common/clitkDicomRT_Contour.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
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  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  21 #include <vtkCellArray.h>
  22
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  24 #include "gdcmAttribute.h"
  25 #include "gdcmItem.h"
  26 #endif
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 clitk::DicomRT_Contour::DicomRT_Contour()
  30 {
  31   mMeshIsUpToDate = false;
  32   mNbOfPoints = 0;
  33   mZ = -1;
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 clitk::DicomRT_Contour::~DicomRT_Contour()
  40 {
  41
  42 }
  43 //--------------------------------------------------------------------
  44
  45
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 void clitk::DicomRT_Contour::Print(std::ostream & os) const
  49 {
  50   DD("TODO : print Contours");
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  57 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::Item const & item)
  58 {
  59   const gdcm::DataSet& nestedds2 = item.GetNestedDataSet();
  60
  61   // Contour type [Contour Geometric Type]
  62   gdcm::Attribute<0x3006,0x0042> contgeotype;
  63   contgeotype.SetFromDataSet( nestedds2 );
  64
  65   if (contgeotype.GetValue() != "CLOSED_PLANAR " && contgeotype.GetValue() != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
  66     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
  67     return false;
  68   }
  69   if (contgeotype.GetValue() == "POINT ") {
  70     std::cerr << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
  71       << std::endl;
  72   }
  73
  74   gdcm::Attribute<0x3006,0x0046> numcontpoints;
  75   numcontpoints.SetFromDataSet( nestedds2 );
  76   // Number of points [Number of Contour Points]
  77   mNbOfPoints = numcontpoints.GetValue();
  78   // DD(mNbOfPoints);
  79
  80   gdcm::Attribute<0x3006,0x0050> at;
  81   gdcm::Tag tcontourdata(0x3006,0x0050);
  82   const gdcm::DataElement & contourdata = nestedds2.GetDataElement( tcontourdata );
  83   at.SetFromDataElement( contourdata );
  84   const double* points = at.GetValues();
  85
  86   assert(at.GetNumberOfValues() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
  87
  88   // Organize values
  89   mData = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
  90   mData->SetDataTypeToDouble();
  91   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
  92   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
  93     double p[3];
  94     p[0] = points[i*3];
  95     p[1] = points[i*3+1];
  96     p[2] = points[i*3+2];
  97     mData->SetPoint(i, p);
  98     if (mZ == -1) mZ = p[2];
  99     if (p[2] != mZ) {
 100       DD(i);
 101       DD(p[2]);
 102       DD(mZ);
 103       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
 104       assert(p[2] == mZ);
 105     }
 106   }
 107
 108   return true;
 109
 110 }
 111 #else
 112 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::SQItem * item)
 113 {
 114
 115   // Contour type [Contour Geometric Type]
 116   mType = item->GetEntryValue(0x3006,0x0042);
 117   // DD(mType);
 118   if (mType != "CLOSED_PLANAR " && mType != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
 119     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
 120     return false;
 121   }
 122   if (mType == "POINT ") {
 123     std::cerr << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
 124       << std::endl;
 125   }
 126
 127   // Number of points [Number of Contour Points]
 128   mNbOfPoints = parse_value<int>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0046));
 129   // DD(mNbOfPoints);
 130
 131   // Read values [Contour Data]
 132   std::vector<float> points = parse_string<float>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0050),'\\');
 133   assert(points.size() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
 134
 135   // Organize values
 136   mData = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
 137   mData->SetDataTypeToDouble();
 138   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
 139   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
 140     double p[3];
 141     p[0] = points[i*3];
 142     p[1] = points[i*3+1];
 143     p[2] = points[i*3+2];
 144     mData->SetPoint(i, p);
 145     if (mZ == -1) mZ = p[2];
 146     if (p[2] != mZ) {
 147       DD(i);
 148       DD(p[2]);
 149       DD(mZ);
 150       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
 151       assert(p[2] == mZ);
 152     }
 153   }
 154
 155   return true;
 156 }
 157 #endif
 158 //--------------------------------------------------------------------
 159
 160
 161 //--------------------------------------------------------------------
 162 vtkPolyData * clitk::DicomRT_Contour::GetMesh()
 163 {
 164   if (!mMeshIsUpToDate) {
 165     ComputeMesh();
 166   }
 167   return mMesh;
 168 }
 169 //--------------------------------------------------------------------
 170
 171
 172 //--------------------------------------------------------------------
 173 void clitk::DicomRT_Contour::ComputeMesh()
 174 {
 175 //  DD("ComputeMesh Contour");
 176   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
 177   mMesh->Allocate(); //for cell structures
 178   mPoints = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
 179   mMesh->SetPoints(mPoints);
 180   vtkIdType ids[2];
 181   for (unsigned int idx=0 ; idx<mNbOfPoints ; idx++) {
 182     mMesh->GetPoints()->InsertNextPoint(mData->GetPoint(idx)[0],
 183                                         mData->GetPoint(idx)[1],
 184                                         mData->GetPoint(idx)[2]);
 185     ids[0]=idx;
 186     ids[1]=(ids[0]+1) % mNbOfPoints; //0-1,1-2,...,n-1-0
 187     // DD(ids[0]);
 188 //     DD(ids[1]);
 189     mMesh->GetLines()->InsertNextCell(2,ids);
 190   }
 191   // DD(mMesh->GetNumberOfCells());
 192   mMeshIsUpToDate = true;
 193 }
 194 //--------------------------------------------------------------------