clitkImageStatistics.ggo

   1 #File clitkImageStatistics.ggo
   2 package "clitkImageStatistics"
   3 version "2.0"
   4 #This tool supports multiple images on the input, or even 4D, but all images must be of the same type and dimensions.
   5 purpose "Compute statistics on an image, or on part of an image specified by a mask and label(s). The tool also supports multichannel images, which is useful, e.g., for vector fields. All channels are processed (separately) by default, but only one channel may be chosen."
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   7 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   8 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
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  10 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes multiple
  11 option "channel"    c "Image channel to be used in statistics (-1 to process all channels)"  int no default="-1"
  12 option "mask"           m       "Mask image filename (uchar)"             string        no
  13 option "label"          l       "Label(s) in the mask image to consider"        int     no      multiple        default="1"
  14 option "histogram"      -       "Compute histogram, allows median calculation"  string  no
  15 option "bins"           -       "Number of histogram bins"                      int     no      default="100"
  16 option "lower"          -       "Lower histogram bound" double  no default="-1000"
  17 option "upper"          -       "Upper histogram bound" double  no default="1000"
  18
  19 option "allow_resize"           r       "Resize mask if different from input"                     flag          off