common/clitkCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKCOMMON_H
  20 #define CLITKCOMMON_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkPortability.h"
  24 #include "clitkDD.h"
  25 #include "clitkExceptionObject.h"
  26
  27 // itk include (include std)
  28 #include <itkContinuousIndex.h>
  29 #include <itkMacro.h>
  30 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  31 #include <itkImageRegionIterator.h>
  32
  33 // std include
  34 #include <fstream>
  35
  36 // Include for "rusage"
  37 #include <ctime>
  38 #if defined(unix) || defined(__APPLE__)
  39 #  include <sys/time.h>
  40 #  include <sys/resource.h>
  41 #elif defined(_WIN32)
  42 #  include <windows.h>
  43 #endif
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 namespace clitk {
  47
  48   typedef unsigned char uchar;
  49   typedef unsigned short ushort;
  50   typedef unsigned int uint;
  51
  52 #define CLITK_TRY_CATCH_EXIT(func) \
  53   try { \
  54     func; \
  55   } \
  56   catch (const itk::ExceptionObject& e) { \
  57     e.Print(std::cout); \
  58     exit(-1);\
  59   } \
  60   catch (const std::exception& e) { \
  61     std::cout << e.what() << std::endl; \
  62     exit(-2);\
  63   } \
  64   catch (...) { \
  65     std::cout << "Unknown excpetion" << std::endl; \
  66     exit(-3); \
  67   }
  68
  69
  70   //--------------------------------------------------------------------
  71   // when everything goes wrong
  72 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  73 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  74
  75   //--------------------------------------------------------------------
  76   // GGO with modified struct name
  77 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  78   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  79   cmdline_parser_##ggo_filename##2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                    \
  80   if (args_info.config_given)                                           \
  81     cmdline_parser_##ggo_filename##_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  82   else cmdline_parser_##ggo_filename(argc, argv, &args_info);
  83
  84   //--------------------------------------------------------------------
  85   // skip line with #
  86   void skipComment(std::istream & is);
  87
  88   //--------------------------------------------------------------------
  89   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  90   double HU2density(double HU);
  91
  92   //--------------------------------------------------------------------
  93   // Return filename extension
  94   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  95
  96   //--------------------------------------------------------------------
  97   // Convert float, double ... to string
  98   template<class T> std::string toString(const T & t);
  99   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
 100   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
 101   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
 102   template <class T> bool fromString(T& t,
 103                                      const std::string& s,
 104                                      std::ios_base& (*f)(std::ios_base&)=std::dec);
 105
 106   //--------------------------------------------------------------------
 107   // Display a progress %
 108   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
 109   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
 110
 111   //--------------------------------------------------------------------
 112   // Convert a pixel type to another (downcast)
 113   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
 114   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
 115   template<>
 116   float PixelTypeDownCast(const double & x);
 117
 118   //--------------------------------------------------------------------
 119   // Return the indexes of sorted values in a vector
 120   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
 121   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
 122   template<class Type>
 123   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 124
 125   //--------------------------------------------------------------------
 126   // Return the name of a type as a string
 127   template<class TPixel>
 128   std::string GetTypeAsString();
 129
 130   //--------------------------------------------------------------------
 131   // Convert radian / degree
 132   double rad2deg(double anglerad);
 133   double deg2rad(double anglerad);
 134
 135   //--------------------------------------------------------------------
 136   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 137
 138   //--------------------------------------------------------------------
 139   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 140   template<class T>
 141   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 142   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 143   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 144   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 145   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 146
 147   //--------------------------------------------------------------------
 148   template<class T1>
 149   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 150     return GetTypeAsString<T1>();
 151   }
 152
 153   template<class T1, class T2>
 154   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 155     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 156     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 157   }
 158
 159   template<class T1, class T2, class T3>
 160   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 161     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 162     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 163   }
 164
 165   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 166   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 167     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 168     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 169   }
 170
 171   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 172   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 173     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 174     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 175   }
 176
 177   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 178   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 179     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 180     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 181   }
 182
 183   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 184   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 185     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 186     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 187   }
 188
 189   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 190   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 191     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 192     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 193   }
 194   //--------------------------------------------------------------------
 195
 196   //--------------------------------------------------------------------
 197   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 198   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 199   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 200   //--------------------------------------------------------------------
 201
 202   //--------------------------------------------------------------------
 203   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 204                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 205                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 206
 207   //--------------------------------------------------------------------
 208   // Open a File for reading/writing
 209   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 210   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 211
 212   //--------------------------------------------------------------------
 213   void readDoubleFromFile(const std::string & filename, std::vector<double> & list);
 214
 215   //--------------------------------------------------------------------
 216   double cotan(double i);
 217   double invcotan(double i);
 218
 219   //--------------------------------------------------------------------
 220   void disableStdCerr();
 221   void enableStdCerr();
 222
 223   //--------------------------------------------------------------------
 224   template<class ImageType>
 225   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 226
 227   //--------------------------------------------------------------------
 228   void PrintMemoryUsed();
 229
 230   //--------------------------------------------------------------------
 231   // Convert a map to a vector
 232   template <typename M, typename V>
 233   void MapToVecFirst(const M & m, V & v);
 234   template <typename M, typename V>
 235   void MapToVecSecond(const M & m, V & v);
 236
 237 #include "clitkCommon.txx"
 238
 239 } // end namespace
 240
 241 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 242