common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3
   4 /**
   5    -------------------------------------------------------------------
   6    * @file   clitkCommon.h
   7    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8    * @date   17 May 2006 07:57:56
   9
  10    * @brief
  11
  12    -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // clitk include
  15 #include "clitkPortability.h"
  16
  17 // itk include (include std)
  18 #include <itkContinuousIndex.h>
  19 #include <itkMacro.h>
  20 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  21 #include <itkImageRegionIterator.h>
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 namespace clitk {
  25
  26   typedef unsigned char uchar;
  27   typedef unsigned short ushort;
  28   typedef unsigned int uint;
  29
  30   //--------------------------------------------------------------------
  31   // display
  32 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  33 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  34
  35   //--------------------------------------------------------------------
  36   // when everything goes wrong
  37 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  38 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  39
  40   //--------------------------------------------------------------------
  41   // GGO with modified struct name
  42 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  43   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  44   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  45   if (args_info.config_given)                                           \
  46     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  47   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  48
  49   //--------------------------------------------------------------------
  50   // skip line with #
  51   void skipComment(std::istream & is);
  52
  53   //--------------------------------------------------------------------
  54   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  55   double HU2density(double HU);
  56
  57   //--------------------------------------------------------------------
  58   // Return filename extension
  59   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  60
  61   //--------------------------------------------------------------------
  62   // Convert float, double ... to string
  63   template<class T> std::string toString(const T & t);
  64   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  65   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  66   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  67
  68   //--------------------------------------------------------------------
  69   // Display a progress %
  70   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  71   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  72
  73   //--------------------------------------------------------------------
  74   // Convert a pixel type to another (downcast)
  75   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  76   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  77   template<>
  78   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  79
  80   //--------------------------------------------------------------------
  81   // Return the indexes of sorted values in a vector
  82   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
  83   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
  84   template<class Type>
  85   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
  86
  87   //--------------------------------------------------------------------
  88   // Return the name of a type as a string
  89   template<class TPixel>
  90   std::string GetTypeAsString();
  91
  92   //--------------------------------------------------------------------
  93   // Convert radian / degree
  94   double rad2deg(double anglerad);
  95   double deg2rad(double anglerad);
  96
  97   //--------------------------------------------------------------------
  98   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
  99
 100   //--------------------------------------------------------------------
 101   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 102   template<class T>
 103   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 104   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 105   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 106   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 107   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 108
 109   //--------------------------------------------------------------------
 110   template<class T1>
 111   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 112     return GetTypeAsString<T1>();
 113   }
 114
 115   template<class T1, class T2>
 116   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 117     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 118     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 119   }
 120
 121   template<class T1, class T2, class T3>
 122   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 123     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 124     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 125   }
 126
 127   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 128   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 129     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 130     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 131   }
 132
 133   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 134   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 135     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 136     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 137   }
 138
 139   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 140   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 141     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 142     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 143   }
 144
 145   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 146   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 147     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 148     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 149   }
 150
 151   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 152   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 153     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 154     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 155   }
 156   //--------------------------------------------------------------------
 157
 158   //--------------------------------------------------------------------
 159   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 160   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 161   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 162   //--------------------------------------------------------------------
 163
 164   //--------------------------------------------------------------------
 165   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 166                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 167                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 168
 169   //--------------------------------------------------------------------
 170   // Open a File for reading/writing
 171   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 172   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 173
 174   //--------------------------------------------------------------------
 175   double cotan(double i);
 176   double invcotan(double i);
 177
 178   //--------------------------------------------------------------------
 179   void disableStdCerr();
 180   void enableStdCerr();
 181
 182   //--------------------------------------------------------------------
 183   template<class ImageType>
 184   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 185
 186 #include "clitkCommon.txx"
 187
 188 } // end namespace
 189
 190 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 191