cluster_tools/gate_run_submit_cluster.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 set -u
   4 SCRIPTNAME="$(basename "${0}")"
   5
   6 function error {
   7 echo "ERROR: $1"
   8 usage
   9 exit 1
  10 }
  11
  12 DEFAULTRELEASESUFFIX="07b"
  13 DEFAULTNUMBEROFJOBS="10"
  14
  15 function usage {
  16 echo "${SCRIPTNAME} mac/main.mac njobs releasesuffix paramtogate"
  17 echo "default njobs = ${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"
  18 echo "default releasesuffix = ${DEFAULTRELEASESUFFIX}"
  19 }
  20
  21 test $# -eq 0 && usage && exit 0
  22
  23 SCRIPTDIR="${HOME}/git/gate-tests/bin"
  24 RELEASEDIR="${HOME}/releases/grid_release${3:-"${DEFAULTRELEASESUFFIX}"}"
  25 JOBFILE="${HOME}/git/gate-tests/job_cluster.job"
  26
  27 echo "Checking stuff"
  28 test -f ${JOBFILE} || error "can't find job file ${JOBFILE}"
  29 test -d ${RELEASEDIR} || error "invalid release dir ${RELEASEDIR}"
  30 MACRODIR=$(pwd)
  31 test -d ${MACRODIR}/mac && test -d ${MACRODIR}/data || error "invalid path"
  32 MACROFILE=${1:?"provide relative macro path"}
  33 test -f ${MACRODIR}/${MACROFILE} || error "invalid macro"
  34 OUTPUTDIR=$(mktemp --tmpdir=${MACRODIR} -d run.XXXX || error "can't create temp dir")
  35 test -d ${OUTPUTDIR} || error "can't locate output dir"
  36 RUNID=${OUTPUTDIR##*.}
  37 NJOBS=${2:-"${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"}
  38 NJOBSMAX=${NJOBS}
  39 PARAM="${4:-""}"
  40
  41 echo "Lets roll!!"
  42 echo "runid is ${RUNID}"
  43 echo "qsub is $(which qsub)"
  44 test -z "${PARAM}" && echo "no param" || echo "param is ${PARAM}"
  45 echo "using release $(basename ${RELEASEDIR})"
  46 echo "submitting ${NJOBS} jobs"
  47
  48 PARAMFILE="${OUTPUTDIR}/params.txt"
  49 echo "njobs = ${NJOBS}" >> "${PARAMFILE}"
  50 echo "macro = ${MACROFILE}" >> "${PARAMFILE}"
  51 test -z "${PARAM}" || echo "param = ${PARAM}" >> "${PARAMFILE}"
  52
  53 while test $NJOBS -gt 0; do
  54         qsub -N "gatejob.${RUNID}" -o "${OUTPUTDIR}" \
  55         -v "PARAM=\"${PARAM}\",INDEX=${NJOBS},INDEXMAX=${NJOBSMAX},SCRIPTDIR=${SCRIPTDIR},OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR},RELEASEDIR=${RELEASEDIR},MACROFILE=${MACROFILE},MACRODIR=${MACRODIR}" \
  56         "${JOBFILE}" || error "submission error"
  57         let NJOBS--
  58 done
  59
  60 echo "runid is ${RUNID}"