common/clitkDicomRT_Contour.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
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  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_Contour.h"
  21 #include <vtkCellArray.h>
  22
  23 //--------------------------------------------------------------------
  24 clitk::DicomRT_Contour::DicomRT_Contour()
  25 {
  26   mMeshIsUpToDate = false;
  27   mNbOfPoints = 0;
  28 }
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30
  31
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33 clitk::DicomRT_Contour::~DicomRT_Contour()
  34 {
  35
  36 }
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38
  39
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 void clitk::DicomRT_Contour::Print(std::ostream & os) const
  43 {
  44   DD("TODO : print Contours");
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 bool clitk::DicomRT_Contour::Read(gdcm::SQItem * item)
  51 {
  52
  53   // Contour type [Contour Geometric Type]
  54   mType = item->GetEntryValue(0x3006,0x0042);
  55   // DD(mType);
  56   if (mType != "CLOSED_PLANAR " && mType != "POINT ") { ///WARNING to the space after the name ...
  57     //std::cerr << "Skip this contour : type=" << mType << std::endl;
  58     return false;
  59   }
  60   if (mType == "POINT ") {
  61     std::cout << "Warning: POINT type not fully supported. (don't use GetMesh() with this!)"
  62       << std::endl;
  63   }
  64
  65   // Number of points [Number of Contour Points]
  66   mNbOfPoints = parse_value<int>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0046));
  67   // DD(mNbOfPoints);
  68
  69   // Read values [Contour Data]
  70   std::vector<float> points = parse_string<float>(item->GetEntryValue(0x3006,0x0050),'\\');
  71   assert(points.size() == static_cast<unsigned int>(mNbOfPoints)*3);
  72
  73   // Organize values
  74   mData = vtkPoints::New();
  75   mData->SetDataTypeToDouble();
  76   mData->SetNumberOfPoints(mNbOfPoints);
  77   double z = -1;
  78   for(unsigned int i=0; i<mNbOfPoints; i++) {
  79     double p[3];
  80     p[0] = points[i*3];
  81     p[1] = points[i*3+1];
  82     p[2] = points[i*3+2];
  83     mData->SetPoint(i, p);
  84     if (z == -1) z = p[2];
  85     if (p[2] != z) {
  86       DD(i);
  87       DD(p[2]);
  88       DD(z);
  89       std::cout << "ERROR ! contour not in the same slice" << std::endl;
  90       assert(p[2] == z);
  91     }
  92   }
  93
  94   return true;
  95 }
  96 //--------------------------------------------------------------------
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  98
  99 //--------------------------------------------------------------------
 100 vtkPolyData * clitk::DicomRT_Contour::GetMesh()
 101 {
 102   if (!mMeshIsUpToDate) {
 103     ComputeMesh();
 104   }
 105   return mMesh;
 106 }
 107 //--------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //--------------------------------------------------------------------
 111 void clitk::DicomRT_Contour::ComputeMesh()
 112 {
 113 //  DD("ComputeMesh Contour");
 114   mMesh = vtkPolyData::New();
 115   mMesh->Allocate(); //for cell structures
 116   mMesh->SetPoints(vtkPoints::New());
 117   vtkIdType ids[2];
 118   for (unsigned int idx=0 ; idx<mNbOfPoints ; idx++) {
 119     mMesh->GetPoints()->InsertNextPoint(mData->GetPoint(idx)[0],
 120                                         mData->GetPoint(idx)[1],
 121                                         mData->GetPoint(idx)[2]);
 122     ids[0]=idx;
 123     ids[1]=(ids[0]+1) % mNbOfPoints; //0-1,1-2,...,n-1-0
 124     // DD(ids[0]);
 125 //     DD(ids[1]);
 126     mMesh->GetLines()->InsertNextCell(2,ids);
 127   }
 128   // DD(mMesh->GetNumberOfCells());
 129   mMeshIsUpToDate = true;
 130 }
 131 //--------------------------------------------------------------------