cluster_tools/gate_run_submit_cluster.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 set -u
   4 SCRIPTNAME="$(basename "${0}")"
   5
   6 function error {
   7 echo "ERROR: $1"
   8 usage
   9 exit 1
  10 }
  11
  12 DEFAULTRELEASESUFFIX="06o"
  13 DEFAULTNUMBEROFJOBS="10"
  14
  15 function usage {
  16 echo "${SCRIPTNAME} mac/main.mac njobs releasesuffix paramtogate"
  17 echo "default njobs = ${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"
  18 echo "default releasesuffix = ${DEFAULTRELEASESUFFIX}"
  19 }
  20
  21 test $# -eq 0 && usage && exit 0
  22
  23 SCRIPTDIR=~/gate/gate-tests/bin
  24 RELEASEDIR="${HOME}/gate/release${3:-"${DEFAULTRELEASESUFFIX}"}"
  25 JOBFILE=~/gate/gate-tests/job_release.job
  26
  27 echo "Checking stuff"
  28 test -f ${JOBFILE} || error "can't find job file ${JOBFILE}"
  29 test -d ${RELEASEDIR} || error "invalid release dir ${RELEASEDIR}"
  30 MACRODIR=$(pwd)
  31 test -d ${MACRODIR}/mac && test -d ${MACRODIR}/data || error "invalid path"
  32 MACROFILE=${1:?"provide relative macro path"}
  33 test -f ${MACRODIR}/${MACROFILE} || error "invalid macro"
  34 OUTPUTDIR=$(mktemp --tmpdir=${MACRODIR} -d run.XXXX)
  35 test -d ${OUTPUTDIR} || error "can't locate output dir"
  36 RUNID=${OUTPUTDIR##*.}
  37 NJOBS=${2:-"${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"}
  38 NJOBSMAX=${NJOBS}
  39 PARAM="${4:-""}"
  40
  41 echo "Lets roll!!"
  42 echo "runid is ${RUNID}"
  43 test -z "${PARAM}" && echo "no param" || echo "param is ${PARAM}"
  44 echo "using release $(basename ${RELEASEDIR})"
  45 echo "submitting ${NJOBS} jobs"
  46
  47 while test $NJOBS -gt 0; do
  48         qsub -N "gatejob.${RUNID}" -o "${OUTPUTDIR}" \
  49         -v "PARAM=\"${PARAM}\",INDEX=${NJOBS},INDEXMAX=${NJOBSMAX},SCRIPTDIR=${SCRIPTDIR},OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR},RELEASEDIR=${RELEASEDIR},MACROFILE=${MACROFILE},MACRODIR=${MACRODIR}" \
  50         ${JOBFILE} || error "submission error"
  51         let NJOBS--
  52 done
  53
  54 echo "runid is ${RUNID}"