common/clitkCommon.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKCOMMON_H
  20 #define CLITKCOMMON_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkPortability.h"
  24 #include "clitkDD.h"
  25 #include "clitkExceptionObject.h"
  26
  27 // itk include (include std)
  28 #include <itkContinuousIndex.h>
  29 #include <itkMacro.h>
  30 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  31 #include <itkImageRegionIterator.h>
  32
  33 // std include
  34 #include <fstream>
  35
  36 // Include for "rusage"
  37 #include <ctime>
  38 #if defined(unix) || defined(__APPLE__)
  39 #  include <sys/time.h>
  40 #  include <sys/resource.h>
  41 #elif defined(_WIN32)
  42 #  include <windows.h>
  43 #  include <stdint.h>
  44 #endif
  45
  46 #define VTK_EXCLUDE_STRSTREAM_HEADERS
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 namespace clitk {
  50
  51   typedef unsigned char uchar;
  52   typedef unsigned short ushort;
  53   typedef unsigned int uint;
  54
  55 #define CLITK_TRY_CATCH_EXIT(func) \
  56   try { \
  57     func; \
  58   } \
  59   catch (const itk::ExceptionObject& e) { \
  60     e.Print(std::cout); \
  61     exit(-1);\
  62   } \
  63   catch (const std::exception& e) { \
  64     std::cout << e.what() << std::endl; \
  65     exit(-2);\
  66   } \
  67   catch (...) { \
  68     std::cout << "Unknown excpetion" << std::endl; \
  69     exit(-3); \
  70   }
  71
  72 #ifndef ITK_OVERRIDE
  73 # define ITK_OVERRIDE
  74 #endif
  75
  76   //--------------------------------------------------------------------
  77   // when everything goes wrong
  78 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  79 #define FATAL(a) { std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0); }
  80
  81   //--------------------------------------------------------------------
  82   // GGO with modified struct name
  83 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  84   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  85   cmdline_parser_##ggo_filename##2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                    \
  86   if (args_info.config_given)                                           \
  87     cmdline_parser_##ggo_filename##_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  88   else cmdline_parser_##ggo_filename(argc, argv, &args_info);
  89
  90   //--------------------------------------------------------------------
  91   // skip line with #
  92   void skipComment(std::istream & is);
  93
  94   //--------------------------------------------------------------------
  95   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  96   double HU2density(double HU);
  97
  98   //--------------------------------------------------------------------
  99   // Return filename extension
 100   std::string GetExtension(const std::string& filename);
 101
 102   //--------------------------------------------------------------------
 103   // Convert float, double ... to string
 104   template<class T> std::string toString(const T & t);
 105   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
 106   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
 107   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
 108   template <class T> bool fromString(T& t,
 109                                      const std::string& s,
 110                                      std::ios_base& (*f)(std::ios_base&)=std::dec);
 111
 112   //--------------------------------------------------------------------
 113   // Display a progress %
 114   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
 115   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
 116
 117   //--------------------------------------------------------------------
 118   // Convert a pixel type to another (downcast)
 119   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
 120   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
 121   template<>
 122   float PixelTypeDownCast(const double & x);
 123   template<>
 124   double PixelTypeDownCast(const double & x);
 125
 126   //--------------------------------------------------------------------
 127   // Return the indexes of sorted values in a vector
 128   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
 129   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
 130   template<class Type>
 131   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 132
 133   //--------------------------------------------------------------------
 134   // Return the name of a type as a string
 135   template<class TPixel>
 136   std::string GetTypeAsString();
 137
 138   //--------------------------------------------------------------------
 139   // Convert radian / degree
 140   double rad2deg(double anglerad);
 141   double deg2rad(double anglerad);
 142
 143   //--------------------------------------------------------------------
 144   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 145
 146   //--------------------------------------------------------------------
 147   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 148   template<class T>
 149   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 150   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 151   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 152   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 153   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 154
 155   //--------------------------------------------------------------------
 156   template<class T1>
 157   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 158     return GetTypeAsString<T1>();
 159   }
 160
 161   template<class T1, class T2>
 162   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 163     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 164     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 165   }
 166
 167   template<class T1, class T2, class T3>
 168   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 169     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 170     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 171   }
 172
 173   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 174   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 175     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 176     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 177   }
 178
 179   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 180   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 181     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 182     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 183   }
 184
 185   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 186   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 187     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 188     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 189   }
 190
 191   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 192   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 193     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 194     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 195   }
 196
 197   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 198   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 199     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 200     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 201   }
 202   //--------------------------------------------------------------------
 203
 204   //--------------------------------------------------------------------
 205   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 206   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 207   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 208   //--------------------------------------------------------------------
 209
 210   //--------------------------------------------------------------------
 211   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 212                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 213                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 214
 215   //--------------------------------------------------------------------
 216   // Open a File for reading/writing
 217   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 218   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 219
 220   //--------------------------------------------------------------------
 221   void readDoubleFromFile(const std::string & filename, std::vector<double> & list);
 222
 223   //--------------------------------------------------------------------
 224   double cotan(double i);
 225   double invcotan(double i);
 226
 227   //--------------------------------------------------------------------
 228   void disableStdCerr();
 229   void enableStdCerr();
 230
 231   //--------------------------------------------------------------------
 232   template<class ImageType>
 233   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 234
 235   //--------------------------------------------------------------------
 236   void PrintMemoryUsed();
 237
 238   //--------------------------------------------------------------------
 239   // Convert a map to a vector
 240   template <typename M, typename V>
 241   void MapToVecFirst(const M & m, V & v);
 242   template <typename M, typename V>
 243   void MapToVecSecond(const M & m, V & v);
 244
 245   //--------------------------------------------------------------------
 246   // Find/replace string
 247   template<class T>
 248   int inline findAndReplace(T& source, const T& find, const T& replace);
 249
 250 #include "clitkCommon.txx"
 251
 252 } // end namespace
 253
 254 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */