common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3
   4 /**
   5    -------------------------------------------------------------------
   6    * @file   clitkCommon.h
   7    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8    * @date   17 May 2006 07:57:56
   9
  10    * @brief
  11
  12    -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // std include
  15 #include <config.h>
  16 #include <cstdlib>
  17 #include <algorithm>
  18 #include <iostream>
  19 #include <fstream>
  20 #include <sstream>
  21 #include <vector>
  22 #include <math.h>
  23 #include <typeinfo>
  24
  25 #include "itkMacro.h"
  26 #include <itkContinuousIndex.h>
  27 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  28 #include <itkImageRegionIterator.h>
  29
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31 namespace clitk {
  32
  33 #if defined(WIN32)
  34 #define lrint(x) (floor(x+(x>0) ? 0.5 : -0.5))
  35 #endif
  36
  37   typedef unsigned char uchar;
  38   typedef unsigned short ushort;
  39   typedef unsigned int uint;
  40
  41   //--------------------------------------------------------------------
  42   // display
  43 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  44 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  45
  46   //--------------------------------------------------------------------
  47   // when everything goes wrong
  48 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  49 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  50
  51   //--------------------------------------------------------------------
  52   // GGO with modified struct name
  53 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                             \
  54   gengetopt_args_info_##ggo_filename args_info;                                 \
  55     cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                   \
  56     if (args_info.config_given)                                         \
  57       cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  58     else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  59
  60
  61   /*   //--------------------------------------------------------------------
  62   // GGO default
  63 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  64   gengetopt_args_info_##ggo_filename args_info;                         \
  65   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  66   if (args_info.config_given)                                           \
  67     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  68   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  69
  70  //--------------------------------------------------------------------
  71  */
  72   //--------------------------------------------------------------------
  73   // skip line with #
  74   void skipComment(std::istream & is);
  75
  76   //--------------------------------------------------------------------
  77   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  78   double HU2density(double HU);
  79
  80   //--------------------------------------------------------------------
  81   // Return filename extension
  82   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  83
  84   //--------------------------------------------------------------------
  85   // Convert float, double ... to string
  86   template<class T> std::string toString(const T & t);
  87   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  88   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  89   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  90
  91   //--------------------------------------------------------------------
  92   // Display a progress %
  93   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  94   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  95
  96   //--------------------------------------------------------------------
  97   // Convert a pixel type to another (downcast)
  98   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  99   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
 100   template<>
 101   float PixelTypeDownCast(const double & x);
 102
 103   //--------------------------------------------------------------------
 104   // Return the indexes of sorted values in a vector
 105   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
 106   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
 107   template<class Type>
 108   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 109
 110   //--------------------------------------------------------------------
 111   // Return the name of a type as a string
 112   template<class TPixel>
 113   std::string GetTypeAsString();
 114
 115   //--------------------------------------------------------------------
 116   // Convert radian / degree
 117   double rad2deg(double anglerad);
 118   double deg2rad(double anglerad);
 119
 120   //--------------------------------------------------------------------
 121   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 122
 123   //--------------------------------------------------------------------
 124   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 125   template<class T>
 126   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 127   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 128   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 129   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 130   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 131
 132   //--------------------------------------------------------------------
 133   template<class T1>
 134   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 135     return GetTypeAsString<T1>();
 136   }
 137
 138   template<class T1, class T2>
 139   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 140     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 141     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 142   }
 143
 144   template<class T1, class T2, class T3>
 145   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 146     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 147     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 148   }
 149
 150   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 151   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 152     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 153     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 154   }
 155
 156   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 157   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 158     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 159     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 160   }
 161
 162   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 163   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 164     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 165     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 166   }
 167
 168   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 169   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 170     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 171     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 172   }
 173
 174   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 175   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 176     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 177     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 178   }
 179   //--------------------------------------------------------------------
 180
 181   //--------------------------------------------------------------------
 182   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 183   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 184   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 185   //--------------------------------------------------------------------
 186
 187   //--------------------------------------------------------------------
 188   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 189                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 190                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 191
 192   //--------------------------------------------------------------------
 193   // Open a File for reading/writing
 194   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 195   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 196
 197   //--------------------------------------------------------------------
 198   double cotan(double i);
 199   double invcotan(double i);
 200
 201   //--------------------------------------------------------------------
 202   void disableStdCerr();
 203   void enableStdCerr();
 204
 205   //--------------------------------------------------------------------
 206   template<class ImageType>
 207   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 208
 209 #include "clitkCommon.txx"
 210
 211 } // end namespace
 212
 213 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 214