]> Creatis software - clitk.git/blob - clitkImageStatistics.ggo
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[clitk.git] / clitkImageStatistics.ggo
1 #File clitkImageStatistics.ggo
2 package "clitkImageStatistics"
3 version "2.0"
4 #This tool supports multiple images on the input, or even 4D, but all images must be of the same type and dimensions. 
5 purpose "Compute statistics on an image, or on part of an image specified by a mask and label(s). The tool also supports multichannel images, which is useful, e.g., for vector fields. All channels are processed (separately) by default, but only one channel may be chosen."
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7 option "config"         -       "Config file"                     string        no
8 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
9
10 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes multiple
11 option "channel"    c "Image channel to be used in statistics (-1 to process all channels)"  int no default="-1"
12 option "mask"           m       "Mask image filename (uchar)"             string        no
13 option "label"          l       "Label(s) in the mask image to consider"        int     no      multiple        default="1"
14 option "histogram"      -       "Compute histogram, allows median calculation"  string  no
15 option "bins"           -       "Number of histogram bins"                      int     no      default="100"
16 option "lower"          -       "Lower histogram bound" double  no default="-1000"      
17 option "upper"          -       "Upper histogram bound" double  no default="1000"               
18
19 option "allow_resize"           r       "Resize mask if different from input"                     flag          off