common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3
   4 /**
   5    -------------------------------------------------------------------
   6    * @file   clitkCommon.h
   7    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8    * @date   17 May 2006 07:57:56
   9
  10    * @brief
  11
  12    -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // clitk include
  15 #include "clitkPortability.h"
  16
  17 // std include
  18 //#include <config.h>
  19 //#include <cstdlib>
  20 //#include <algorithm>
  21 //#include <iostream>
  22 //#include <string>
  23 //#include <fstream>
  24 //#include <sstream>
  25 //#include <vector>
  26 //#include <math.h>
  27 //#include <typeinfo>
  28 //#include <utility>
  29 //#include <algorithm>
  30
  31 // itk include (include std)
  32 #include <itkContinuousIndex.h>
  33 #include <itkMacro.h>
  34 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  35 #include <itkImageRegionIterator.h>
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 namespace clitk {
  39
  40   typedef unsigned char uchar;
  41   typedef unsigned short ushort;
  42   typedef unsigned int uint;
  43
  44   //--------------------------------------------------------------------
  45   // display
  46 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  47 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  48
  49   //--------------------------------------------------------------------
  50   // when everything goes wrong
  51 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  52 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  53
  54   //--------------------------------------------------------------------
  55   // GGO with modified struct name
  56 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  57   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  58   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  59   if (args_info.config_given)                                           \
  60     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  61   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  62
  63   //--------------------------------------------------------------------
  64   // skip line with #
  65   void skipComment(std::istream & is);
  66
  67   //--------------------------------------------------------------------
  68   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  69   double HU2density(double HU);
  70
  71   //--------------------------------------------------------------------
  72   // Return filename extension
  73   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  74
  75   //--------------------------------------------------------------------
  76   // Convert float, double ... to string
  77   template<class T> std::string toString(const T & t);
  78   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  79   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  80   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  81
  82   //--------------------------------------------------------------------
  83   // Display a progress %
  84   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  85   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  86
  87   //--------------------------------------------------------------------
  88   // Convert a pixel type to another (downcast)
  89   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  90   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  91   template<>
  92   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  93
  94   //--------------------------------------------------------------------
  95   // Return the indexes of sorted values in a vector
  96   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
  97   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
  98   template<class Type>
  99   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 100
 101   //--------------------------------------------------------------------
 102   // Return the name of a type as a string
 103   template<class TPixel>
 104   std::string GetTypeAsString();
 105
 106   //--------------------------------------------------------------------
 107   // Convert radian / degree
 108   double rad2deg(double anglerad);
 109   double deg2rad(double anglerad);
 110
 111   //--------------------------------------------------------------------
 112   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 113
 114   //--------------------------------------------------------------------
 115   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 116   template<class T>
 117   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 118   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 119   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 120   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 121   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 122
 123   //--------------------------------------------------------------------
 124   template<class T1>
 125   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 126     return GetTypeAsString<T1>();
 127   }
 128
 129   template<class T1, class T2>
 130   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 131     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 132     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 133   }
 134
 135   template<class T1, class T2, class T3>
 136   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 137     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 138     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 139   }
 140
 141   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 142   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 143     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 144     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 145   }
 146
 147   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 148   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 149     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 150     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 151   }
 152
 153   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 154   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 155     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 156     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 157   }
 158
 159   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 160   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 161     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 162     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 163   }
 164
 165   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 166   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 167     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 168     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 169   }
 170   //--------------------------------------------------------------------
 171
 172   //--------------------------------------------------------------------
 173   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 174   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 175   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 176   //--------------------------------------------------------------------
 177
 178   //--------------------------------------------------------------------
 179   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 180                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 181                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 182
 183   //--------------------------------------------------------------------
 184   // Open a File for reading/writing
 185   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 186   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 187
 188   //--------------------------------------------------------------------
 189   double cotan(double i);
 190   double invcotan(double i);
 191
 192   //--------------------------------------------------------------------
 193   void disableStdCerr();
 194   void enableStdCerr();
 195
 196   //--------------------------------------------------------------------
 197   template<class ImageType>
 198   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 199
 200 #include "clitkCommon.txx"
 201
 202 } // end namespace
 203
 204 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 205