]> Creatis software - clitk.git/blob - common/clitkDicomRT_Contour.cxx
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[clitk.git] / common / clitkDicomRT_Contour.cxx
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2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3   Main authors :   XX XX XX
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5   Authors belongs to:
6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
13
14   It is distributed under dual licence
15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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18   =========================================================================*/
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20 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
21 #include <vtkCellArray.h>
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23 //--------------------------------------------------------------------
24 clitk::DicomRT_Contour::DicomRT_Contour()
25 {
26   mMeshIsUpToDate = false;
27   mNbOfPoints = 0;
28   mZ = -1;
29 }
30 //--------------------------------------------------------------------
31
32
33 //--------------------------------------------------------------------
34 clitk::DicomRT_Contour::~DicomRT_Contour()
35 {
36
37 }
38 //--------------------------------------------------------------------
39
40
41
42 //--------------------------------------------------------------------
43 void clitk::DicomRT_Contour::Print(std::ostream & os) const
44 {
45   DD("TODO : print Contours");
46 }
47 //--------------------------------------------------------------------
48
49
50 //--------------------------------------------------------------------
51 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::SQItem * item)
52 {
53
54   // Contour type [Contour Geometric Type]
55   mType = item->GetEntryValue(0x3006,0x0042);
56   // DD(mType);
57   if (mType != "CLOSED_PLANAR " && mType != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
58     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
59     return false;
60   }
61   if (mType == "POINT ") {
62     std::cerr << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
63       << std::endl;
64   }
65
66   // Number of points [Number of Contour Points]
67   mNbOfPoints = parse_value<int>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0046));
68   // DD(mNbOfPoints);
69
70   // Read values [Contour Data]
71   std::vector<float> points = parse_string<float>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0050),'\\');
72   assert(points.size() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
73
74   // Organize values
75   mData = vtkPoints::New();
76   mData->SetDataTypeToDouble();
77   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
78   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
79     double p[3];
80     p[0] = points[i*3];
81     p[1] = points[i*3+1];
82     p[2] = points[i*3+2];
83     mData->SetPoint(i, p);
84     if (mZ == -1) mZ = p[2];
85     if (p[2] != mZ) {
86       DD(i);
87       DD(p[2]);
88       DD(mZ);
89       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
90       assert(p[2] == mZ);
91     }
92   }
93
94   return true;
95 }
96 //--------------------------------------------------------------------
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98
99 //--------------------------------------------------------------------
100 vtkPolyData * clitk::DicomRT_Contour::GetMesh()
101 {
102   if (!mMeshIsUpToDate) {
103     ComputeMesh();
104   }
105   return mMesh;
106 }
107 //--------------------------------------------------------------------
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110 //--------------------------------------------------------------------
111 void clitk::DicomRT_Contour::ComputeMesh()
112 {
113 //  DD("ComputeMesh Contour");
114   mMesh = vtkPolyData::New();
115   mMesh->Allocate(); //for cell structures
116   mMesh->SetPoints(vtkPoints::New());
117   vtkIdType ids[2];
118   for (unsigned int idx=0 ; idx<mNbOfPoints ; idx++) {
119     mMesh->GetPoints()->InsertNextPoint(mData->GetPoint(idx)[0],
120                                         mData->GetPoint(idx)[1],
121                                         mData->GetPoint(idx)[2]);
122     ids[0]=idx;
123     ids[1]=(ids[0]+1) % mNbOfPoints; //0-1,1-2,...,n-1-0
124     // DD(ids[0]);
125 //     DD(ids[1]);
126     mMesh->GetLines()->InsertNextCell(2,ids);
127   }
128   // DD(mMesh->GetNumberOfCells());
129   mMeshIsUpToDate = true;
130 }
131 //--------------------------------------------------------------------