common/clitkCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKCOMMON_H
  20 #define CLITKCOMMON_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkPortability.h"
  24 #include "clitkDD.h"
  25 #include "clitkExceptionObject.h"
  26
  27 // itk include (include std)
  28 #include <itkContinuousIndex.h>
  29 #include <itkMacro.h>
  30 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  31 #include <itkImageRegionIterator.h>
  32
  33 // std include
  34 #include <fstream>
  35
  36 // Include for "rusage"
  37 #include <ctime>
  38 #if defined(unix) || defined(__APPLE__)
  39 #  include <sys/time.h>
  40 #  include <sys/resource.h>
  41 #elif defined(WIN32)
  42 #  include <windows.h>
  43 #endif
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 namespace clitk {
  47
  48   typedef unsigned char uchar;
  49   typedef unsigned short ushort;
  50   typedef unsigned int uint;
  51
  52   //--------------------------------------------------------------------
  53   // when everything goes wrong
  54 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  55 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  56
  57   //--------------------------------------------------------------------
  58   // GGO with modified struct name
  59 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  60   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  61   cmdline_parser_##ggo_filename##2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                    \
  62   if (args_info.config_given)                                           \
  63     cmdline_parser_##ggo_filename##_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  64   else cmdline_parser_##ggo_filename(argc, argv, &args_info);
  65
  66   //--------------------------------------------------------------------
  67   // skip line with #
  68   void skipComment(std::istream & is);
  69
  70   //--------------------------------------------------------------------
  71   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  72   double HU2density(double HU);
  73
  74   //--------------------------------------------------------------------
  75   // Return filename extension
  76   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  77
  78   //--------------------------------------------------------------------
  79   // Convert float, double ... to string
  80   template<class T> std::string toString(const T & t);
  81   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  82   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  83   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  84   template <class T> bool fromString(T& t,
  85                                      const std::string& s,
  86                                      std::ios_base& (*f)(std::ios_base&)=std::dec);
  87
  88   //--------------------------------------------------------------------
  89   // Display a progress %
  90   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  91   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  92
  93   //--------------------------------------------------------------------
  94   // Convert a pixel type to another (downcast)
  95   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  96   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  97   template<>
  98   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  99
 100   //--------------------------------------------------------------------
 101   // Return the indexes of sorted values in a vector
 102   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
 103   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
 104   template<class Type>
 105   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 106
 107   //--------------------------------------------------------------------
 108   // Return the name of a type as a string
 109   template<class TPixel>
 110   std::string GetTypeAsString();
 111
 112   //--------------------------------------------------------------------
 113   // Convert radian / degree
 114   double rad2deg(double anglerad);
 115   double deg2rad(double anglerad);
 116
 117   //--------------------------------------------------------------------
 118   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 119
 120   //--------------------------------------------------------------------
 121   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 122   template<class T>
 123   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 124   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 125   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 126   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 127   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 128
 129   //--------------------------------------------------------------------
 130   template<class T1>
 131   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 132     return GetTypeAsString<T1>();
 133   }
 134
 135   template<class T1, class T2>
 136   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 137     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 138     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 139   }
 140
 141   template<class T1, class T2, class T3>
 142   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 143     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 144     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 145   }
 146
 147   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 148   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 149     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 150     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 151   }
 152
 153   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 154   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 155     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 156     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 157   }
 158
 159   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 160   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 161     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 162     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 163   }
 164
 165   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 166   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 167     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 168     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 169   }
 170
 171   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 172   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 173     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 174     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 175   }
 176   //--------------------------------------------------------------------
 177
 178   //--------------------------------------------------------------------
 179   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 180   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 181   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 182   //--------------------------------------------------------------------
 183
 184   //--------------------------------------------------------------------
 185   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 186                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 187                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 188
 189   //--------------------------------------------------------------------
 190   // Open a File for reading/writing
 191   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 192   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 193
 194   //--------------------------------------------------------------------
 195   void readDoubleFromFile(const std::string & filename, std::vector<double> & list);
 196
 197   //--------------------------------------------------------------------
 198   double cotan(double i);
 199   double invcotan(double i);
 200
 201   //--------------------------------------------------------------------
 202   void disableStdCerr();
 203   void enableStdCerr();
 204
 205   //--------------------------------------------------------------------
 206   template<class ImageType>
 207   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 208
 209   //--------------------------------------------------------------------
 210   void PrintMemoryUsed();
 211
 212 #include "clitkCommon.txx"
 213
 214 } // end namespace
 215
 216 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 217