common/clitkCommon.h

   1 #ifndef CLITKCOMMON_H
   2 #define CLITKCOMMON_H
   3
   4 /**
   5    -------------------------------------------------------------------
   6    * @file   clitkCommon.h
   7    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   8    * @date   17 May 2006 07:57:56
   9
  10    * @brief
  11
  12    -------------------------------------------------------------------*/
  13
  14 // std include
  15 //#include <config.h>
  16 //#include <cstdlib>
  17 //#include <algorithm>
  18 //#include <iostream>
  19 //#include <string>
  20 //#include <fstream>
  21 //#include <sstream>
  22 //#include <vector>
  23 //#include <math.h>
  24 //#include <typeinfo>
  25 //#include <utility>
  26 //#include <algorithm>
  27
  28 // itk include (include std)
  29 #include <itkContinuousIndex.h>
  30 #include <itkMacro.h>
  31 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
  32 #include <itkImageRegionIterator.h>
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 namespace clitk {
  36
  37 #if defined(WIN32)
  38 #  define lrint(x) (floor(x+(x>0) ? 0.5 : -0.5))
  39 #endif
  40
  41 #ifndef M_PI
  42 #  define M_PI 3.141592653589793238462643
  43 #endif
  44
  45
  46   typedef unsigned char uchar;
  47   typedef unsigned short ushort;
  48   typedef unsigned int uint;
  49
  50   //--------------------------------------------------------------------
  51   // display
  52 #define DD(a) std::cout << #a " = [ " << a << " ]" << std::endl;
  53 #define DDV(a,n) { std::cout << #a " = [ "; for(unsigned int _i_=0; _i_<n; _i_++) { std::cout << a[_i_] << " "; }; std::cout << " ]" << std::endl;}
  54
  55   //--------------------------------------------------------------------
  56   // when everything goes wrong
  57 #define WHEREAMI "[ " << __FILE__  << " ] line " << __LINE__
  58 #define FATAL(a) std::cerr << "ERROR in " << WHEREAMI << ": " << a; exit(0);
  59
  60   //--------------------------------------------------------------------
  61   // GGO with modified struct name
  62 #define GGO(ggo_filename, args_info)                                    \
  63   args_info_##ggo_filename args_info;                                   \
  64   cmdline_parser2(argc, argv, &args_info, 1, 1, 0);                     \
  65   if (args_info.config_given)                                           \
  66     cmdline_parser_configfile (args_info.config_arg, &args_info, 0, 0, 1); \
  67   else cmdline_parser(argc, argv, &args_info);
  68
  69   //--------------------------------------------------------------------
  70   // skip line with #
  71   void skipComment(std::istream & is);
  72
  73   //--------------------------------------------------------------------
  74   // linear (rough) conversion from Hounsfield Unit to density
  75   double HU2density(double HU);
  76
  77   //--------------------------------------------------------------------
  78   // Return filename extension
  79   std::string GetExtension(const std::string& filename);
  80
  81   //--------------------------------------------------------------------
  82   // Convert float, double ... to string
  83   template<class T> std::string toString(const T & t);
  84   template<class T> std::string toStringVector(const T * t, const int n);
  85   template<class T> std::string toStringVector(const T & t, const int n);
  86   template<class T> std::string toStringVector(const std::vector<T> & t);
  87
  88   //--------------------------------------------------------------------
  89   // Display a progress %
  90   void VerboseInProgress(const int nb, const int current, const int percentage);
  91   void VerboseInProgressInPercentage(const int nb, const int current, const int percentage);
  92
  93   //--------------------------------------------------------------------
  94   // Convert a pixel type to another (downcast)
  95   template<class TPixelUp, class TPixelDown>
  96   TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x);
  97   template<>
  98   float PixelTypeDownCast(const double & x);
  99
 100   //--------------------------------------------------------------------
 101   // Return the indexes of sorted values in a vector
 102   template<class Type> struct vectorComparisonLowerThan;
 103   template<class Type> struct vectorComparisonGreaterThan;
 104   template<class Type>
 105   void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing=true);
 106
 107   //--------------------------------------------------------------------
 108   // Return the name of a type as a string
 109   template<class TPixel>
 110   std::string GetTypeAsString();
 111
 112   //--------------------------------------------------------------------
 113   // Convert radian / degree
 114   double rad2deg(double anglerad);
 115   double deg2rad(double anglerad);
 116
 117   //--------------------------------------------------------------------
 118   int GetTypeSizeFromString(const std::string & type);
 119
 120   //--------------------------------------------------------------------
 121   // Special case to handle "signed_char = schar" ...
 122   template<class T>
 123   bool IsSameType(std::string t) { return (t==GetTypeAsString<T>()); }
 124   template<> bool IsSameType<char>(std::string t);
 125   template<> bool IsSameType<signed char>(std::string t);
 126   template<> bool IsSameType<unsigned char>(std::string t);
 127   template<> bool IsSameType<unsigned short>(std::string t);
 128
 129   //--------------------------------------------------------------------
 130   template<class T1>
 131   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 132     return GetTypeAsString<T1>();
 133   }
 134
 135   template<class T1, class T2>
 136   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 137     if (last) return CreateListOfTypes<T1>()+" and "+CreateListOfTypes<T2>();
 138     else return CreateListOfTypes<T1>()+", "+CreateListOfTypes<T2>();
 139   }
 140
 141   template<class T1, class T2, class T3>
 142   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 143     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T3>();
 144     else return CreateListOfTypes<T1,T2>(false)+", "+CreateListOfTypes<T3>();
 145   }
 146
 147   template<class T1, class T2, class T3, class T4>
 148   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 149     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T4>();
 150     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3>(false)+", "+CreateListOfTypes<T4>();
 151   }
 152
 153   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5>
 154   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 155     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T5>();
 156     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4>(false)+", "+CreateListOfTypes<T5>();
 157   }
 158
 159   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6>
 160   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 161     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T6>();
 162     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5>(false)+", "+CreateListOfTypes<T6>();
 163   }
 164
 165   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7>
 166   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 167     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T7>();
 168     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6>(false)+", "+CreateListOfTypes<T7>();
 169   }
 170
 171   template<class T1, class T2, class T3, class T4, class T5, class T6, class T7, class T8>
 172   std::string CreateListOfTypes(bool last=true) {
 173     if (last) return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+" and "+CreateListOfTypes<T8>();
 174     else return CreateListOfTypes<T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7>(false)+", "+CreateListOfTypes<T8>();
 175   }
 176   //--------------------------------------------------------------------
 177
 178   //--------------------------------------------------------------------
 179   void FindAndReplace(std::string & line, const std::string & tofind, const std::string & replacement);
 180   void FindAndReplace(std::string & line, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace);
 181   void FindAndReplace(std::ifstream & in, const std::vector<std::string> & tofind, const std::vector<std::string> & toreplace, std::ofstream & out);
 182   //--------------------------------------------------------------------
 183
 184   //--------------------------------------------------------------------
 185   double ComputeEuclideanDistanceFromPointToPlane(const itk::ContinuousIndex<double, 3> point,
 186                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> pointInPlane,
 187                                                   const itk::ContinuousIndex<double, 3> normalPlane);
 188
 189   //--------------------------------------------------------------------
 190   // Open a File for reading/writing
 191   void openFileForReading(std::ifstream & is, const std::string & filename);
 192   void openFileForWriting(std::ofstream & os, const std::string & filename);
 193
 194   //--------------------------------------------------------------------
 195   double cotan(double i);
 196   double invcotan(double i);
 197
 198   //--------------------------------------------------------------------
 199   void disableStdCerr();
 200   void enableStdCerr();
 201
 202   //--------------------------------------------------------------------
 203   template<class ImageType>
 204   void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output);
 205
 206 #include "clitkCommon.txx"
 207
 208 } // end namespace
 209
 210 #endif /* end #define CLITKCOMMON_H */
 211