cluster_tools/gate_run_submit_cluster.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 set -u
   4 SCRIPTNAME="$(basename "${0}")"
   5
   6 # -------------------------------------------------
   7 function error {
   8     echo "ERROR: $1"
   9     usage
  10     exit 1
  11 }
  12 # -------------------------------------------------
  13
  14 DEFAULTRELEASESUFFIX="NONE"
  15 DEFAULTNUMBEROFJOBS="10"
  16
  17 # -------------------------------------------------
  18 function usage {
  19     echo "${SCRIPTNAME} mac/main.mac njobs releasesuffix paramtogate"
  20     echo "default njobs = ${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"
  21     echo "default releasesuffix = ${DEFAULTRELEASESUFFIX} (NONE means use Gate in PATH)"
  22     echo "default paramtogate = \"\" (use \"\" around params and \\ in front of commas)"
  23 }
  24 # -------------------------------------------------
  25
  26 test $# -eq 0 && usage && exit 0
  27
  28 RELEASESUFFIX=${3:-"${DEFAULTRELEASESUFFIX}"}
  29 RELEASEDIR="${HOME}/releases/grid_release${RELEASESUFFIX}"
  30 if test "$(dnsdomainname)" = "in2p3.fr"
  31 then
  32     JOBFILE="$(dirname $0)/gate_job_ccin2p3.job"
  33 else
  34     JOBFILE="$(dirname $0)/gate_job_cluster.job"
  35 fi
  36
  37 echo "Checking stuff"
  38 test -f ${JOBFILE} || error "can't find job file ${JOBFILE}"
  39 if test "${RELEASESUFFIX}" = "${DEFAULTRELEASESUFFIX}"
  40 then
  41     RELEASEDIR="NONE"
  42     which Gate 2>&1 >/dev/null || error "there is no Gate in the PATH"
  43 else
  44     test -d ${RELEASEDIR} || error "invalid release dir ${RELEASEDIR}"
  45 fi
  46 MACRODIR=$(pwd)
  47 test -d ${MACRODIR}/mac && test -d ${MACRODIR}/data || error "invalid path"
  48 MACROFILE=${1:?"provide relative macro path"}
  49 test -f ${MACRODIR}/${MACROFILE} || error "invalid macro"
  50 if test "$(dnsdomainname)" = "in2p3.fr"
  51 then
  52     OUTPUTDIR=$(mktemp -d -p "${MACRODIR}" run.XXXX || error "can't create temp dir")
  53     ssh -i ${HOME}/.ssh/ccin2p3 linux1.dg.creatis.insa-lyon.fr mkdir -p "cc/$(basename ${OUTPUTDIR})"
  54 else
  55     OUTPUTDIR=$(mktemp --tmpdir=${MACRODIR} -d run.XXXX || error "can't create temp dir")
  56 fi
  57 test -d ${OUTPUTDIR} || error "can't locate output dir"
  58 RUNID=${OUTPUTDIR##*.}
  59 NJOBS=${2:-"${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"}
  60 NJOBSMAX=${NJOBS}
  61 PARAM="${4:-\"\"}"
  62
  63 echo "Lets roll!!"
  64 echo "runid is ${RUNID}"
  65
  66 QSUB=$(which qsub 2> /dev/null)
  67 # echo "qsub is $(which qsub)"
  68 test -z "${QSUB}" && QSUB="noqsub"
  69 if test "${QSUB}" = "noqsub"
  70 then
  71     echo "qsub is not found. Simply run Gate on multiple cores."
  72 fi
  73
  74 test -z "${PARAM}" && echo "no param" || echo "param is ${PARAM}"
  75 if test "$RELEASESUFFIX" = "$DEFAULTRELEASESUFFIX"
  76 then
  77     echo "Gate is $(which Gate)"
  78 else
  79     echo "Gate release is $(basename ${RELEASEDIR})"
  80 fi
  81 echo "submitting ${NJOBS} jobs"
  82
  83 PARAMFILE="${OUTPUTDIR}/params.txt"
  84 echo "njobs = ${NJOBS}" >> "${PARAMFILE}"
  85 echo "macro = ${MACROFILE}" >> "${PARAMFILE}"
  86 test -z "${PARAM}" || echo "param = ${PARAM}" >> "${PARAMFILE}"
  87
  88 # Copy macros files (for log)
  89 mkdir ${OUTPUTDIR}/mac
  90 cp ${MACROFILE} ${OUTPUTDIR}/mac
  91 files=`grep "control/execute" ${MACROFILE} | cut -d " " -f 2`
  92 for i in $files
  93 do
  94     cp $i ${OUTPUTDIR}/mac
  95 done
  96
  97 while test $NJOBS -gt 0; do
  98
  99     if test "${QSUB}" = "noqsub"
 100     then
 101         echo "Launching Gate log in ${OUTPUTDIR}/gate_${NJOBS}.log"
 102         PARAM=\"${PARAM}\" INDEX=${NJOBS} INDEXMAX=${NJOBSMAX} OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR}  RELEASEDIR=${RELEASEDIR} MACROFILE=${MACROFILE} MACRODIR=${MACRODIR} PBS_JOBID="local_${NJOBS}" bash "${JOBFILE}" > ${OUTPUTDIR}/gate_${NJOBS}.log &
 103     elif test "$(dnsdomainname)" = "in2p3.fr"
 104     then
 105         PROJECTGROUP=creatis
 106         qsub -o "${OUTPUTDIR}" \
 107              -N "gate.${RUNID}" \
 108              -v "PARAM=\"${PARAM}\",INDEX=${NJOBS},INDEXMAX=${NJOBSMAX},OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR},RELEASEDIR=${RELEASEDIR},MACROFILE=${MACROFILE},MACRODIR=${MACRODIR}" \
 109              "${JOBFILE}" || error "submission error"
 110     else
 111         qsub -N "gatejob.${RUNID}" -o "${OUTPUTDIR}" \
 112             -v "PARAM=${PARAM},INDEX=${NJOBS},INDEXMAX=${NJOBSMAX},OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR},RELEASEDIR=${RELEASEDIR},MACROFILE=${MACROFILE},MACRODIR=${MACRODIR}" \
 113             "${JOBFILE}" || error "submission error"
 114     fi
 115
 116     let NJOBS--
 117 done
 118
 119 echo "runid is ${RUNID}"
 120 if test "$(dnsdomainname)" = "in2p3.fr"
 121 then
 122     rsync -av --remove-source-files -e "ssh -i ${HOME}/.ssh/ccin2p3" ${OUTPUTDIR}/ "linux1.dg.creatis.insa-lyon.fr:./cc/$(basename ${OUTPUTDIR})" --exclude '.__afs*' --exclude "${OUTPUTDIR}/gatejob.*.o*"
 123 fi