common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3
   4 /**
   5    -------------------------------------------------------------------
   6    * @file   clitkCommon.h
   7    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8    * @date   17 May 2006 07:57:56
   9
  10    * @brief
  11
  12    -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // std include
  15 //#include <config.h>
  16 //#include <cstdlib>
  17 //#include <algorithm>
  18 //#include <iostream>
  19 //#include <string>
  20 //#include <fstream>
  21 //#include <sstream>
  22 //#include <vector>
  23 //#include <math.h>
  24 //#include <typeinfo>
  25 //#include <utility>
  26 //#include <algorithm>
  27
  28 // itk include (include std)
  29 #include <itkContinuousIndex.h>
  30 #include <itkMacro.h>
  31 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  32 #include <itkImageRegionIterator.h>
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 namespace clitk {
  36
  37 #if defined(WIN32)
  38 #define lrint(x) (floor(x+(x>0) ? 0.5 : -0.5))
  39 #endif
  40
  41   typedef unsigned char uchar;
  42   typedef unsigned short ushort;
  43   typedef unsigned int uint;
  44
  45   //--------------------------------------------------------------------
  46   // display
  47 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  48 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  49
  50   //--------------------------------------------------------------------
  51   // when everything goes wrong
  52 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  53 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  54
  55   //--------------------------------------------------------------------
  56   // GGO with modified struct name
  57 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  58   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  59   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  60   if (args_info.config_given)                                           \
  61     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  62   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  63
  64   //--------------------------------------------------------------------
  65   // skip line with #
  66   void skipComment(std::istream & is);
  67
  68   //--------------------------------------------------------------------
  69   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  70   double HU2density(double HU);
  71
  72   //--------------------------------------------------------------------
  73   // Return filename extension
  74   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  75
  76   //--------------------------------------------------------------------
  77   // Convert float, double ... to string
  78   template<class T> std::string toString(const T & t);
  79   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  80   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  81   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  82
  83   //--------------------------------------------------------------------
  84   // Display a progress %
  85   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  86   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  87
  88   //--------------------------------------------------------------------
  89   // Convert a pixel type to another (downcast)
  90   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  91   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  92   template<>
  93   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  94
  95   //--------------------------------------------------------------------
  96   // Return the indexes of sorted values in a vector
  97   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
  98   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
  99   template<class Type>
 100   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 101
 102   //--------------------------------------------------------------------
 103   // Return the name of a type as a string
 104   template<class TPixel>
 105   std::string GetTypeAsString();
 106
 107   //--------------------------------------------------------------------
 108   // Convert radian / degree
 109   double rad2deg(double anglerad);
 110   double deg2rad(double anglerad);
 111
 112   //--------------------------------------------------------------------
 113   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 114
 115   //--------------------------------------------------------------------
 116   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 117   template<class T>
 118   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 119   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 120   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 121   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 122   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 123
 124   //--------------------------------------------------------------------
 125   template<class T1>
 126   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 127     return GetTypeAsString<T1>();
 128   }
 129
 130   template<class T1, class T2>
 131   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 132     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 133     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 134   }
 135
 136   template<class T1, class T2, class T3>
 137   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 138     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 139     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 140   }
 141
 142   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 143   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 144     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 145     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 146   }
 147
 148   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 149   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 150     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 151     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 152   }
 153
 154   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 155   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 156     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 157     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 158   }
 159
 160   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 161   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 162     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 163     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 164   }
 165
 166   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 167   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 168     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 169     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 170   }
 171   //--------------------------------------------------------------------
 172
 173   //--------------------------------------------------------------------
 174   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 175   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 176   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 177   //--------------------------------------------------------------------
 178
 179   //--------------------------------------------------------------------
 180   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 181                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 182                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 183
 184   //--------------------------------------------------------------------
 185   // Open a File for reading/writing
 186   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 187   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 188
 189   //--------------------------------------------------------------------
 190   double cotan(double i);
 191   double invcotan(double i);
 192
 193   //--------------------------------------------------------------------
 194   void disableStdCerr();
 195   void enableStdCerr();
 196
 197   //--------------------------------------------------------------------
 198   template<class ImageType>
 199   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 200
 201 #include "clitkCommon.txx"
 202
 203 } // end namespace
 204
 205 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 206