common/clitkCommon.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKCOMMON_TXX
  19 #define CLITKCOMMON_TXX
  20
  21 //-------------------------------------------------------
  22 // Utility functions for text file parsing (author: joel schaerer)
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 template<class ElementType>
  26 ElementType parse_value(std::string str)
  27 {
  28   std::istringstream parser(str);
  29   ElementType value;
  30   parser >> value;
  31   assert(!parser.fail());
  32   return value;
  33 }
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class ElementType>
  39 std::vector<ElementType> parse_string(std::string str,char delim)
  40 {
  41   std::istringstream ss(str);
  42   std::string token;
  43   std::vector<ElementType> result;
  44   while (std::getline(ss,token,delim)) {
  45     result.push_back(parse_value<ElementType>(token));
  46   }
  47   return result;
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 template<class ElementType>
  54 std::vector<std::vector<ElementType> > parse_file(const char* filename,char delim)
  55 {
  56   std::ifstream fs(filename);
  57   std::string line;
  58   std::vector<std::vector<ElementType> > result;
  59   while (std::getline(fs,line)) {
  60     if (line[0] != '#') //skip comments
  61       result.push_back(parse_string<ElementType>(line,delim));
  62   }
  63   return result;
  64 }
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69 // Convert float, double ... to string
  70 template<class T>
  71 std::string toString(const T & t)
  72 {
  73   std::ostringstream myStream;
  74   myStream << t << std::flush;
  75   return(myStream.str());
  76 }
  77 //--------------------------------------------------------------------
  78
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80 // Convert float*, double* ... to string
  81 template<class T>
  82 std::string toStringVector(const T * t, const int n)
  83 {
  84   std::ostringstream myStream;
  85   for(int i=0; i<n-1; i++)
  86     myStream << clitk::toString<T>(t[i]) << " ";
  87   myStream << clitk::toString<T>(t[n-1]) << std::flush;
  88   return(myStream.str());
  89 }
  90 //--------------------------------------------------------------------
  91
  92 //--------------------------------------------------------------------
  93 // Convert float*, double* ... to string
  94 template<class T>
  95 std::string toStringVector(const T & t, const int n)
  96 {
  97   std::ostringstream myStream;
  98   for(int i=0; i<n-1; i++)
  99     myStream << t[i] << " ";
 100   myStream << t[n-1] << std::flush;
 101   return(myStream.str());
 102 }
 103 //--------------------------------------------------------------------
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 // Convert float*, double* ... to string
 107 template<class T>
 108 std::string toStringVector(const std::vector<T> & t)
 109 {
 110   return toStringVector(&t[0], t.size());
 111 }
 112 //--------------------------------------------------------------------
 113
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115 // Convert a pixel type to another (downcast)
 116 template<class TPixelUp, class TPixelDown>
 117 TPixelDown PixelTypeDownCast(const TPixelUp & x)
 118 {
 119   return (TPixelDown)lrint(x);
 120 }
 121 //--------------------------------------------------------------------
 122
 123 //--------------------------------------------------------------------
 124 template<class Type>
 125 struct vectorComparisonLowerThan: public std::binary_function<int, int, bool> {
 126   vectorComparisonLowerThan(const std::vector<Type> & v):vect(v) {};
 127   bool operator()(int x, int y) {
 128     return (vect[x] < vect[y]);
 129   }
 130   const std::vector<Type> & vect;
 131 };
 132 //--------------------------------------------------------------------
 133
 134 //--------------------------------------------------------------------
 135 template<class Type>
 136 struct vectorComparisonGreaterThan: public std::binary_function<int, int, bool> {
 137   vectorComparisonGreaterThan(const std::vector<Type> & v):vect(v) {};
 138   bool operator()(int x, int y) {
 139     return (vect[x] > vect[y]);
 140   }
 141   const std::vector<Type> & vect;
 142 };
 143 //--------------------------------------------------------------------
 144
 145 //--------------------------------------------------------------------
 146 template<class Type>
 147 void GetSortedIndex(const std::vector<Type> & toSort, std::vector<int> & index, bool increasing)
 148 {
 149   index.resize(toSort.size());
 150   for(unsigned int i=0; i<index.size(); i++) index[i] = i;
 151   if (increasing)
 152     std::sort(index.begin(),
 153               index.end(),
 154               vectorComparisonLowerThan<double>(toSort));
 155   else
 156     std::sort(index.begin(),
 157               index.end(),
 158               vectorComparisonGreaterThan<double>(toSort));
 159 }
 160 //--------------------------------------------------------------------
 161
 162 //--------------------------------------------------------------------
 163 template<class TPixel>
 164 std::string GetTypeAsString()
 165 {
 166   //  http://www.vtk.org/doc/release/3/html/vtkSetGet_8h-source.html
 167   // and
 168   // itkImageIOBase.cxx
 169   const std::type_info & PixType = typeid(TPixel);
 170   std::string pixelName;
 171   if (PixType == typeid(char)) pixelName = "char"; // 'plain" char is different from signed char and unsigned char ...
 172   else if (PixType == typeid(signed char)) pixelName = "signed_char";
 173   else if (PixType == typeid(unsigned char)) pixelName = "unsigned_char";
 174   else if (PixType == typeid(short)) pixelName = "short";
 175   else if (PixType == typeid(unsigned short)) pixelName = "unsigned_short";
 176   else if (PixType == typeid(int)) pixelName = "int";
 177   else if (PixType == typeid(unsigned int)) pixelName = "unsigned_int";
 178   else if (PixType == typeid(float)) pixelName = "float";
 179   else if (PixType == typeid(double)) pixelName = "double";
 180   else pixelName = PixType.name();
 181   return pixelName;
 182 }
 183 //--------------------------------------------------------------------
 184
 185 //--------------------------------------------------------------------
 186 template<class ImageType>
 187 void CloneImage(const typename ImageType::Pointer & input, typename ImageType::Pointer & output)
 188 {
 189   output->SetRegions(input->GetLargestPossibleRegion());
 190   output->SetOrigin(input->GetOrigin());
 191   output->SetSpacing(input->GetSpacing());
 192   output->Allocate();
 193   typedef itk::ImageRegionConstIterator<ImageType> ConstIteratorType;
 194   ConstIteratorType pi(input,input->GetLargestPossibleRegion());
 195   pi.GoToBegin();
 196   typedef itk::ImageRegionIterator<ImageType> IteratorType;
 197   IteratorType po(output,input->GetLargestPossibleRegion());
 198   po.GoToBegin();
 199   while (!pi.IsAtEnd()) {
 200     po.Set(pi.Get());
 201     ++pi;
 202     ++po;
 203   }
 204 }
 205 //--------------------------------------------------------------------
 206
 207 #endif /* end #define CLITKCOMMON_TXX */
 208