cluster_tools/gate_run_submit_cluster.sh

   1 #! /bin/bash -lx
   2
   3 set -u
   4 SCRIPTNAME="$(basename "${0}")"
   5
   6 # -------------------------------------------------
   7 function error {
   8     echo "ERROR: $1"
   9     usage
  10     exit 1
  11 }
  12 # -------------------------------------------------
  13
  14 DEFAULTRELEASESUFFIX="NONE"
  15 DEFAULTNUMBEROFJOBS="10"
  16
  17 # -------------------------------------------------
  18 function usage {
  19     echo "${SCRIPTNAME} mac/main.mac njobs releasesuffix paramtogate"
  20     echo "default njobs = ${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"
  21     echo "default releasesuffix = ${DEFAULTRELEASESUFFIX} (NONE means use Gate in PATH)"
  22     echo "default paramtogate = \"\" (use \"\" around params and \\ in front of commas)"
  23 }
  24 # -------------------------------------------------
  25
  26 test $# -eq 0 && usage && exit 0
  27
  28 RELEASESUFFIX=${3:-"${DEFAULTRELEASESUFFIX}"}
  29 RELEASEDIR="${HOME}/releases/grid_release${RELEASESUFFIX}"
  30 if test "$(dnsdomainname)" = "in2p3.fr"
  31 then
  32     JOBFILE="$(dirname $0)/gate_job_ccin2p3.job"
  33 else
  34     JOBFILE="$(dirname $0)/gate_job_cluster.job"
  35 fi
  36
  37 echo "Checking stuff"
  38 test -f ${JOBFILE} || error "can't find job file ${JOBFILE}"
  39 if test "${RELEASESUFFIX}" = "${DEFAULTRELEASESUFFIX}"
  40 then
  41     RELEASEDIR="NONE"
  42     which Gate 2>&1 >/dev/null || error "there is no Gate in the PATH"
  43 else
  44     test -d ${RELEASEDIR} || error "invalid release dir ${RELEASEDIR}"
  45 fi
  46 MACRODIR=$(pwd)
  47 test -d ${MACRODIR}/mac && test -d ${MACRODIR}/data || error "invalid path"
  48 MACROFILE=${1:?"provide relative macro path"}
  49 test -f ${MACRODIR}/${MACROFILE} || error "invalid macro"
  50 if test "$(dnsdomainname)" = "in2p3.fr"
  51 then
  52     OUTPUTDIR=$(mktemp -d -p "${MACRODIR}" run.XXXX || error "can't create temp dir")
  53     ssh -i ${HOME}/.ssh/ccin2p3 linux1.dg.creatis.insa-lyon.fr mkdir -p "cc/$(basename ${OUTPUTDIR})"
  54 else
  55     unamestr=`uname`
  56     if [[ "$unamestr" == 'Darwin' ]]; then
  57         ## On OSX (Darwin), mktemp version is different from Linux version . We
  58         ## need the absolute folder here
  59         OUTPUTDIR=$(mktemp -d run.XXXX || error "can't create temp dir")
  60         OUTPUTDIR=${MACRODIR}/${OUTPUTDIR}
  61     else
  62         OUTPUTDIR=$(mktemp --tmpdir=${MACRODIR} -d run.XXXX || error "can't create temp dir")
  63     fi
  64     echo $OUTPUTDIR
  65 fi
  66 test -d ${OUTPUTDIR} || error "can't locate output dir"
  67 RUNID=${OUTPUTDIR##*.}
  68 NJOBS=${2:-"${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"}
  69 NJOBSMAX=${NJOBS}
  70 PARAM="${4:-\"\"}"
  71
  72 echo "Lets roll!!"
  73 echo "runid is ${RUNID}"
  74
  75 QSUB=$(which qsub 2> /dev/null)
  76 # echo "qsub is $(which qsub)"
  77 test -z "${QSUB}" && QSUB="noqsub"
  78 if test "${QSUB}" = "noqsub"
  79 then
  80     echo "qsub is not found. Simply run Gate on multiple cores."
  81 fi
  82
  83 test -z "${PARAM}" && echo "no param" || echo "param is ${PARAM}"
  84 if test "$RELEASESUFFIX" = "$DEFAULTRELEASESUFFIX"
  85 then
  86     echo "Gate is $(which Gate)"
  87 else
  88     echo "Gate release is $(basename ${RELEASEDIR})"
  89 fi
  90 echo "submitting ${NJOBS} jobs"
  91
  92 PARAMFILE="${OUTPUTDIR}/params.txt"
  93 echo "njobs = ${NJOBS}" >> "${PARAMFILE}"
  94 echo "macro = ${MACROFILE}" >> "${PARAMFILE}"
  95 test -z "${PARAM}" || echo "param = ${PARAM}" >> "${PARAMFILE}"
  96
  97 # Copy macros files (for log)
  98 mkdir ${OUTPUTDIR}/mac
  99 cp ${MACROFILE} ${OUTPUTDIR}/mac
 100 files=`grep "control/execute" ${MACROFILE} | cut -d " " -f 2`
 101 for i in $files
 102 do
 103     cp $i ${OUTPUTDIR}/mac
 104 done
 105
 106 while test $NJOBS -gt 0; do
 107
 108     if test "${QSUB}" = "noqsub"
 109     then
 110         echo "Launching Gate log in ${OUTPUTDIR}/gate_${NJOBS}.log"
 111         PARAM=\"${PARAM}\" INDEX=${NJOBS} INDEXMAX=${NJOBSMAX} OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR}  RELEASEDIR=${RELEASEDIR} MACROFILE=${MACROFILE} MACRODIR=${MACRODIR} PBS_JOBID="local_${NJOBS}" bash "${JOBFILE}" > ${OUTPUTDIR}/gate_${NJOBS}.log &
 112     elif test "$(dnsdomainname)" = "in2p3.fr"
 113     then
 114         PROJECTGROUP=creatis
 115         qsub -o "${OUTPUTDIR}" \
 116              -l sps=1 \
 117              -N "gate.${RUNID}" \
 118              -v "PARAM=\"${PARAM}\",INDEX=${NJOBS},INDEXMAX=${NJOBSMAX},OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR},RELEASEDIR=${RELEASEDIR},MACROFILE=${MACROFILE},MACRODIR=${MACRODIR}" \
 119              "${JOBFILE}" || error "submission error"
 120     else
 121         qsub -N "gatejob.${RUNID}" -o "${OUTPUTDIR}" \
 122             -v "PARAM=${PARAM},INDEX=${NJOBS},INDEXMAX=${NJOBSMAX},OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR},RELEASEDIR=${RELEASEDIR},MACROFILE=${MACROFILE},MACRODIR=${MACRODIR}" \
 123             "${JOBFILE}" || error "submission error"
 124     fi
 125
 126     let NJOBS--
 127 done
 128
 129 echo "runid is ${RUNID}"