clitkProfileImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkProfileImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkProfileImageGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkProfileImageGenericFilter.cxx
  23  * @author Thomas Baudier <thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   22 dec 2015
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkProfileImageGenericFilter.h"
  31
  32 // itk include
  33 #include <itkLineIterator.h>
  34
  35 #include <clitkCommon.h>
  36
  37 namespace clitk
  38 {
  39
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41 ProfileImageGenericFilter::ProfileImageGenericFilter():
  42   ImageToImageGenericFilter<Self>("ProfileImage")
  43 {
  44   InitializeImageType<2>();
  45   InitializeImageType<3>();
  46   InitializeImageType<4>();
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 template<unsigned int Dim>
  53 void ProfileImageGenericFilter::InitializeImageType()
  54 {
  55   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  56 }
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61 void ProfileImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  62 {
  63   mArgsInfo=a;
  64   if (mArgsInfo.verbose_given)
  65     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  66   if (mArgsInfo.imagetypes_given && mArgsInfo.imagetypes_flag)
  67     this->PrintAvailableImageTypes();
  68
  69   if (mArgsInfo.input_given) {
  70     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  71   }
  72   if (mArgsInfo.output_given) {
  73     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  74   }
  75 }
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82 template<class InputImageType>
  83 void
  84 ProfileImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  85 {
  86
  87   // Reading input
  88   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  89   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  90   typedef typename InputImageType::IndexType IndexType;
  91   typedef itk::Image<uchar, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  92
  93   //Iterator
  94   IndexType pointBegin, pointEnd;
  95
  96   for (int i = 0; i < mArgsInfo.point1_given; ++i) {
  97     pointBegin[i] = mArgsInfo.point1_arg[i];
  98     pointEnd[i] = mArgsInfo.point2_arg[i];
  99   }
 100
 101   itk::LineConstIterator<InputImageType> itProfile(input, pointBegin, pointEnd);
 102   itProfile.GoToBegin();
 103   while (!itProfile.IsAtEnd())
 104   {
 105
 106     ++itProfile;
 107   }
 108
 109   // Filter
 110   //typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
 111   //typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
 112   //thresholdFilter->SetInput(input);
 113   /*thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 114
 115   if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
 116   if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
 117
 118    Three modes :
 119      - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 120      - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 121      - both -> use FG and BG (real binary image)
 122
 123   if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 124     thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 125     thresholdFilter->Update();
 126     typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 127     this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 128   } else {
 129     typename InputImageType::Pointer outputImage;
 130     thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 131     if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 132       typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 133       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 134       maskFilter->SetInput1(input);
 135       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 136       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 137       maskFilter->Update();
 138       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 139     } else {
 140       typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 141       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 142       maskFilter->SetInput1(input);
 143       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 144       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 145       maskFilter->Update();
 146       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 147     }
 148     // Write/Save results
 149     this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 150   }*/
 151 }
 152 //--------------------------------------------------------------------
 153
 154
 155 }//end clitk
 156
 157 #endif  //#define clitkProfileImageGenericFilter_cxx