common/clitkCommon.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKCOMMON_CXX
  20 #define CLITKCOMMON_CXX
  21
  22 #include "clitkCommon.h"
  23 #include <fstream>
  24 #include <iomanip>
  25 #include <sstream>
  26
  27 //------------------------------------------------------------------
  28 // skip line which begin with a sharp '#'
  29 void clitk::skipComment(std::istream & is)
  30 {
  31   char c;
  32   char line[1024];
  33   if (is.eof()) return;
  34   is >> c ;
  35   while (is && (c == '#')) {
  36         is.getline (line, 1024);
  37         is >> c;
  38         if (is.eof()) return;
  39   }
  40   is.unget();
  41 } ////
  42 //------------------------------------------------------------------
  43
  44 //------------------------------------------------------------------
  45 // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  46 double clitk::HU2density(double HU)
  47 {
  48   return (HU+1000.0)/1000.0;
  49 } ////
  50 //------------------------------------------------------------------
  51
  52 //------------------------------------------------------------------
  53 // Return filename extension
  54 std::string clitk::GetExtension(const std::string& filename)
  55 {
  56   // This assumes that the final '.' in a file name is the delimiter
  57   // for the file's extension type
  58   const std::string::size_type it = filename.find_last_of( "." );
  59   // This determines the file's type by creating a new string
  60   // who's value is the extension of the input filename
  61   // eg. "myimage.gif" has an extension of "gif"
  62   std::string fileExt( filename, it+1, filename.length() );
  63   return( fileExt );
  64 } ////
  65 //------------------------------------------------------------------
  66
  67 //------------------------------------------------------------------
  68 // Display progression
  69 void clitk::VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage)
  70 {
  71   static int previous = -1;
  72   const int rounded = (100*current)/nb;
  73   if (previous==rounded) return;
  74   previous = rounded;
  75
  76   std::ostringstream oss;
  77   oss << std::setw(4) << rounded << '%';
  78
  79   std::cout << oss.str() << std::flush;
  80   for (unsigned int i=0; i<oss.str().length(); ++i)
  81         std::cout << "\b" << std::flush;
  82 }
  83 //------------------------------------------------------------------
  84
  85 //------------------------------------------------------------------
  86 // Display progression
  87 void clitk::VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage)
  88 {
  89   VerboseInProgress(nb, current, percentage);
  90 }
  91 //------------------------------------------------------------------
  92
  93 //------------------------------------------------------------------
  94 // Convert a pixel type to another (downcast)
  95 template<>
  96 float clitk::PixelTypeDownCast(const double & x)
  97 {
  98   return (float)x;
  99 }
 100 //------------------------------------------------------------------
 101
 102 //------------------------------------------------------------------
 103 double clitk::rad2deg(const double anglerad) {
 104   return (anglerad/M_PI*180.0);
 105 }
 106 //------------------------------------------------------------------
 107
 108 //------------------------------------------------------------------
 109 double clitk::deg2rad(const double angledeg) {
 110   return (angledeg*(M_PI/180.0));
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------
 113
 114 //------------------------------------------------------------------
 115 int clitk::GetTypeSizeFromString(const std::string & type) {
 116 #define RETURN_SIZEOF_PIXEL(TYPENAME, TYPE)             \
 117   if (type == #TYPENAME) return sizeof(TYPE);
 118   RETURN_SIZEOF_PIXEL(char, char);
 119   RETURN_SIZEOF_PIXEL(uchar, uchar);
 120   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned char, uchar);
 121   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned_char, uchar);
 122   RETURN_SIZEOF_PIXEL(short, short);
 123   RETURN_SIZEOF_PIXEL(ushort, ushort);
 124   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned_short, ushort);
 125   RETURN_SIZEOF_PIXEL(int, int);
 126   RETURN_SIZEOF_PIXEL(uint, uint);
 127   RETURN_SIZEOF_PIXEL(unsigned_int, uint);
 128   RETURN_SIZEOF_PIXEL(float, float);
 129   RETURN_SIZEOF_PIXEL(double, double);
 130   return 0;
 131 }
 132 //------------------------------------------------------------------
 133
 134 //------------------------------------------------------------------
 135 template<>
 136 bool clitk::IsSameType<signed char>(std::string t) {
 137   if ((t==GetTypeAsString<signed char>()) || (t == "schar")) return true; else return false;
 138 }
 139
 140 template<>
 141 bool clitk::IsSameType<char>(std::string t) {
 142   if ((t==GetTypeAsString<char>()) || (t == "char")) return true; else return false;
 143 }
 144
 145 template<>
 146 bool clitk::IsSameType<unsigned char>(std::string t) {
 147   if ((t==GetTypeAsString<unsigned char>()) || (t == "uchar")) return true; else return false;
 148 }
 149
 150 template<>
 151 bool clitk::IsSameType<unsigned short>(std::string t) {
 152   if ((t==GetTypeAsString<unsigned short>()) || (t == "ushort")) return true; else return false;
 153 }
 154 //------------------------------------------------------------------
 155
 156 //------------------------------------------------------------------
 157 void clitk::FindAndReplace(std::string & line,
 158                     const std::string & tofind,
 159                     const std::string & replacement) {
 160   int pos = line.find(tofind);
 161   while (pos!= (int)std::string::npos) {
 162     line.replace(pos, tofind.size(), replacement);
 163     pos = line.find(tofind, pos+tofind.size()+1);
 164   }
 165 }
 166 //------------------------------------------------------------------
 167
 168 //------------------------------------------------------------------
 169 void clitk::FindAndReplace(std::string & line,
 170                     const std::vector<std::string> & tofind,
 171                     const std::vector<std::string> & toreplace) {
 172   for(unsigned int i=0; i<tofind.size(); i++) {
 173     FindAndReplace(line, tofind[i], toreplace[i]);
 174   }
 175 }
 176 //------------------------------------------------------------------
 177
 178 //------------------------------------------------------------------
 179 void clitk::FindAndReplace(std::ifstream & in,
 180                     const std::vector<std::string> & tofind,
 181                     const std::vector<std::string> & toreplace,
 182                     std::ofstream & out) {
 183   std::string line;
 184   if (tofind.size() != toreplace.size()) {
 185     std::cerr << "Error' tofind' is size=" << tofind.size() << std::endl;
 186     std::cerr << "... while 'toreplace' is size=" << toreplace.size() << std::endl;
 187     exit(0);
 188   }
 189   while (std::getline(in,line)) {
 190     FindAndReplace(line, tofind, toreplace);
 191     out << line << std::endl;
 192   }
 193 }
 194 //------------------------------------------------------------------
 195
 196 //------------------------------------------------------------------
 197 double clitk::ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 198                                                        const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 199                                                        const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane) {
 200   // http://mathworld.wolfram.com/Plane.html
 201   // http://mathworld.wolfram.com/Point-PlaneDistance.html
 202   double a = normalPlane[0];
 203   double b = normalPlane[1];
 204   double c = normalPlane[2];
 205   double x0 = pointInPlane[0];
 206   double y0 = pointInPlane[1];
 207   double z0 = pointInPlane[2];
 208   double x = point[0];
 209   double y = point[1];
 210   double z = point[2];
 211
 212   double norm = sqrt(x0*x0 + y0*y0 + z0*z0);
 213   DD(norm);
 214   double d = -a*x0 - b*y0 - c*z0;
 215   DD(d);
 216   double distance = (a*x + b*y + c*z + d) / norm;
 217
 218   return distance;
 219 }
 220 //------------------------------------------------------------------
 221
 222 //--------------------------------------------------------------------
 223 // Open a file for reading
 224 void clitk::openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename) {
 225   is.open(filename.c_str(), std::ios::in);
 226   if ( is.fail() ) {
 227     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for reading): " << filename);
 228   }
 229 }
 230 //--------------------------------------------------------------------
 231
 232 //--------------------------------------------------------------------
 233 // Open a file for writing
 234 void clitk::openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename)  {
 235   os.open(filename.c_str(), std::ios::out);
 236   if ( os.fail() ) {
 237     itkGenericExceptionMacro(<< "Could not open file (for writing): " << filename);
 238   }
 239 }
 240 //--------------------------------------------------------------------
 241
 242 //--------------------------------------------------------------------
 243 double clitk::cotan(double i) { return(1.0 / tan(i)); }
 244 double clitk::invcotan(double x) {
 245   //  http://mathworld.wolfram.com/InverseCotangent.html
 246   double y;
 247   if (x<0) {
 248     y = -0.5*M_PI-atan(x);
 249   }
 250   else {
 251     y = 0.5*M_PI-atan(x);
 252   }
 253   return y;
 254 }
 255 //--------------------------------------------------------------------
 256
 257 //--------------------------------------------------------------------
 258 std::streambuf * clitk_stdcerr_backup;
 259 void clitk::disableStdCerr() {
 260   clitk_stdcerr_backup = std::cerr.rdbuf();
 261   std::stringstream oss;
 262   std::cerr.rdbuf( oss.rdbuf() );
 263 }
 264 //--------------------------------------------------------------------
 265
 266 //--------------------------------------------------------------------
 267 void clitk::enableStdCerr() {
 268   std::cerr.rdbuf(clitk_stdcerr_backup);
 269 }
 270 //--------------------------------------------------------------------
 271
 272
 273 //--------------------------------------------------------------------
 274 void clitk::readDoubleFromFile(const std::string & filename, std::vector<double> & list) {
 275   std::ifstream is;
 276   clitk::openFileForReading(is, filename);
 277   list.clear();
 278   while (is) {
 279     clitk::skipComment(is);
 280     double d;
 281     is >> d;
 282     if (is) list.push_back(d);
 283   }
 284 }
 285 //--------------------------------------------------------------------
 286
 287
 288 #endif /* end #define CLITKCOMMON_CXX */
 289