common/clitkCommon.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKCOMMON_TXX
  19 #define CLITKCOMMON_TXX
  20
  21 //-------------------------------------------------------
  22 // Utility functions for text file parsing (author: joel schaerer)
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  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ElementType>
  26 ElementType parse_value(std::string str)
  27 {
  28   std::istringstream parser(str);
  29   ElementType value;
  30   parser >> value;
  31   assert(!parser.fail());
  32   return value;
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class ElementType>
  39 std::vector<ElementType> parse_string(std::string str,char delim)
  40 {
  41   std::istringstream ss(str);
  42   std::string token;
  43   std::vector<ElementType> result;
  44   while (std::getline(ss,token,delim)) {
  45     result.push_back(parse_value<ElementType>(token));
  46   }
  47   return result;
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 template<class ElementType>
  54 std::vector<std::vector<ElementType> > parse_file(const char* filename,char delim)
  55 {
  56   std::ifstream fs(filename);
  57   std::string line;
  58   std::vector<std::vector<ElementType> > result;
  59   while (std::getline(fs,line)) {
  60     if (line[0] != '#') //skip comments
  61       result.push_back(parse_string<ElementType>(line,delim));
  62   }
  63   return result;
  64 }
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69 // Convert float, double ... to string
  70 template<class T>
  71 std::string toString(const T & t)
  72 {
  73   std::ostringstream myStream;
  74   myStream << t << std::flush;
  75   return(myStream.str());
  76 }
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78
  79
  80 //--------------------------------------------------------------------
  81 // http://www.codeguru.com/forum/showthread.php?t=231054
  82 template <class T>
  83 bool fromString(T& t, const std::string& s,
  84                 std::ios_base& (*f)(std::ios_base&))
  85 {
  86   std::istringstream iss(s);
  87   return !(iss >> f >> t).fail();
  88 }
  89 //--------------------------------------------------------------------
  90
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 // Convert float*, double* ... to string
  94 template<class T>
  95 std::string toStringVector(const T * t, const int n)
  96 {
  97   std::ostringstream myStream;
  98   for(int i=0; i<n-1; i++)
  99     myStream << clitk::toString<T>(t[i]) << " ";
 100   myStream << clitk::toString<T>(t[n-1]) << std::flush;
 101   return(myStream.str());
 102 }
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 // Convert float*, double* ... to string
 107 template<class T>
 108 std::string toStringVector(const T & t, const int n)
 109 {
 110   std::ostringstream myStream;
 111   for(int i=0; i<n-1; i++)
 112     myStream << t[i] << " ";
 113   myStream << t[n-1] << std::flush;
 114   return(myStream.str());
 115 }
 116 //--------------------------------------------------------------------
 117
 118 //--------------------------------------------------------------------
 119 // Convert float*, double* ... to string
 120 template<class T>
 121 std::string toStringVector(const std::vector<T> & t)
 122 {
 123   return toStringVector(&t[0], t.size());
 124 }
 125 //--------------------------------------------------------------------
 126
 127 //--------------------------------------------------------------------
 128 // Convert a pixel type to another (downcast)
 129 template<class TPixelUp, class TPixelDown>
 130 TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x)
 131 {
 132   return (TPixelDown)lrint(x);
 133 }
 134 //--------------------------------------------------------------------
 135
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137 template<class Type>
 138 struct vectorComparisonLowerThan: public std::binary_function<int, int, bool> {
 139   vectorComparisonLowerThan(const std::vector<Type> & v):vect(v) {};
 140   bool operator()(int x, int y) {
 141     return (vect[x] < vect[y]);
 142   }
 143   const std::vector<Type> & vect;
 144 };
 145 //--------------------------------------------------------------------
 146
 147 //--------------------------------------------------------------------
 148 template<class Type>
 149 struct vectorComparisonGreaterThan: public std::binary_function<int, int, bool> {
 150   vectorComparisonGreaterThan(const std::vector<Type> & v):vect(v) {};
 151   bool operator()(int x, int y) {
 152     return (vect[x] > vect[y]);
 153   }
 154   const std::vector<Type> & vect;
 155 };
 156 //--------------------------------------------------------------------
 157
 158 //--------------------------------------------------------------------
 159 template<class Type>
 160 void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing)
 161 {
 162   index.resize(toSort.size());
 163   for(unsigned int i=0; i<index.size(); i++) index[i] = i;
 164   if (increasing)
 165     std::sort(index.begin(),
 166               index.end(),
 167               vectorComparisonLowerThan<double>(toSort));
 168   else
 169     std::sort(index.begin(),
 170               index.end(),
 171               vectorComparisonGreaterThan<double>(toSort));
 172 }
 173 //--------------------------------------------------------------------
 174
 175 //--------------------------------------------------------------------
 176 template<class TPixel>
 177 std::string GetTypeAsString()
 178 {
 179   //  http://www.vtk.org/doc/release/3/html/vtkSetGet_8h-source.html
 180   // and
 181   // itkImageIOBase.cxx
 182   const std::type_info & PixType = typeid(TPixel);
 183   std::string pixelName;
 184   if (PixType == typeid(char)) pixelName = "char"; // 'plain" char is different from signed char and unsigned char ...
 185   else if (PixType == typeid(signed char)) pixelName = "signed_char";
 186   else if (PixType == typeid(unsigned char)) pixelName = "unsigned_char";
 187   else if (PixType == typeid(short)) pixelName = "short";
 188   else if (PixType == typeid(unsigned short)) pixelName = "unsigned_short";
 189   else if (PixType == typeid(int)) pixelName = "int";
 190   else if (PixType == typeid(unsigned int)) pixelName = "unsigned_int";
 191   else if (PixType == typeid(float)) pixelName = "float";
 192   else if (PixType == typeid(double)) pixelName = "double";
 193   else pixelName = PixType.name();
 194   return pixelName;
 195 }
 196 //--------------------------------------------------------------------
 197
 198 //--------------------------------------------------------------------
 199 template<class ImageType>
 200 void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output)
 201 {
 202   output->SetRegions(input->GetLargestPossibleRegion());
 203   output->SetOrigin(input->GetOrigin());
 204   output->SetSpacing(input->GetSpacing());
 205   output->Allocate();
 206   typedef itk::ImageRegionConstIterator<ImageType> ConstIteratorType;
 207   ConstIteratorType pi(input,input->GetLargestPossibleRegion());
 208   pi.GoToBegin();
 209   typedef itk::ImageRegionIterator<ImageType> IteratorType;
 210   IteratorType po(output,input->GetLargestPossibleRegion());
 211   po.GoToBegin();
 212   while (!pi.IsAtEnd()) {
 213     po.Set(pi.Get());
 214     ++pi;
 215     ++po;
 216   }
 217 }
 218 //--------------------------------------------------------------------
 219
 220 #endif /* end #define CLITKCOMMON_TXX */
 221