]> Creatis software - clitk.git/blob - common/clitkDicomRT_Contour.cxx
Add rotate and translate option to clitkAffineTransform
[clitk.git] / common / clitkDicomRT_Contour.cxx
1 /*=========================================================================
2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3   Main authors :   XX XX XX
4
5   Authors belongs to:
6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
9
10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
13
14   It is distributed under dual licence
15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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18   =========================================================================*/
19
20 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
21 #include <vtkCellArray.h>
22
23 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
24 #include "gdcmAttribute.h"
25 #include "gdcmItem.h"
26 #endif
27
28 //--------------------------------------------------------------------
29 clitk::DicomRT_Contour::DicomRT_Contour()
30 {
31   mMeshIsUpToDate = false;
32   mNbOfPoints = 0;
33   mZ = -1;
34 }
35 //--------------------------------------------------------------------
36
37
38 //--------------------------------------------------------------------
39 clitk::DicomRT_Contour::~DicomRT_Contour()
40 {
41
42 }
43 //--------------------------------------------------------------------
44
45
46
47 //--------------------------------------------------------------------
48 void clitk::DicomRT_Contour::Print(std::ostream & os) const
49 {
50   DD("TODO : print Contours");
51 }
52 //--------------------------------------------------------------------
53
54
55 //--------------------------------------------------------------------
56 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
57 void clitk::DicomRT_Contour::UpdateDicomItem()
58 {
59   DD("DicomRT_Contour::UpdateDicomItem");
60
61   gdcm::DataSet & nestedds = mItem->GetNestedDataSet();
62
63   //NON CONSIDER CONTOUR ITEM NOT SEQ ITEM ?
64
65   // Contour type [Contour Geometric Type]
66   gdcm::Attribute<0x3006,0x0042> contgeotype;
67   contgeotype.SetFromDataSet( nestedds );
68
69   // Number of points [Number of Contour Points]
70   gdcm::Attribute<0x3006,0x0046> numcontpoints;
71   numcontpoints.SetFromDataSet( nestedds );
72   DD(mNbOfPoints);
73   mNbOfPoints = numcontpoints.GetValue();
74   DD(mNbOfPoints);
75
76   // Contour dicom values from DataPoints
77   //ComputeDataPointsFromMesh();
78   uint nb = mData->GetNumberOfPoints();
79   std::vector<double> points;
80   points.resize(mNbOfPoints*3);
81   for(unsigned int i=0; i<nb; i++) {
82     double * p = mData->GetPoint(i);
83     points[i*3] = p[0];
84     points[i*3+1] = p[1];
85     points[i*3+2] = p[2];
86   }
87
88   // Get attribute
89   gdcm::Attribute<0x3006,0x0050> at;
90   gdcm::Tag tcontourdata(0x3006,0x0050);
91   gdcm::DataElement contourdata = nestedds.GetDataElement( tcontourdata );
92   at.SetFromDataElement( contourdata );
93
94   // Set attribute
95   at.SetValues(&points[0], points.size(), false);
96   DD(at.GetValues()[0]);
97   
98   DD("replace");
99   nestedds.Replace(at.GetAsDataElement());
100   DD("done");
101
102   // Change Number of points [Number of Contour Points]
103   numcontpoints.SetValue(nb);
104   nestedds.Replace(numcontpoints.GetAsDataElement());
105
106   // Test
107   gdcm::DataElement aa = nestedds.GetDataElement( tcontourdata );
108   at.SetFromDataElement( aa );
109   const double* bb = at.GetValues();
110   DD(bb[0]);
111
112 }
113 #endif
114 //--------------------------------------------------------------------
115
116
117 //--------------------------------------------------------------------
118 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
119 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::Item * item)
120 {
121   mItem = item;
122   
123   const gdcm::DataSet& nestedds2 = item->GetNestedDataSet();
124
125   // Contour type [Contour Geometric Type]
126   gdcm::Attribute<0x3006,0x0042> contgeotype;
127   contgeotype.SetFromDataSet( nestedds2 );
128
129   if (contgeotype.GetValue() != "CLOSED_PLANAR " && contgeotype.GetValue() != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
130     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
131     return false;
132   }
133   if (contgeotype.GetValue() == "POINT ") {
134     std::cerr << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
135       << std::endl;
136   }
137
138   gdcm::Attribute<0x3006,0x0046> numcontpoints;
139   numcontpoints.SetFromDataSet( nestedds2 );
140   // Number of points [Number of Contour Points]
141   mNbOfPoints = numcontpoints.GetValue();
142   // DD(mNbOfPoints);
143
144   gdcm::Attribute<0x3006,0x0050> at;
145   gdcm::Tag tcontourdata(0x3006,0x0050);
146   const gdcm::DataElement & contourdata = nestedds2.GetDataElement( tcontourdata );
147   at.SetFromDataElement( contourdata );
148   const double* points = at.GetValues();
149   //  unsigned int npts = at.GetNumberOfValues() / 3;
150   assert(at.GetNumberOfValues() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
151
152   // Organize values
153   mData = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
154   mData->SetDataTypeToDouble();
155   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
156   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
157     double p[3];
158     p[0] = points[i*3];
159     p[1] = points[i*3+1];
160     p[2] = points[i*3+2];
161     mData->SetPoint(i, p);
162     if (mZ == -1) mZ = p[2];
163     if (p[2] != mZ) {
164       DD(i);
165       DD(p[2]);
166       DD(mZ);
167       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
168       assert(p[2] == mZ);
169     }
170   }
171
172   return true;
173
174 }
175 #else
176 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::SQItem * item)
177 {
178
179   // Contour type [Contour Geometric Type]
180   mType = item->GetEntryValue(0x3006,0x0042);
181   // DD(mType);
182   if (mType != "CLOSED_PLANAR " && mType != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
183     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
184     return false;
185   }
186   if (mType == "POINT ") {
187     std::cerr << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
188       << std::endl;
189   }
190
191   // Number of points [Number of Contour Points]
192   mNbOfPoints = parse_value<int>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0046));
193   // DD(mNbOfPoints);
194
195   // Read values [Contour Data]
196   std::vector<float> points = parse_string<float>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0050),'\\');
197   assert(points.size() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
198
199   // Organize values
200   mData = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
201   mData->SetDataTypeToDouble();
202   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
203   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
204     double p[3];
205     p[0] = points[i*3];
206     p[1] = points[i*3+1];
207     p[2] = points[i*3+2];
208     mData->SetPoint(i, p);
209     if (mZ == -1) mZ = p[2];
210     if (p[2] != mZ) {
211       DD(i);
212       DD(p[2]);
213       DD(mZ);
214       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
215       assert(p[2] == mZ);
216     }
217   }
218
219   return true;
220 }
221 #endif
222 //--------------------------------------------------------------------
223
224
225 //--------------------------------------------------------------------
226 vtkPolyData * clitk::DicomRT_Contour::GetMesh()
227 {
228   if (!mMeshIsUpToDate) {
229     ComputeMeshFromDataPoints();
230   }
231   return mMesh;
232 }
233 //--------------------------------------------------------------------
234
235
236 //--------------------------------------------------------------------
237 void clitk::DicomRT_Contour::SetMesh(vtkPolyData * mesh)
238 {
239   mMesh = mesh;
240 }
241 //--------------------------------------------------------------------
242
243
244 //--------------------------------------------------------------------
245 void clitk::DicomRT_Contour::ComputeMeshFromDataPoints()
246 {
247 //  DD("ComputeMesh Contour");
248   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
249   mMesh->Allocate(); //for cell structures
250   mPoints = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
251   mMesh->SetPoints(mPoints);
252   vtkIdType ids[2];
253   for (unsigned int idx=0 ; idx<mNbOfPoints ; idx++) {
254     mMesh->GetPoints()->InsertNextPoint(mData->GetPoint(idx)[0],
255                                         mData->GetPoint(idx)[1],
256                                         mData->GetPoint(idx)[2]);
257     ids[0]=idx;
258     ids[1]=(ids[0]+1) % mNbOfPoints; //0-1,1-2,...,n-1-0
259     mMesh->GetLines()->InsertNextCell(2,ids);
260   }
261   mMeshIsUpToDate = true;
262 }
263 //--------------------------------------------------------------------
264
265
266 //--------------------------------------------------------------------
267 void clitk::DicomRT_Contour::ComputeDataPointsFromMesh()
268 {
269   DD("ComputeDataPointsFromMesh");
270
271
272   /*todo
273
274   mMesh = vtkSmartPointer<vtkPolyData>::New();
275   mMesh->Allocate(); //for cell structures
276   mPoints = vtkSmartPointer<vtkPoints>::New();
277   mMesh->SetPoints(mPoints);
278   vtkIdType ids[2];
279   for (unsigned int idx=0 ; idx<mNbOfPoints ; idx++) {
280     mMesh->GetPoints()->InsertNextPoint(mData->GetPoint(idx)[0],
281                                         mData->GetPoint(idx)[1],
282                                         mData->GetPoint(idx)[2]);
283     ids[0]=idx;
284     ids[1]=(ids[0]+1) % mNbOfPoints; //0-1,1-2,...,n-1-0
285     mMesh->GetLines()->InsertNextCell(2,ids);
286   }
287   mMeshIsUpToDate = true;
288 */
289 }
290 //--------------------------------------------------------------------