24 Bits image
 353 testWrite gdcm-RGB-LibIDORect.acr d;
 354 v gdcm-RGB-LibIDORect.acr.DCM;
 355 xmedcon gdcm-RGB-LibIDORect.acr.DCM; # breaks : large Bit Allocated (24)
 356 #TODO transform '24 bit images' into 8 bits + samples per pixel = 3
 357
 358 #MR GE GENESIS_SIGNA Palo Alto
 359 testWrite DicomSampleNastyGEImage.dcm d;
 360 echo " expected : warning uneven length (13) for 0008|103e";
 361 xmedcon DicomSampleNastyGEImage.dcm.DCM; #OK
 362
 363 #MR Philips NTSCAN Hop. Neuro Lyon
 364 PrintHeader philipsMR-lossy.ima #OK
 365 xmedcon philipsMR-lossy.ima; #original breaks xmedcon
 366 v philipsMR-lossy.ima; #Original OK
 367 testWrite philipsMR-lossy.ima d;
 368 echo "WAS expected : 'Bogus Huffman table definition' on philipsMR-lossy.ima";
 369 echo "IS  expected : 'JERR_BAD_HUFF_TABLE sym 16 (>15)' but the show goes on";
 370 v philipsMR-lossy.ima.DCM;  #OK
 371 xmedcon philipsMR-lossy.ima.DCM; #OK
 372
 373 #CT Siemens Hop. Salengro Lille
 374 testWrite gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm d;
 375 echo "expected : wrong sequence delimiter (b00c,0eb6) at end of pixels";
 376 echo "xmedcon says 'error: Unexpected end of file'";
 377 vtkgdcmViewer gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.DCM;  #OK; needs 'R' for display
 378 xmedcon gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm.DCM; #OK
 379
 380 #CR Philips Thoravision Hop Cardio Lyon
 381 affimdcm filein=gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm; # OK, wrong image as usual
 382 xmedcon gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm;        #original seg faults xmedcon
 383 testWrite gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm d; #breaks ;
 384 echo "expected : 147 fragments,length : 29860 + 145*32760 + 14416";
 385 echo "breaks xmedcom, breaks e-film";
 386 echo "WAS expected : hashed image -with jLBJpeg-";
 387 echo "IS  expected : Seg Fault";
 388 xmedcon gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm.DCM; # NOT CHECKED
 389
 390 #MR Picker ST. ANTHONY HOSPITAL
 391 testWrite MR.6799.1.dcm d;
 392 echo "OK; DICOM Image with NO Preamble";
 393 xmedcon MR.6799.1.dcm.DCM; #OK
 394
 395 #Segmented Palette Color LUT Data
 396 xmedcon gdcm-US-ALOKA-16.dcm; #breaks
 397 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm3; #OK
 398 testWrite gdcm-US-ALOKA-16.dcm d;
 399 echo "expected  pixelType=16U SamplesPerPixel=1 PlanarConfiguration=0";
 400 echo "          PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR";
 401 echo "expected : Gray image since 'Segmented xxx Palette Color LUT Data' not yet taken into account";
 402 echo "neither e-film nor DicomWorks deals with the color"
 403 echo "breaks xmedcom";
 404 echo "breaks vtkgdcmViewer (bad result : 24 bits expected; 16 found in Pixels area)";
 405 vtkgdcmViewer gdcm-US-ALOKA-16.dcm.DCM; #OK
 406 xmedcon gdcm-US-ALOKA-16.dcm.DCM; #breaks
 407 #Feb 03 13:40:19 log[26999]: error: Missing CLUT
 408 #Feb 03 13:40:19 log[26999]: error: No images found
 409
 410 # bugged Siemens 'Leonardo' image
 411 testWrite 8078283Leonardo.dcm d;
 412 xmedcon 8078283Leonardo.dcm.DCM; #OK
 413
 414 #CT McTwin Elscint C.H.R.U  LILLE  C.HURIEZ
 415  xmedcon MxTwinLossLess.dcm; #breaks
 416  v MxTwinLossLess.dcm; #OK
 417  testWrite MxTwinLossLess.dcm d;
 418  v MxTwinLossLess.dcm.DCM;  #OK
 419  xmedcon MxTwinLossLess.dcm.DCM #breaks
 420
 421 # MRI image from VPRO burned CD
 422 v mriThruVPRO.dcm;                               # Tasteless SHIT
 423 xmedcon mriThruVPRO.dcm;                         # pas mieux
 424 testWrite mriThruVPRO.dcm d;
 425 v mriThruVPRO.dcm.DCM;
 426 echo "expected : tasteless SHIT !"
 427 echo "breaks Siemens Leonardo viewer . JPEG encoding is bugged?"
 428
 429 # gdcm made Theralys image
 430 # due to H table, a SeQuence is tagged with 0 length
 431 # when using gdcmFile::WriteDcmXXX
 432 xmedcon fromTheralys.dcm; # Original breaks xmedcon
 433 testWrite fromTheralys.dcm d;
 434 v fromTheralys.dcm.DCM; # OK (unsolved Length = 13 ...)
 435 xmedcon fromTheralys.dcm.DCM; # Breaks : no image found