common/clitkDicomRT_ROI.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRT_ROI.h"
  21 #include <vtkSmartPointer.h>
  22 #include <vtkAppendPolyData.h>
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 clitk::DicomRT_ROI::DicomRT_ROI()
  26 {
  27   mName = "NoName";
  28   mNumber = -1;
  29   mColor.resize(3);
  30   mColor[0] = mColor[1] = mColor[2] = 0;
  31   mMeshIsUpToDate = false;
  32 }
  33 //--------------------------------------------------------------------
  34
  35
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37 clitk::DicomRT_ROI::~DicomRT_ROI()
  38 {
  39
  40 }
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 void clitk::DicomRT_ROI::SetDisplayColor(double r, double v, double b)
  46 {
  47   mColor.resize(3);
  48   mColor[0] = r;
  49   mColor[1] = v;
  50   mColor[2] = b;
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 int clitk::DicomRT_ROI::GetROINumber() const
  57 {
  58   return mNumber;
  59 }
  60 //--------------------------------------------------------------------
  61
  62
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetName() const
  65 {
  66   return mName;
  67 }
  68 //--------------------------------------------------------------------
  69
  70
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 const std::string & clitk::DicomRT_ROI::GetFilename() const
  73 {
  74   return mFilename;
  75 }
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80 const std::vector<double> & clitk::DicomRT_ROI::GetDisplayColor() const
  81 {
  82   return mColor;
  83 }
  84 //--------------------------------------------------------------------
  85
  86
  87 //--------------------------------------------------------------------
  88 void clitk::DicomRT_ROI::Print(std::ostream & os) const
  89 {
  90   os << "ROI " << mNumber << "\t" << mName
  91      << "\t(" << mColor[0] << " " << mColor[1] << " " << mColor[2] << ")"
  92      << "\t Contours = " << mListOfContours.size() << std::endl;
  93 }
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //--------------------------------------------------------------------
  98 void clitk::DicomRT_ROI::SetBackgroundValueLabelImage(double bg)
  99 {
 100   mBackgroundValue = bg;
 101 }
 102 //--------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //--------------------------------------------------------------------
 106 double clitk::DicomRT_ROI::GetBackgroundValueLabelImage() const
 107 {
 108   return mBackgroundValue;
 109 }
 110 //--------------------------------------------------------------------
 111
 112
 113 //--------------------------------------------------------------------
 114 void clitk::DicomRT_ROI::Read(std::map<int, std::string> & rois, gdcm::SQItem * item)
 115 {
 116
 117   // Change number if needed
 118
 119   // TODO
 120
 121   // ROI number [Referenced ROI Number]
 122   mNumber = atoi(item->GetEntryValue(0x3006,0x0084).c_str());
 123
 124   // Retrieve ROI Name
 125   mName = rois[mNumber];
 126
 127   // ROI Color [ROI Display Color]
 128   mColor = clitk::parse_string<double>(item->GetEntryValue(0x3006,0x002a),'\\');
 129
 130   // Read contours [Contour Sequence]
 131   gdcm::SeqEntry * contours=item->GetSeqEntry(0x3006,0x0040);
 132   for(gdcm::SQItem* j=contours->GetFirstSQItem(); j!=0; j=contours->GetNextSQItem()) {
 133     DicomRT_Contour * c = new DicomRT_Contour;
 134     bool b = c->Read(j);
 135     if (b) mListOfContours.push_back(c);
 136   }
 137 }
 138 //--------------------------------------------------------------------
 139
 140
 141 //--------------------------------------------------------------------
 142 void clitk::DicomRT_ROI::SetImage(vvImage * image)
 143 {
 144   mImage = image;
 145 }
 146 //--------------------------------------------------------------------
 147
 148
 149 //--------------------------------------------------------------------
 150 vtkPolyData * clitk::DicomRT_ROI::GetMesh()
 151 {
 152   if (!mMeshIsUpToDate) {
 153     ComputeMesh();
 154   }
 155   return mMesh;
 156 }
 157 //--------------------------------------------------------------------
 158
 159
 160 //--------------------------------------------------------------------
 161 void clitk::DicomRT_ROI::ComputeMesh()
 162 {
 163   vtkAppendPolyData * append = vtkAppendPolyData::New();
 164   for(unsigned int i=0; i<mListOfContours.size(); i++) {
 165     append->AddInput(mListOfContours[i]->GetMesh());
 166   }
 167   append->Update();
 168   mMesh = append->GetOutput();
 169   mMeshIsUpToDate = true;
 170 }
 171 //--------------------------------------------------------------------
 172
 173
 174 //--------------------------------------------------------------------
 175 void clitk::DicomRT_ROI::SetFromBinaryImage(vvImage::Pointer image, int n,
 176                                             std::string name,
 177                                             std::vector<double> color,
 178                                             std::string filename)
 179 {
 180
 181   // ROI number [Referenced ROI Number]
 182   mNumber = n;
 183
 184   // ROI Name
 185   mName = name;
 186   mFilename = filename;
 187
 188   // ROI Color [ROI Display Color]
 189   mColor = color;
 190
 191   // No contours [Contour Sequence]
 192   mListOfContours.clear();
 193
 194   // Set image
 195   mImage = image;
 196 }
 197 //--------------------------------------------------------------------
 198
 199
 200 //--------------------------------------------------------------------
 201 const vvImage::Pointer clitk::DicomRT_ROI::GetImage() const
 202 {
 203   return mImage;
 204 }
 205 //--------------------------------------------------------------------