common/clitkChangeDicomTagGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkChangeDicomTagGenericFilter_txx
  19 #define clitkChangeDicomTagGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkChangeDicomTagGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  32 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  33 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  34 #include <gdcmImageHelper.h>
  35 #include <gdcmAttribute.h>
  36 #include <gdcmReader.h>
  37 #include <gdcmWriter.h>
  38 #include <gdcmDataElement.h>
  39 #include <gdcmTag.h>
  40 #else
  41 #include "gdcmFile.h"
  42 #include "gdcmUtil.h"
  43 #endif
  44
  45
  46 namespace clitk
  47 {
  48
  49
  50 //-----------------------------------------------------------
  51 // Constructor
  52 //-----------------------------------------------------------
  53 template<class args_info_type>
  54 ChangeDicomTagGenericFilter<args_info_type>::ChangeDicomTagGenericFilter()
  55 {
  56   m_Verbose=false;
  57 }
  58
  59
  60 //-----------------------------------------------------------
  61 // Update
  62 //-----------------------------------------------------------
  63 template<class args_info_type>
  64 void ChangeDicomTagGenericFilter<args_info_type>::Update()
  65 {
  66   UpdateWithDimAndPixelType();
  67 }
  68
  69 //-------------------------------------------------------------------
  70 // Update with the number of dimensions and the pixeltype read from
  71 // the dicom files. The MHD files may be resampled to match the
  72 // dicom spacing (and number of slices). Rounding errors in resampling
  73 // are handled by removing files when generating the output dicom
  74 // series.
  75 //-------------------------------------------------------------------
  76 template<class args_info_type>
  77 void
  78 ChangeDicomTagGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
  79 {
  80   //Read the dicom file
  81   gdcm::Reader reader;
  82   reader.SetFileName( m_ArgsInfo.input_arg );
  83   reader.Read();
  84   gdcm::File &fileOutput = reader.GetFile();
  85   gdcm::DataSet &dsOutput = fileOutput.GetDataSet();
  86   const unsigned int ptr_len = 42;
  87   char *ptr = new char[ptr_len];
  88   memset(ptr,0,ptr_len);
  89
  90   unsigned int numberOfKeysGiven=m_ArgsInfo.key_given;
  91   // For all input tag
  92   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
  93     // Split the tag element separated with '|' in 2 parts
  94     char* copy = (char*)m_ArgsInfo.key_arg[i];
  95     std::vector<char*> v;
  96     char* chars_array = strtok(copy, "|");
  97     while(chars_array) {
  98       v.push_back(chars_array);
  99       chars_array = strtok(NULL, "|");
 100     }
 101     std::stringstream str0(v[0]), str1(v[1]);
 102     int first, second;
 103     str0 >> first;
 104     str1 >> second;
 105
 106     //Change the tag element by the corresponding value
 107     gdcm::DataElement tagDE( gdcm::Tag(first, second) );
 108     std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 109     tagDE.SetByteValue(value.c_str(), (uint32_t)strlen(value.c_str()));
 110     dsOutput.Insert(tagDE);
 111   }
 112
 113   //Write the output dicom file
 114   gdcm::Writer w;
 115   w.SetFile( fileOutput );
 116   w.SetFileName( m_ArgsInfo.output_arg );
 117   w.Write();
 118 }
 119
 120 }//end clitk
 121
 122 #endif //#define clitkChangeDicomTagGenericFilter_txx