common/clitkCoeffsToDVF.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkCoeffsToDVF_h
  19 #define clitkCoeffsToDVF_h
  20
  21 #include "clitkBSplineDeformableTransform.h"
  22 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
  23 #include "itkTransformToDisplacementFieldSource.h"
  24 #else
  25 #include "itkTransformToDeformationFieldSource.h"
  26 #endif
  27
  28 //-------------------------------------------------------------------
  29 // Convert Coefficient image to DVF
  30 //-------------------------------------------------------------------
  31 template<class DisplacementFieldType>
  32 typename DisplacementFieldType::Pointer
  33 CoeffsToDVF(std::string fileName, std::string likeFileName, bool verbose = false)
  34 {
  35   typedef clitk::BSplineDeformableTransform<double, DisplacementFieldType::ImageDimension, DisplacementFieldType::ImageDimension> TransformType;
  36   typedef typename TransformType::CoefficientImageType CoefficientImageType;
  37
  38   typedef itk::ImageFileReader<CoefficientImageType> CoeffReaderType;
  39   typename CoeffReaderType::Pointer reader = CoeffReaderType::New();
  40   reader->SetFileName(fileName);
  41   reader->Update();
  42
  43   typename TransformType::Pointer transform = TransformType::New();
  44   transform->SetCoefficientImage(reader->GetOutput());
  45
  46 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
  47       typedef itk::TransformToDisplacementFieldSource<DisplacementFieldType, double> ConvertorType;
  48 #else
  49       typedef itk::TransformToDeformationFieldSource<DisplacementFieldType, double> ConvertorType;
  50 #endif
  51
  52   typedef itk::ImageIOBase ImageIOType;
  53   typename ImageIOType::Pointer imageIO = itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(likeFileName.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  54   imageIO->SetFileName(likeFileName);
  55   imageIO->ReadImageInformation();
  56
  57   typename ConvertorType::Pointer convertor= ConvertorType::New();
  58   typename ConvertorType::SizeType output_size;
  59   typename ConvertorType::SpacingType output_spacing;
  60   typename ConvertorType::OriginType output_origin;
  61   typename ConvertorType::DirectionType output_direction;
  62   for (unsigned int i = 0; i < DisplacementFieldType::ImageDimension; i++) {
  63     output_size[i] = imageIO->GetDimensions(i);
  64     output_spacing[i] = imageIO->GetSpacing(i);
  65     output_origin[i] = imageIO->GetOrigin(i);
  66     for (unsigned int j = 0; j < DisplacementFieldType::ImageDimension; j++)
  67       output_direction[i][j] = imageIO->GetDirection(i)[j];
  68   }
  69
  70   if (verbose) {
  71     std::cout << "Interpolating coefficients with grid:" << std::endl;
  72     std::cout << output_size << output_spacing << std::endl;
  73   }
  74
  75   convertor->SetNumberOfThreads(1);
  76   convertor->SetTransform(transform);
  77   convertor->SetOutputOrigin(output_origin);
  78   convertor->SetOutputSpacing(output_spacing);
  79   convertor->SetOutputSize(output_size);
  80   convertor->SetOutputDirection(output_direction);
  81   convertor->Update();
  82
  83   return convertor->GetOutput();
  84 }
  85
  86 #endif